廣大的義和團民眾，對於袁世凱的屠殺義憤之至，恨入骨髓，人人皆欲得而殺之，食其肉，寢其皮。他們到處散發揭帖，罵他為"袁奸雄"、"賣國賊"，甚至有人還編了"殺了袁黿蛋，我們好吃飯"的歌謠，在民間流傳很廣。有的團民還在巡撫衙門的牆壁上畫了一個頭戴紅頂花翎的大烏龜，奴氣十足地趴在洋人屁股後麵，以泄心頭之恨。
當慈禧下令對外宣戰之後，下令各省督撫招集義民，與官兵一起禦敵。但袁世凱拒不執行朝廷命令，繼續對義和團進行剿殺。後來，八國聯軍攻入天津，清政府命袁世凱速援，袁世凱卻授意部下，始終遲滯不前，作壁上觀，而且欺騙朝廷說，軍隊早已北上馳援，未敢有絲毫懈怠。當八國聯軍逼近京城之時，清政府又一次下令各路援軍加緊北上，並特命袁世凱接濟軍火，加派軍隊，以保衛京城完全。袁世凱依舊無動於衷，並且上奏朝廷說："自津郡不守，遊匪潰勇勾結土匪，多持洋槍，時來竄擾，幾於防不勝防。……半月以來，已覺疲於奔命，左支右絀。"托辭抽不出兵力拒不出兵，但袁世凱又恐朝廷日後怪罪，又假隉惺地說："京師天下根本，現值軍情緊急，奉詔出兵……，中心焚灼，莫知所措。可否仰懇天恩俯準，俟將鄭家口及平陰兩股土匪辦理稍有就緒，再抽撥隊飭令迅即北上之處，出自鴻慈逾。"麵對列強的入侵，袁世凱置民族大義於不顧，一味安內，他的醜惡嘴臉在這得到了充分暴露。
1900年8月14日，八國聯軍攻陷北京，慈禧出逃。袁世凱害怕慈禧追究自己，心中十分害怕。為了消除慈禧的疑忌，對出逃在外的慈禧非常恭順。這時的慈禧惶惶如喪家之犬，急急如漏網之魚，因為出逃時十分倉促，什麼也沒有來得及帶，有時不得不忍饑挨餓趕路，路途的顛簸使以前的太後威嚴喪盡。但慈禧仍沒有忘記袁世凱，急令其籌款接濟。這正是袁世凱夢中所求之事，這樣可討慈禧歡心，又嗬消釋緩兵之罪。因此，袁世凱便截獲安徽、江蘇運往北京的餉銀16．6萬兩送給慈禧。後來又派人送去21萬兩白銀、200匹貢緞以及大量食物。得到袁世凱接濟的慈禧，萬分高興，並命袁世凱派軍保衛，袁世凱也馬上照辦，沒有絲毫鬆懈。
《辛醜條約》簽訂之後，八國聯軍撤出北京，袁世凱便馬上派部下薑桂題前往京城，準備迎接慈禧鑾駕回京，並且肅清京城一帶的混亂局麵。慈禧聞知大喜，誇獎袁世凱忠心耿耿。袁世凱不僅對慈禧百依百順，而且還與張之洞、劉坤一合籌2．5萬兩銀子，接濟留京和隨慈禧出逃的官員，以取得他們的好感。袁世凱自如地應付著這錯綜複雜的局麵，各方麵都十分周到細致。因而不僅得到慈禧的歡心，不再猜測，而且博得了朝中大臣一片讚譽，並且送給袁世凱一個"才堪應變"的美名。
1901年11月，李鴻章病死。同月7日，清政府任命袁世凱署理直隸總督兼北洋大臣，袁世凱最後爬進了封建統治集團的行列，成為一名舉足輕重的大臣，一時間聲勢顯赫，炙手可熱。袁世凱之所以能夠爬得這麼快，除過其他原因之外，其中最主要的一條就是袁世凱手握重兵。清廷的其他軍隊，如聶士成的軍隊在與八國聯軍作戰中全軍覆沒，榮祿的親軍也已解體，董福祥的軍隊護送慈禧至西安後也已解散。隻有袁世凱的軍隊很好地保存了下來，在此種情況之下，慈禧回京後的京城防務還要依靠袁世凱，李鴻章死後出現的權力空缺，便非袁世凱莫屬。
