就在兀術準備渡河北去之時，嶽飛馬上向宋高宗報告："金兵屢敗，兀術等皆令老少北去。正陛下中興之機，金賊必亡之時，請陛下降沼令各路大軍火速並攻。"嶽飛奏告高宗的同時，又鼓勵部下說："直抵黃龍府(今吉林農安)，與諸公痛飲耳！"然後率軍進駐離汴京隻有四-卜五裏的朱仙鎮，等候渡河進軍的命令。
朝廷之中，麵對宋軍所取得的勝利，感到危機已除，議和之風又一次刮起。秦檜勸諫高宗棄淮河以北之地，與金軍議和，同時又令其親信建議高宗令嶽飛班師。嶽飛得知有班師之事後，當即又一次上奏："金人銳氣沮喪，盡棄輜重，疾走渡河，而我豪傑向風，士卒用命。時不再來，機難輕失。"秦檜知道嶽飛以收複中原為己任，不易退兵。於是，秦檜便命令張俊、楊沂中等將領先行撤軍，使嶽飛陷入孤軍深入的境地。張俊、楊沂中撤退之後，秦檜便上報高宗："嶽飛孤軍深入，不可久留，乞請陛下令其班師。"宋高宗聽信秦檜的建議，在一天之內給嶽飛連下十二道金字牌(朱漆木牌上寫金字，有緊急軍機之事，由皇帝直接發出)，逼著嶽飛班師。
嶽飛接到十二道金字牌之後，悲憤交集，黯然淚下，慨歎道："十年之功，廢於一旦！"當地百姓聞知嶽飛要班師，紛紛跪於嶽飛馬前，乞求說："我等頂香盆，運糧草，迎接官兵，金人全曉得，將軍若撤軍，我們豈能活下去?"嶽飛痛惜地說："有沼在此，我不得擅留！"於是，便保護百姓一起南撤。嶽飛班師之後，收複的大片土地，再次被金軍占領。
紹興十一年(1141)二月，兀術統率金軍再犯淮北，宋高宗慌忙命令楊沂中等人合兵淮西，迎戰金軍，在柘皋鎮(今安徽巢湖東北)與兀術展開激戰。嶽飛此時身患疾病，奉命出援。嶽飛在行軍途中，楊沂中等人取得了柘昌鎮大捷的消息傳來，便班師而去。這時的嶽飛聲名顯赫，已成了人們心目中的英雄，嶽飛統率的嶽家軍更是威震天下。
宋高宗對於嶽飛心存疑忌，怕他功高震主。一次，宋高宗對張俊說："你知道唐朝的郭子儀嗎?子儀總重兵處外，而心尊朝廷，或有詔至，便馬上上道。若恃兵權之重而輕視朝廷，有命不即稟，不但子孫不能享福，自身也要有不測之禍。"因此，秦檜便附和高宗，謀奪諸將兵權，他和自己的心腹參知政事王次翁、給事中範同商議，計劃以犒賞柘皋大捷為名，把韓世忠、張俊、嶽飛召至臨安，讓宋高宗任命張俊、韓世忠為樞密使，嶽飛為樞密副使，一舉收回三大帥在外的兵權。但韓世忠、嶽飛一直堅決抗戰，是秦檜的死敵；張俊則附和秦檜，見風使舵，後來成為謀殺嶽飛的幫凶。
兀術接連兩次進軍南宋，均告失敗之後，認識到以武力侵宋無法取勝，便表示願意與南宋小朝廷議和。宋高宗、秦檜見議和有望，興高采烈。但兀術卻派人對秦檜說："你朝夕請和，嶽飛卻正想圖河北，必殺嶽飛，才可議和。"所以，宋高宗和秦檜為了達到議和的目的，便密謀殺害嶽飛，以滿足兀術的議和條件。
秦檜指使自己的心腹、右諫議大夫萬俟離首先上書彈劾嶽飛。接著禦史中丞何鑄、侍禦史羅汝楫也在秦檜的授意下，上奏高宗說："柘皋鎮之役，嶽飛擁兵自重，遲緩不前，此其一罪；其罪之二，嶽飛與張俊守楚州(今江蘇淮安)時，建議張俊放棄楚州而不守。"其實，這兩件事均子烏虛有。尤其是嶽飛主張放棄楚州之事，純屬張俊捏造。就這樣，嶽飛被罷去樞密副使一職，趕出朝廷。然後，秦檜又讓張俊收買嶽飛的部下王貴、王俊，讓他們誣告："嶽飛舊部張憲，對嶽飛罷官憤憤不平，曾寫信給飛子嶽雲，謀還嶽飛兵權，準備造反。"所以，秦檜根據王貴、王俊的誣陷之詞，將張憲、嶽飛逮捕下獄。
