就在良弼遇刺的同一天，北洋軍由段棋瑞領銜與其他清軍將領聯名致電清廷內閣、軍谘府、陸軍部、並各王公大臣：請即代奏清廷，明降諭旨，告知中外，立定共和政體。
兩件事情的發生，震驚了清廷，使滿族親貴一方麵覺得革命黨人已布滿京城內外，可以為所欲為；一方麵又感到握有兵權的北洋軍將領已向清廷敲響了喪鍾，奏響了哀樂。如此一來，清廷的滿族親貴嚇得魂飛魄散，有如風聲鶴唳、草木皆兵。因此，他們紛紛席卷細軟，攜帶妻妾避難到天津、青島、大連租界，托庇於洋人，不能走的則紛紛請袁世凱派兵保護。驚慌失措的隆裕太後趕緊召集禦前會議，王公親貴到會的竟寥寥可數，隻有代表袁世凱的趙秉鈞按時到會。隆裕太後哭著對趙秉鈞說："趙秉鈞啊，你快點去對袁世凱說說，一切事都好商量，保全我母子的性命要緊。"
召開禦前會議的第三天，袁世凱命楊度等在北京發起組織共和促進會，宣言現在主張君主立憲為時已晚，為挽救國家危亡，保全皇室，應速實行共和。同時，袁世凱也上奏朝廷："近議國體一事，已由皇族王公討論多日，當有決定辦法，請旨定奪。臣職司行政，惟遵朝旨。"借以催促清廷迅速作出抉擇，早日退位。這一招很是奏效，隆裕太後在其催逼之下，整日抱著溥儀皇帝痛哭流涕，醇親王載灃向來缺乏主見，不敢參與決策，皇室貴族亂作一團。隆裕太後所能采取的惟一辦法隻能是盡量拖延時日。到了2月1日，她又一次召開禦前會議，提出采取虛君共和體，即君主不幹預國政的辦法把皇帝保留下來。她的建議當然不會得到袁世凱和民國政府的同意。隆裕太後見無計可施，經過反複考慮，覺得保留性命退位後享受優待條件，總比宗族覆滅的結局強得多。已到了山窮水盡的地步了，隆裕太後不得不做出了退位和頒布共和的決定。
1912年2月3日，隆裕太後授權袁世凱與革命黨人協商清帝退位條件。已因所謂疾病多日不上朝的袁世凱，聞知這一授權，他的病馬上不治而愈，當即把他所擬的清帝退位條件電告伍廷芳。經過雙方協商，在退位條件的基本問題上達成協議，因而在1912年2月12日，清王朝隆裕太後以皇帝溥儀的名義頒布退位詔書。至此，統治中國長達260餘年之久的清王朝覆亡了。當天晚上，袁世凱在外交部大樓裏把拖在腦後的辮子剪掉。他一邊剪，一邊不斷哈哈大笑，這在他的一生中是難得的歡樂時刻，並於當天給南京臨時政府發了一封電報，表示同意共和："南京孫大總統、黎副總統、各部總長、參議院同鑒：共和為最良國體，世界所公認，今由帝政一躍而躋及之，實渚公累年心血，亦民國無窮之幸福。大清皇帝既明詔辭位，業經世凱署名，則宣布之日，為帝政之終局，即民國之始基。從此努力進行，務令達到圓滿地位，永不使君主政體再行於中國。現在統一組織，至重且繁，世凱亟願南行，暢聆大教，共謀進行之法；隻因北方秩序不易維持，軍旅如林，須加部署；而東北人心，未盡一致，稍有動搖，牽涉全國，諸君皆洞鑒時局，必能諒此苦衷。至共和建設重要問題，諸君研究有素，成竹在胸，應如何協商統一組織之法，尚希迅即見教。袁世凱真。"
袁世凱認為他逼迫清帝退位工作已告完成，他已履行了他的諾言，因此他要等革命黨人履行他們的諾言--推舉他為大總統。袁世凱怕革命黨人食言，因此在清帝的退位詔書內加上"由袁世凱以全權組織臨時共和政府"一句話，似乎民國的大總統不是由國民選出來的，而是由清政府命令的。