1901年10月，慈禧帶領出逃至西安的官員起駕返京，到12月下旬方才進入直隸境內。這時的袁世凱因為天津還在洋人之手，他便至保定任職。當袁世凱得知慈禧返京的消息後，便派人擬就了《直隸大差章程》，做好了迎接慈禧的準備。並且把保定行宮布置得金碧輝煌，光彩奪人。為了表示自己的恭順，袁世凱親自到省界迎接慈禧。慈禧便在順德府、內邱縣兩次召見袁世凱，稱讚袁世凱的忠心。1902年1月3日，慈禧到達保定，停留了3天，在這3天的時間裏，袁世凱極力奉迎慈禧，深得慈禧的賞識。後來，袁世凱隨慈禧的大駕親自護送其回京，慈禧萬分興奮，賞賜袁世凱黃馬褂、紫禁城騎馬。
就在慈禧大駕回京之時，直隸廣宗縣發生了以景廷賓領導的起義，並與部分義和團民眾合手，提出"掃清滅洋"的口號。他們抗擊清軍，進攻教堂，殺死法國神甫羅澤博，周圍20多個縣的人民奮起響應，起義隊伍迅速壯大。洋人認為這是義和團重起，要求清政府剿滅。剛剛回京的慈禧，早已被洋人嚇破了膽，再也不敢招惹他們，便急令袁世凱從速剿滅。在袁世凱的殘酷鎮壓之下，起義失敗，景廷賓被俘。袁世凱為討洋人歡心，竟然下令將景廷賓押解至法國神甫羅澤博被殺之處，淩遲處死。因為袁世凱極力替朝廷賣命，慈禧便在1902年6月將署理直隸總督兼北洋大臣的實權授予他。
袁世凱這時身為朝廷重臣，深知軍隊的重要性。便在原來軍隊的基礎上，繼續增練新軍。到1905年之時，已練成6鎮(相當於後來的師)新軍，使袁世凱手中的兵力增至8．9萬人，成為地方上實力最為強大的軍閥。加上袁世凱的軍中官長全是袁世凱的嫡係親信，北洋派軍人自成一個體係，好比一個獨立王國，其他勢力根本插不進去。
袁世凱雖然手握重兵，卻十分小心謹慎，他深知慈禧異常專製，便竭力討好，以其為靠山。袁世凱搜刮民財，不遺餘力，然後把搜刮來的錢物上貢朝廷，供慈禧揮霍。他甚至連同僚也不肯放過，有一次，袁世凱密密派人到天津幾大票號(銀行)搞清了朝中官員的存款，總共100萬兩白銀。然後，把那些存款的官員召到一起，虛情假義地說："天津的票號真是可惡，他們竟然用諸位大人的名義招搖撞騙。為了懲戒他們，我已把這些冒名頂替的存款臨時借用了。"那些存款的官員有口難辯。袁世凱得到這一筆款子之後，隔三差五地上貢財物，慈禧大喜過望。
袁世凱不僅竭力奉迎慈禧，他還拉攏滿族親貴，特別是對慶親王奕劻，袁世凱死死拉住不放。一次，袁世凱聞知奕劻要出任首席軍機大臣，便立即送去10萬兩銀票，並毫不羞恥地說："區區數目，隻供王爺作零花之用。"後來，不管是慶親工夫人生日，還是小姐出嫁，所需費用，全都被袁世凱預先墊付，不費王府一分一文。慶親王奕匡也時常向朝廷說袁世凱的好話，二人關係更加緊密。