張憲、嶽雲下獄之後，秦檜遣楊沂中將罷官後居住在廬山的嶽飛誘騙至臨安，以謀反罪名下獄。開始，嶽飛還據理力爭："對天盟誓，我無負於國家！"但當嶽飛看到審訊自己的萬俟離、何鑄、羅汝楫等人，都是秦檜的親信，不禁仰天長歎："我方知落在國賊秦檜之手，使我為國忠心，一旦告休。"從此不複言語，任其拷掠，秦檜沒有找到嶽飛謀反的任何證據，便對嶽飛父子、張憲嚴刑拷打。秦檜還誘騙張憲說："隻要你一句言語，證明嶽飛謀反，立即放你出獄。"張憲嗤之以鼻，拒不答言。此時，韓世忠因屢言抗戰，也被罷官，他對秦檜殘害嶽飛的行徑很是憤怒，質問秦檜："嶽飛何罪之有?"秦檜說："其事體莫須有。"韓世忠憤慨地說："'莫須有'三字何以服天下！"自此，"莫須有"三字成為奸陷之人誣陷正直人士的代名詞。
嶽飛被捕入獄後，秦檜加緊與金和議的步伐。紹興十一年(1141)十一月，宋金訂立和議：南宋正式向金朝稱臣，每年向金朝納貢銀25萬兩，絹25萬匹；宋金東以淮河中流、西以大散關(今陝西寶雞西南)為界，這段邊界中段的唐州(今河南唐河縣)、鄧州(今河南鄧縣)以北也劃歸金朝。另外，割商州(今陝西商縣)、秦州(今甘肅天水)之一半予金。秦檜勾結宋高宗汀立的這個和議，就是曆史上臭名昭著的"紹興和議"。和議訂立後，宋高宗恬不知恥地向金朝皇帝進表："臣構言：既蒙恩造，許備藩方，世世子孫，謹守臣節，每年皇帝(金帝)生辰並正旦，遣使稱賀不絕。"
紹興十一年(1141)十二月，宋高宗、秦檜秉承金人旨意，不顧一切地將嶽飛、嶽雲、張憲定為死罪。紹興十一年除夕(1142年1月28日)，秦檜密寫一張紙條，交付獄吏，將嶽飛毒死在獄中。接著，又將嶽雲、張憲押赴刑場斬首。嶽飛臨死之前揮筆寫下："天日昭昭！天日昭昭！"八個大字，以示最後的抗議。嶽飛既死，金人聞訊，無不酌酒慶賀。
秦檜在陷害嶽飛之時，其妻王氏曾對秦檜說："捉虎易，放虎難也，相公何不下決心除掉嶽飛呢?"後人將秦檜與其妻王氏謀殺嶽飛之事，名之為"東窗之事"，後來它竟成了搞陰謀詭計的代名詞。於是，王氏、張俊、萬俟卨與秦檜，永久地被釘在曆史的恥辱柱上。
六、專權跋扈
"紹興和議"之後，秦檜權力日盛，一門顯赫。其母被封為秦、魏兩國夫人；其妻王氏被封為韓、魏國夫人；其子秦熺也權勢顯赫。連秦檜的三個孫子，最長者不足9歲，也被高宗賜以三品之服。秦檜本人也以左相加封太師、魏國公，愈加得到宋高宗的寵信。
在秦檜謀殺嶽飛之時，張俊依附秦檜。嶽飛一死，秦檜覺得張俊已無利用的價值，便一腳將其踢開，罷免了張俊的樞密使一職，自己專斷朝中軍政大權。從此，南宋小朝廷偏安一隅，進入了曆史上最為黑暗的統治時期。統治者過著醉生夢死的生活，把戰備忘得無影無蹤。有個叫林升的詩人，寫了一首《題臨安邸》的詩，悲憤地寫道：
山外青山樓外樓，西湖歌舞幾時休?