孫中山先生在南京得知清帝退位的消息以及袁世凱讚成共和的電報後，馬上致電袁世凱，告以推讓之意並促其南來。同時，孫中山先生也履行自己的諾言，向參議院提出辭職谘文，並為鞏固民國而附加了三項條件：
"中國民國臨時大總統谘：前後和議情形，並昨日伍代表得北京一電，本處又接北京一電，又接唐紹儀電，均經谘明貴院在案。本總統以為我國民之誌，在建設共和，傾覆專製，義師大起，全國景從。清帝鑒於大勢，知保全君位，必然無效，遂有退位之議。今既宣布退位，讚成共和，承認中華民國，從此帝製永不留存於中國之內，民國目的，亦已達到。締造民國之始，本總統被選為公仆，宣言誓書，實以傾覆專製，鞏固民國，圖謀民生幸福為任。至專製政府既倒，國內無變亂，民國卓立於世界，為列邦公認，本總統即行辭職。現在清帝退位，專製已除，南北一心，更無變亂，民國為各國承認，旦夕可期，本總統當踐誓言，辭職引退。為此谘告貴院，應代表國民之公意，速舉賢能，來南京接事，以便解職。附辦法條件如左：
--臨時政府地點設於南京，為各省代表所議定，不能更議。
--辭職後，俟參議院舉定新總統親到南京受任之時，大總統及國務各員乃行解職。
--臨時政府《約法》為參議院所製定，新總統必須遵守；頒布之一切法製章程，非經參議院改訂，仍繼續有效。此谘參議院。"
孫中山先生提出辭職谘文的同時，又提出舉薦袁世凱候選臨時大總統之谘文："今日本總統提出辭職，要求改選賢能。選舉之事，原國民公權，本總統實無容喙之地，惟前使伍代表電北京有約，以清帝實行退位，袁世凱君宣布政見，讚成共和，即當推讓，提議於貴院，亦表同情。此次清帝遜位，南北統一，袁君之力實多，發表政見，更為絕對讚成，舉為公仆，必能盡忠國民。且袁君富於經驗，民國統一，賴有建設之才，故敢以私見貢薦於貴院，請為民國前途熟計，無失當選之人大局幸甚。此谘。"
從這兩件谘文中孫中山的偉大領袖人格得以充分表現，不戀權，重諾言，愛人民。不過他了解袁世凱是一個隻知實力政治而不尊重法治的人，因此他有所保留，附帶了條件，促使袁世凱到南京來繼任總統而脫離北京的封建勢力，同時把臨時參議院所製定的《臨時約法》作為一道緊箍咒套在袁的頸項上，借以約束袁的野心，使其走上法治軌道。
1912年2月15日，南京臨時政府同意了孫中山先生的辭職谘文和薦袁谘文。臨時參議院還舉行了臨時大總統選舉會，到會的17省代表共計17票，投票結果袁世凱得17票，當選為中華民國臨時大總統。南京臨時政府馬上致電袁世凱："昨孫大總統辭職，經本院承諾，業已電知尊處。本日開臨時大總統選舉會，滿場一致，選公為中華民國臨時大總統。查世界曆史，選舉大總統，滿場一致者，隻華盛頓一人。公為再見。同人深幸公為世界之第二華盛頓，我中華民國之第一之偉業，共和之幸福，實基此日。務請得電後，即日駕蒞南京參議院受職。"
袁世凱當選為總統，如願以償，歡欣若狂。但是叫他到南京就職，他說什麼也不肯，他不願離開自己的老巢，不願離開自己的老本--北洋軍，去南京當空頭的大總統。袁世凱的奸猾在其2月15日的回電中暴露無遺：