袁世凱為了探知內廷消息，他便巴結慈禧最為寵信的太監李蓮英，就連地位較低的太監馬賓廷也極力奉迎，極盡卑鄙之能事。有一次，袁世凱至頤和園，馬賓廷從中出迎，袁世凱趕快上前，向馬賓廷跪單腿請安。一個堂堂的封疆大使，竟然下跪向一名太監請安，實乃亙古未有的奇事，也可以看出袁世凱的無恥用心。縱使對那些無名太監，袁世凱也拉攏備至，每次入朝，他身上總帶著數張10兩、100兩銀票，審時度勢及時送出，使他對朝廷內的消息了如指掌，以便及時調整策略，見風使舵。就是因為袁世凱有這些拍馬屁工夫，因此他每次入朝言時都可揣摩到慈禧的心意，每奏稱心，使慈禧十分歡喜。
就在袁世凱宦海順利之時，朝廷外麵的形勢發生了巨大的變化，革命黨人的排滿運動漸漸擴大，立憲思潮逐漸興起。在清廷內部，有相當一部分滿族親貴疑忌之心日重，對漢族官僚也不甚信任，一馬當先的便是袁世凱。因此，一些滿族親貴把袁世凱看作一個危險人物，極力想削去袁世凱的權柄。尤其是1906年秋天，清政府在河南彰德舉行了一新軍秋操大演習，袁世凱和滿族親貴鐵良任閱兵大臣。鐵良、良弼兩個親貴看了北洋軍的訓練情況之後，更加深了心中的畏懼、猜測之情，而排擠袁世凱的心願也更急切了。
袁世凱為人十分機警，他看出滿族貴胄對自己十分不滿，而他自己這時也不敢與清政府抗衡，便在彰德會操之後主動向清政府奏請調整軍事指揮權，提議把自己的第一、三、五、六鎮的兵權歸兵部大臣直接管轄，隻留下駐紮直隸境內的第二、四鎮的兵權，以訓練為借口，請仍由直隸總督統轄。袁世凱在緊要關頭，他自己主動交出大半數以上的兵權，使得反袁之人無話可說，取得了慈禧的加倍信任，慶親王奕匡也大力支持袁世凱，而且袁世凱手中還握有兩鎮兵權。清廷為了安慰袁世凱，決定補授袁世凱長子袁克定為農工部參議。盡管袁世凱用盡心思去應付滿族親貴的猜忌，然而排漢的滿族親貴對他仍不放心，特別是對他仍握有兵權很不放心。為了解除袁世凱所有兵權，便借故解除了他的直隸總督一職，補授他為軍機大臣兼外務部尚書。在任命袁世凱為軍機大臣的同時，又任命湖南總督張之洞也為軍機大臣。軍機大臣在清末雖是樞臣地位，但對袁世凱來說，這種調升實是奪去他的兵權，是一種削權的舉措，袁世凱了然於胸。
袁世凱奉命入朝，對於軍機大臣一職堅辭不受，朝廷自然不會批準，他也隻好就任。此時的首席軍機大臣是慶親王奕劻，他和袁世凱關係比較親密，加上慈禧仍對袁世凱寵信不衰，袁世凱在軍機處還站得住腳，但他和張之洞不很融洽，二人關係很僵。袁世凱任軍機大臣兼外務部尚書大概一年半的時間，這期間是袁世凱一生中最不飛揚跋扈的時期。
六、洹上歸隱
隨著立憲呼聲的高漲，清政府為了敷衍求變的潮流，於是同意君主立憲，立憲之前先派了五個大臣出國考察，搜集資料。五大臣出國考察分為兩途：一是由載灃、李盛鐸、尚其享前往日本、英國、法國、比利時等國；一是由戴鴻慈、端方前往美國、德國、意大利、奧地利等國。然而這些大臣並不懂國際知識，也不懂各國憲法，因此隨五大臣出訪的熊希齡出了個主意，請楊度捉刀代筆起草考察報告，後來梁啟超也參與了報告的起草。