暖風吹得遊人醉，直把杭州作汴州。
在一片歌舞升平之中，宋高宗、秦檜互相勾結，提倡道學，為他們的投降賣國大造輿論。同時，秦檜利用自己手中的權力，培植黨羽，打擊排斥反對派，什麼手段都用盡了，宋高宗也忌憚他三分。
一次，秦檜過生日，宋高宗竟下詔令群臣為秦檜賀壽。高宗本人也非常肉麻地對秦檜說："相公始生之日，可不為天下慶乎！"有人替秦檜畫了像，宋高宗也親作讚詞："識量淵衝，盡辟異議，決策和戎。"並把秦檜視為不可多得的賢相，認為："一相既賢，則所薦皆賢。"隻要是秦檜推薦的官員，都全部重用。秦檜便利用宋高宗對自己的寵信，把持了朝政。
秦檜把自己的黨羽安插在台諫部門，壓製言論。隻要秦檜流露出對某一官員的不滿，他的親信們便急忙羅列罪名，進行彈劾。當時，抗戰派官員張浚被貶在野，見高宗、秦檜一味投降賣國，粉飾太平，便奏告說："當今之事，當養大疽於心頭，不決不止。臣寢食不安，請陛下備戰，以絕金人虎狼之心。"秦檜大為生氣，立即命禦史彈劾張浚說："居常怨恨，以和議非便，惟欲四方多事，僥幸再進。"於是張浚被免職為民。
嶽飛的部將牛皋，在抗金戰場上屢建奇功。秦檜一時找不到將其治罪的口實，便在一次將領的集會上，授意他的黨羽在食物中秘密下毒，將牛皋毒死。
秦檜為打擊異己，大興文字獄。曾上書抗議議和，要求斬秦檜的胡銓，在嶽飛被害之時，又一次上書言事。秦檜大怒，問其心腹範同怎樣處置，範同說："相公莫睬，半年便冷了，若相公重行謫遷，必成豎子之名。"秦檜以為很對。後來，胡銓寫了一首《好事近》的詞，詞中有"富貴本無心，何事故鄉輕別?……囊錐剛要出頭來，不道甚時節。欲駕巾車歸去，有豺狼當轍"之句，秦檜再也坐不安穩了，讓禦史給胡銓扣上"毀謗執政者"的罪名，將其發配至海南島。並將與胡銓一起賦詩唱和之人，一律加以貶黜。
做過參知政事的李光，被貶至藤州(今廣西藤縣)後，知州周謀有意與他作詩應答，引誘他寫出對秦檜不滿的詩句，然後偷偷獻給秦檜。於是，秦檜便進一步迫害李光，使其家破人亡，方才罷休。
秦檜大興文字獄的同時，又在京城之中大布密探，稱為"察事卒"。任何人隻要稍微譏議秦檜，就被逮捕治罪。朝中許多官員害怕招來橫禍，連互相拜訪也有所顧忌。甚至於秦檜因病偶不上朝，諸位大臣竟不敢言政事，隻稱秦檜功德而已。這樣，秦檜仍存疑慮，等上朝之時還要問："昨日所奏何事?"大臣們驚恐地說："惟頌太師德業，曠世所無，語終而退，實無他言。"然後，秦檜才嘻笑說："甚好！"
秦檜對於以前與自己不和的朝臣，還施行報複。曾彈劾過秦檜的呂頤浩，在紹興和議之後已經死去。但秦檜依然懷恨不已，指使心腹將呂頤浩的兒子呂摭罷官，除名編管。曾和秦檜並為丞相的趙鼎，此時貶居吉陽(今廣東莊縣境內)，秦檜仍加以迫害。麵對秦檜的淫威，趙鼎對其子趙汾說："秦檜定要殺我。我死，則可保全家。否則，將禍及全家。"因此，趙鼎絕食自殺。其餘不願同秦檜狼狽為奸的官員，紛紛被扣上"謗訕"、"怨望"、"無君心"、"立黨沽名"等罪名，加以迫害，真是舉不勝舉。
