薩克薩瓦曼堡也是印加人哲學思想的體現。據專家們研究，印加人相信三重世界的哲學，上層是神所住的地方，下層是水和火，中層是人。這三重世界是由彩虹和閃電連接而成的。所以，印加人把城牆修成閃電形，就是取貫通三重世界之意。這不禁使我們想起許多民族古代都有天堂、地獄、人間之說，可見，曆史上各國人民雖然各居一方，信息隔絕，但其思維方式卻十分相似。
印加人在醫藥治療方麵，特別是外科手術和用草藥治病上也取得了令人驚奇的成就。印加帝國民間廣泛流傳著妖術和巫術，它是同宗教密切相連的東西，裏麵卻含有某些醫學成分。巫醫們推測，疾病是由驚嚇或靈魂附身、本人罪孽或使人中妖術而引起的。他們推斷出病因後，就用魔術驅妖，並用草藥治療疾病。據《印加醫學》一書統計，為印加人熟知的草藥名多達600種之多。印加入最常用的藥材是奎寧、吐根、香膏、番木鱉和可可。研究醫藥吏的專家們還指出，是印加人民首先發現了金雞納霜、古柯堿、顛茄、洋地黃等藥品，它們豐富了人類的醫學寶庫。
印加人的穿顱術充分顯示了他們在當時世界外科醫術上的領先地位。他們經常對頭蓋骨施行穿顱術，以取出頭部挫傷而造成的骨頭碎片，或治療患有精神病的病人。印加醫生使用的手術工具是呈“T”形的銅刀和十分鋒利的石頭工具。外科手術也使用兩種麻醉藥對病人進行麻醉。一種是含有大量酒精的飲料；另一種是從一種名叫“古柯”的灌木葉子裏提取作麻醉田的古柯鹼，這是他們最常用的麻醉藥。印加醫生已懂得使用繃帶和紗布。
印加人在天文學和曆法方麵獨樹一幟。印加曆法是印加人長期觀察天體和行星運行的結果，同時，它同農業的發展也密切相關。印加人根據對許多行星的觀察演算出一種太陽曆法，還根據對太陽位置的觀測確定出農業周期。為了觀察天體，他們在首都庫斯科東西兩側建造了四座觀測塔，在庫斯科的中心廣場上建築了一個天文觀測台。人們從太陽影子的傾斜角度和長度的變化，便能測知日辰。
印加人還確定出冬至和春分的時間。
印加人有太陽曆和太陰曆兩種曆法觀念。根據太陽曆，一年分為365天零6小時。根據太陰曆，一年分為354天。印加曆法都規定一年有12個月，一年的開端和結束都以12月的冬至日為標準。這一天正好是雨季的到來之日。印加人民還把日月和星辰都視為神靈，他們曆法中的每個月都有專門的名稱，分別表示相應的宗教儀式和活動。12個月的名稱是：
羅馬及其遺址，在所有人心中，成為一個朝拜聖地。
一月烏丘克·波科伊
二月哈通·波科伊
三月保卡·瓦拉伊
四月艾裏·瓦伊
五月艾穆拉伊
六月因蒂一拉伊米
七月安塔一西圖阿
八月卡帕克一西圖阿
九月烏瑪·拉伊米
十月科亞·拉伊米
十一月阿亞·馬克
十二月卡帕克·拉伊米
印加人發明了度量衡。測量長度的單位以人體的四肢為基礎。
最長的長度單位是手臂的長度，其次是相當於大拇指和食指之間這樣寬的長度，測量土地用的單位是圖普，每圖普約4000平方米。不同的地區，圖普的長度不一。糧食以鬥計算，每鬥合27公升，重量以3.11克為單位。人們在印加古墓墓葬中還發現用骨頭和木頭以及用銀製造的天平秤。