1906年8月，五大臣出遊歸國，並把考察報告呈給清政府，同聲奏請實行憲製。因此，清政府召開禦前會議，同意了考察報告，並發表了預備立憲的詔書。就慈禧本人而言，她寧死也不願見憲政這兩個字，因此她隻是勉強同意"預備立憲"。1908年，清政府按照楊度主持編就的憲法大綱，公布預備立憲期為9年。
袁世凱在戊戌政變時和維新派結下了血海深仇，他後來的地位也可以說是戊戌六君子的血換來的。但此時立憲已成為潮流，甚至極端仇視新政的慈禧也不能正麵反對，袁世凱麵對此種局麵，不得不改弦易轍。因此，袁世凱極力拉攏楊度做自己的幕僚，做出熱心提倡憲政的姿態，儼然成了倡行憲政的帶頭人物。
對於實行憲政，滿族親貴是極力反對的，袁世凱便請慶親王奕劻向慈禧提議：行憲乃清王朝萬世一係的可靠保證，同時借此可以緩和革命危機，轉移全國視線，因此最好由清政府延請幾個精通憲法的專家，在頤和園向滿族親貴講憲法可以救國的專題，要讓他們不反對立憲，那惟一的辦法就是讓他們懂得這個道理。慈禧接受了這個建議，袁世凱便推薦楊度做講師，在頤和園開講立憲可以救國的道理。雖說楊度鼓動自己的如簧巧舌，最終也沒有說服滿族親貴。
就在清政府預備行憲之時，已是風燭殘年的慈禧病情加重，與慈禧不和的光緒皇帝也正期待著這一天早日到來，希望慈禧逝世之後自己再次掌權執政。袁世凱對於這一點非常恐懼，他死命地抓住北洋軍，鞏固自己的地位，以防萬一。但不幸的是，光緒皇帝也大病不起，清廷為防備萬一，準備為光緒皇帝立嗣。在立嗣問題上，袁世凱極力支持立慶親王奕劻的長孫為嗣，如此一來自己可以利用與慶親王的關係，鞏固自己的地位，但袁世凱的計劃沒有得到慈禧的讚同。慈禧雖說不喜歡光緒皇帝，但她和醇親王奕譞一家人的關係十分密切，因為她的親妹妹嫁給了奕譞。奕譞的兒子一個是光緒皇帝，一個是載灃，載灃繼承了醇親王的王位，所娶的夫人是慈禧的親信榮祿的女兒。慈禧為了這種私情，便決定立載灃才三歲的兒子溥儀為嗣。1908年11月13日，光緒皇帝病危，慈禧下懿旨，授載灃為攝政王，命其將年僅3歲的溥儀抱到宮內教養，在上書房讀書。至14日，朝廷宣布年僅38歲的光緒皇帝駕崩，立溥儀為嗣皇帝，入承大統。很快，慈禧也因痢疾死去。
關於光緒皇帝之死，曆史上有種種說法，代表性的說法有兩種：一說慈禧在垂危之時叫人先謀害了皇帝；一說是袁世凱害死了光緒，傳聞光緒吃了袁世凱送去的一劑藥之後，才喪命的。但這些僅是傳聞，誰也無法證實其真實情況。還有一個傳說，當病中的光緒皇帝聽到自己的親兄要成為攝政王，不禁麵露笑容，因此便秘密地寫了一字條給載灃，上麵隻有四個字："殺袁世凱"。
且不論上述傳說是否真實，有一點則無可置疑，那就是袁世凱在載灃被任命為攝政王之後，其內心十分不安，惟恐載灃為兄報仇。因此，袁世凱為求得載灃的原諒，竟以國家需立長君為由，建議載灃自己做皇帝。然而，袁世凱的這個建議非但不被載灃接受，反而卻召來一頓很嚴厲的訓斥。袁世凱無法，便佯稱足跡請假到天津小住。