營私舞弊、貪贓受賄也是秦檜的一大嗜好。紹興十二年(1142)，秦檜之子秦熺參加科舉考試，秦檜授意主考官從中作弊，錄取秦熺為狀元。紹興二十四年(1154)，秦檜的孫子秦塤參加科舉考試，秦檜就任命自己的心腹湯思退等人為主考官。這些主考官知道這是討好秦檜、謀取富貴的大好機會，就進行作弊，把秦塤定為狀元。廷試之時，宋高宗看了秦塤的對策，覺得沒有自己的見解，才被拉下來，降為第三名。秦檜還公開賣官鬻爵，官員的補闕及升遷改秩，各有定價，交相貿易，如商業市場一般，誰要想謀取"監司帥守"一類的職位，必須用珍寶或數萬貫錢向他行賄，才可以到手。許多官員為了謀取權勢，也想方設法賄賂秦檜。每年秦檜的生日，各地官員都要進獻貴重禮品為他祝壽。平時，各路大帥、監司、郡守也紛紛送禮至秦檜家裏。
從各地運送黃金、白璧、明珠、犀角、象牙等海內外珍異之物進獻秦檜的車船，首尾相銜，相連於水陸之道，晝夜不絕。秦檜在收受賄賂的同時，還利用職權，霸占他人財產。紹興十二年(1142)，南宋大將劉光世病死，他在建康的園第，被秦檜強行霸占。陷害嶽飛依附秦檜的張俊死後，其房地產日進二百貫錢，全部被秦檜奪去。秦檜的收入一年有幾十萬，其財產比朝廷的左藏庫還要多過數倍。
朝廷之中趨炎附勢、利欲熏心的無恥之徒，舉目皆是。他們不但討好秦檜，連其子孫也敬若祖宗。有一次，秦檜之子秦熺到平江府(今江蘇蘇州)，守臣湯鵬舉得知，竟去途中等候數日，畢恭畢敬地迎接。秦檜的孫子崇國夫人丟了一隻心愛的獅貓，竟要臨安府尹訪查。因此，臨安府官員出動兵馬，步行尋找，並到處張貼獅貓的畫像，找遍大街小巷，鬧得滿城風雨。
對於秦檜的專橫跋扈，大臣們敢怒不敢言，連韓世忠也閉口不淡政事，在家讀佛經借以避禍，自號"清涼居士"。然而也有一些誌士欲刺殺秦檜。紹興二十年(1150)，一個名叫施全的軍校意欲行刺秦檜，事敗被捕。秦檜親自審問，施全說："全國都和金朝是仇敵，隻有你要降金，我就要殺你！"於是，秦檜便以殘酷的磔刑處死了施全。但自此以後，秦檜嚇破了膽，每次外出都要列兵五十，手執武器進行護衛。秦檜的這種舉動，不僅表現了他的凶殘，同時電暴露出他在反抗金人反對議和的下層人民麵前，是多麼的驚慌和虛弱。
秦檜專權之時，特別喜歡別人吹噓自己，如果能讓他高興使得美官。一天，秦檜問宋樸："我可與古人中哪個相比?"宋樸連忙回答："相公比郭子儀有餘，比張子房不足。"秦檜聽了宋樸的回答，大感驚異，反問："何故?"宋樸解釋說："郭子儀的先祖墳墓被宦官挖掘，他竟無計可施，今太師能使此輩屏息畏憚，過郭子儀遠矣。然終不及張子房者，子房功成名就，掛印而去，不為勳業相累，太師則不然，故比不上張子房。"聽了宋樸的解釋，秦檜非常滿意，手拍大腿高聲說道："好一個過郭子儀，不及張子房，甚好！甚好！"於是，秦檜便推薦宋樸為參知政事。
秦檜曾建一閣，名之曰"一德格天之閣"，朝中之人便紛紛進獻詞。有一個人的賀詞說："我聞在昔，惟商之伊尹格於皇天；民至於今，微管仲其為右衽。"秦檜非常高興，把獻詞之人官升三級。還有一個待選的官吏，聽得秦檜之閣建成，便賦詩一首，討秦檜歡心。詩中寫道：