載灃攝政之後，一方麵為避免大權旁落，另一方麵為替皇兄報仇，便籌劃誅殺袁世凱。這時康有為也上書攝政王，強調光緒之死乃袁世凱所為，請"殺賊臣袁世凱"。因此，載灃召見滿漢軍機大臣宣示先帝遺詔，準備殺袁世凱。但是正在這個時候，張之洞卻跪在地上再三叩頭為袁世凱求情，以"國有大喪，不宜誅戮大臣"為由表示反對，慶親王奕匡也隨聲附和。為此，載灃密電征詢北洋係的幾個軍事長官的意見，吳鳳嶺、趙國賢回電答複說："請勿誅袁，如必誅袁，則先解除臣等職務，以免兵士有變，致辜天恩。"大臣們的反對與可能發生的兵變，使載灃打消了誅袁的念頭，袁世凱也得以漏脫被誅殺的命運。誅殺袁世凱的計劃失敗之後，載灃以嗣皇帝溥儀的名義降旨說："軍機大臣外務部尚書袁世凱，夙蒙先朝擢用，朕登極之後，複與殊賞，正以其才可用；使效馳驅，不意袁世凱現患足跡，步履維艱，難勝職任。袁世凱著即開缺，回籍養屙，以示朝廷體恤之意。"
袁世凱在天津接到聖旨之後，趕緊與英國駐清公使朱爾典取得聯絡，他們二人關係十分親密。朱爾典聞知袁世凱的境況之後，向袁世凱拍胸膛表示寧願擔保他的生命安全。因此，袁世凱懷著沉重的心情由天津返回京城，向皇帝謝恩並辭行。幾天之內，袁世凱的地位一落千丈，由原先的位高權重變成了喪家之犬，倉皇告別京城。臨行之前，袁世凱把他在北京新購置的價值30萬元的府學胡同私宅，贈送給了段祺瑞。
袁世凱離京之後，回到老家河南項城。1909年，又隱居彰德府北門外的洹上村。洹上村有一座天津人何氏的別墅，袁世凱將其購買-下來，並進行的裝修，題名"養壽園"，並自號"洹上釣叟"，顯現出一副閑雲野鶴的姿態。每日裏，袁世凱飲酒賦詩，遊山玩水，借以消除清政府之中滿族親貴的疑忌。實際上，袁世凱對朝廷的動靜了若指掌。他任北洋大臣時的親信馮國璋、段祺瑞和其他將領們，時常秘密來到彰德，向袁世凱報告情況，請示辦法。袁世凱則以十分親密的態度接待他們，臨別之時還要贈上十分豐厚的路費。另外，袁世凱的老友徐世昌在袁歸隱之後，並沒有受到影響，反而紅極一時，竟升任內閣協理大臣(相當於副內閣總理的地位)；袁世凱一手提拔的趙秉鈞這時出任民政部侍郎，掌管全國警察和特務；袁世凱的長子袁克定也出任郵傳部丞參，這些人都與袁世凱保持密切的聯係。甚至內閣總理大臣慶親王奕劻、陸軍大臣蔭昌這些滿族親貴，也與袁世凱時時聯絡，再加上各省督撫大員中也有大批是袁世凱的親戚故舊。如此一來，袁世凱雖然歸隱，卻擁有極大的政治潛在勢力。
袁世凱在等候、盼望、焦急之中，陰鬱地度過了兩年多的歸隱生活。然而，就在袁世凱歸隱期間，革命黨人起義不斷，清王朝的命運危在旦夕，但是這卻使得袁世凱又一次獲得了東山再起的機會。
七、再次出山
1911年10月10日，武昌起義爆發，革命黨人迅速攻占武漢三鎮。當這一消息傳至袁世凱隱居的洹上村時，袁世凱正在為自己的壽誕大擺酒宴，他馬上叫人撤去宴席，讓眾位賓客暢談國家大事。但袁世凱卻一言不發，隻是緊鎖雙眉，急急思索，漸漸地他露出了微笑。賓客問袁世凱有何高見?袁世凱沒有表態，但他內心卻喜悅異常，感到自己夢寐以求的出頭之日就要到來了。之後，袁世凱進行了一番布置，向內閣總理大臣奕劻進貢了一筆數目不小的款子，然後眼望北京，靜候佳音。