多少儒生新及第，高燒銀燭照蛾眉，
格天閣上三更雨，猶誦車攻複古詩。
秦檜也大喜，那個賦詩之人很快便得到差遣。於是，朝廷之中，在野之士，欲得升遷改秩者，莫不費盡心機，苦思冥想，賦寫媚詩，進獻讚詞。不僅如此，秦檜還豢養了一批詩僧，成天裏作詩唱和，歌功頌德，粉飾太平，充滿汙濁之氣。現錄一首秦檜十分欣賞的祝壽濤，看看秦檜的醜惡麵目及無恥心理：
不祝公兮椿與鬆，鬆椿老大空無用。
不祝公兮龜與鶴，龜鶴汩沒徒泥中。
祝公願作天上月，歲歲年年常皎潔。
錦城初動五更鍾，引領眾星朝北闕。
詩中露骨地將秦檜比作月亮，其中的"引領眾星朝北闕"暗指秦檜帶頭和議，正好說到了秦鬆的心坎上，秦檜大為！喜悅，經常吟誦此濤，玩味個中餘韻。可見秦檜將自己主張和議之事，看得十分重要，始終認為他自己是宋高宗朝中的第一人，其無恥至此。
秦檜為人極為陰險，其堂前有一棵石榴樹，枝繁葉茂，每結果實，必親點其數，有一年，樹上石榴少了兩個，秦檜不問，即命人取斧伐樹。伐樹之時，秦檜偷偷觀察左右的神色。突然，有一小吏脫口而出："相公勿伐，果實味甚佳，伐之可惜！"秦檜馬上喝斥道："汝盜我石榴！"小吏後悔不迭，急忙叩頭謝罪。
嶽飛子孫發配嶺南之後，有人上書秦檜："叛逆之後不可留，請相公斷其所需，令其速死，以稱相公之心。"秦檜不以為然，生怕激起天下人議論。於是，秦檜竟將其書密封，交付嶽飛子孫，並告知他們是誰欲置之於死地，轉嫁嶽飛子孫對自己的仇恨。時人稱這件事"狗彘不食其餘，檜為丞相，竟公然為之，其奸險無與倫比。"
紹興二十五年(1155)，秦檜老病交加，行將死亡，然而他仍念念不忘陷害他人。秦檜命令將趙鼎之子趙汾逮捕入獄，嚴刑拷打，逼趙汾誣告已被罷官的張浚、胡銓、胡寅等人參與謀反。趙汾經受不住酷刑，隻得招認，凡曾反對過秦檜的人均在其列，共五十三人。秦檜妄圖在他死前，將他們一網打盡，置之死地而後快。但當案結之時，秦檜竟手不能書，病情日漸加重，陰謀未能得逞。
臨死的秦檜，向宋高宗上書說："願陛下益固鄰國之歡盟，杜邪黨之窺覦。"要求宋高宗繼續與金人和議，執行賣國政策。秦檜還乘宋高宗探視自己的病情之時，厚顏無恥地請求高宗任命其子秦熺繼任丞相之職，但遭到宋高宗的拒絕。當秦熺再次奏請代居相位之時，宋高宗說："此事卿不當與！"紹興二十五年(1155)十月，秦檜死去，宋高宗賜其諡號"忠獻"，贈申王。雖如此，宋高宗卻在一次私底下的談話中對楊沂中說："朕今日始免靴中之刀矣！"竟畏之如此。
秦檜專權十五年之中，由於宋高宗的放縱，使得秦檜肆無忌憚地打擊排斥異己，南宋從中央到地方的官職，都被秦檜的黨羽及附和秦檜者占據。隻要朝中官員中稍有英名者，便立即排斥出朝廷，調往偏遠之處，誰要有回朝的念頭，便招來橫禍。秦檜甚至連自己的親信也不大放心，時常命人監視他們。秦檜專權期間，南宋朝政充滿血腥、黑暗、恐怖、齷齪、醜惡，是中國曆史上罕見的腐敗黑暗時期。
七、遺臭萬年
秦檜死後，群情激憤，紛紛揭露秦檜的罪惡。宋高宗迫於輿論的壓力，隻得恢複一批遭秦檜陷害的官員之職。到了宋寧宗開禧年間，秦檜被迫奪王爵，改諡"謬醜"。這是秦檜死後首次被朝廷視為奸臣。但到宋理宗之時，秦檜的王爵、諡號又得以恢複，成為宋理宗投降蒙古的招牌。
秦檜死後不久，恰逢開發運河，挖出的汙泥都堆於秦檜宅子的牆邊，有人憾慨萬千，遂題詩曰：
格天閣在人何在，偃月堂深恨已深。
不向洛陽圖白發，卻於郿塢貯黃金。
笑談便欲興羅織，咫盡那知有照臨。
寂寞九原今已矣，空餘泥濘貯牆陰。
詩中將秦檜比作漢之董卓、唐之李林甫，並對其羅織他人罪名、力主議和投降之事，進行了辛辣的諷刺。
秦檜的墳丘在金陵牧牛亭。相傳在秦檜死後，其子孫為其立碑，碑成之後求人篆寫碑額，竟無一人肯寫。因此，秦檜的子孫便將空額之碑立於墳前。後來，南宋詩人楊萬裏從秦檜墳前經過，見其墳上荒草叢生，碑石倒在草叢之中，一片荒涼，便題詩道：
函關隻有一穰侯，瀛館寧無再帝丘。
天極兒重心未死，台星三點拆方休。
隻盾壁後新亭築，恐作栘中屬國羞。
今日牛羊上丘壟，不知丞相尚嗔否?
到了明代，秦檜被朝廷視為大奸，於是當時的人們演繹了許多秦檜的故事。甚至在明成化年間，有人盜掘了秦檜的墳墓，朝中竟無人理會，對盜墓之人也未治罪，時人怨之之故。
相傳明萬曆年間，杭州有人宰殺了一頭豬，去毛之後，死豬潔白的肉身之上有五個大字："秦檜十世身"，字深入膚。剖開之後，豬的肺管上亦有"秦檜"二字。眾人前往觀看，無一人敢買。有一個人不顧眾人阻攔，將豬全買下來，讓人煮熟，攜至嶽王廟，率眾拜祭嶽飛。拜奠之後，盡食其肉，聞者大快，一時傳為美談。
也是在萬曆年間，有一士人夜作一夢，夢見閻羅王發布告示：判秦檜轉生為烏龜。醒來之後，覺得十分奇異。後來，聽說有一個漁翁在江中捕得一大烏龜，見其腹部有"秦檜"二字，與烏龜皮膚渾然一體，才知其夢屬實。
在明代，人們對嶽飛遭秦檜殘害之事，沒齒不忘。嶽飛墓前長有一棵檜樹，自根以上從中劈裂為二，人稱"分屍檜"。有人竟在檜樹劈裂處格一木，以表支解秦檜之意。
明正德八年(1513)，杭州有一位名叫李隆的官員，冶銅鑄秦檜、其妻王氏、萬俟卨三人銅像，皆赤身跪拜狀，放置於嶽飛墓前。遊人拜祭嶽飛時，對三尊銅像紛紛棍砸腳踢。久之，竟然破碎成片。萬曆二十二年(1595)，按察副使範淶重鑄，並增張俊像，共四尊。遊人仍然在祭奠嶽飛時，以磚石瓦塊投擊之，有的甚至在其頭上撤尿，有的對秦檜之妻王氏兩乳撫摩不已，以至於精光可鑒。後來，因銅像屢被人們砸碎，就將秦檜、其妻王氏、張俊、萬俟卨鑄為鐵像，任人解恨。
秦檜死後的幾百年中，人們漸漸地將其視為投降賣國的代名詞，這隻怕是秦檜萬萬想不到的。朱熹在《戊午黨議序》一文之中，對秦檜的奸惡進行了剖析，說道："秦檜之罪上通於天，萬死而不足以贖其身，其倡邪說異謀而誤國，挾虜勢以要君，使人倫不明，人心不正。"實在是一針見血，力透紙背，足以為後世戒。
南宋的秦檜死了，帶著他的奸謀永遠地進了墳墓，但人們切勿忘記秦檜之後的秦檜，正所謂：以銅為鑒，可以整衣冠；以人為鑒，可以明得失；以史為鑒，可以知興替。