"南京孫大總統、黎副總統、各部總長、參議院、各省都督、各軍隊長鑒：清帝退位自應速謀統一，以定危局，此時間不容發，實為惟一要圖，民國存亡胥關於是。頃接孫大總統電聞，提出辭表，推薦鄙人，囑速來寧，並舉人電知臨時政府，畀以鎮安北方全權各等因。黃陸軍總長暨各軍隊長電招鄙人赴寧等因。世凱德薄能鮮，何敢肩此重任?南行之願，真電業已聲明，然暫時羈絆在此，實為北方危機隱伏，全國半數之生命財產萬難恝置，並非因清帝委任組織，極為正確。現北方各省軍隊暨全蒙代表，皆以函電推舉為臨時大總統，清帝委任一層無足再論。然總未遽組織者，特慮南北意見因此而生，統一愈難，恐非國家之福。若專為個人職任計，舍南而北實有無窮窒礙：北方軍尚多紛歧，隱患實繁；皇族受外人愚弄，根株潛長；北京外交團向以凱離此為慮，屢經言及；奉、江兩省時有動搖；外蒙各盟迭來警告；內訌外患遽引互牽……然長此不能統一，外人無可承認……反複思考，與其孫大總統辭職，不如世凱退居。"
袁世凱的電文擺出了一係列不能南下的理由，甚至發出了威脅，其實他之所以敢這樣大言不慚，全都是乘當時清帝剛剛退位，人民不願再看到戰爭和流血，希望用和平手段達成協議這一曆史契機。雖說袁世凱不願南下就職，但孫中山先生堅持不管怎樣也要他南下，於是在2月18日南京臨時政府以教育總長蔡元培為迎袁專使，偕同唐紹儀前往北京迎袁南下，並將歡迎人員名單電告袁世凱。蔡元培一行27日抵京，並麵見了袁世凱，麵陳了孫中山先生的手書，勸袁南下就職。袁世凱用隆重的禮節歡迎蔡元培一行抵京，他不再涉及拒絕南下之事，反而用十分誠懇的態度商談南行的路線，他的這種態度使來迎接他的人員鬆了一口氣，認為袁世凱基本態度已改變。而實際上，袁世凱正在策劃另一場陰謀，從而使得他可以在北就職，而不南下。
蔡元培等人抵京後，北京市政當局告知各家各戶舉行三天大會，晚上提燈遊行，慶況中華民國的成立，對迎袁專使表示歡迎。在第三天即2月29日晚上，遊行剛剛開始，就從東北方向傳來大炮轟鳴的聲音，人們還以為是在放禮炮。但就在這時，北洋軍第三鎮的許多士兵衝上街頭，口裏嚷著："袁世凱要走了，我們沒人管了！""搶哇！"旋即衝向各家店鋪進行搶劫。眨眼間，人們猛然醒悟，大街上立刻亂作一團。叛亂的士兵搶劫之後，又衝向煤渣胡同專使下榻的招待所，蔡元培等人有的未及穿鞋，趕緊逾牆逃入六國飯店避難。發生兵變的次日早晨，北洋軍第三鎮統製曹錕前去向袁世凱報告，正巧唐紹儀也在袁世凱處，但唐紹儀坐在門的一側，一身戎裝的曹錕沒有看見。曹錕一進門便向袁世凱說："報告大總統，昨夜奉大總統密令，兵變之事已經辦成。"袁世凱見曹錕說漏了嘴，馬上大罵："胡說，滾出去！"
就在袁世凱策劃兵變的同時，日、德、英、俄等國密切配合袁的陰謀。先是在京津出動軍隊來回巡邏，接著又從外地調來幾千兵力進京，大有戰爭馬上就要爆發之勢，實則隻是在迎袁專使麵前製造聲勢。袁世凱的一套騙嚇術，迷惑了蔡元培等人。3月2日，蔡元培等人致電參議院："北京兵變，外人極為激昂，日本已派多兵入京。設使再有此等事變發生，外人自由行動恐不可免。培等睹此情形，集議以為速建統一政府，為今日最要問題，餘盡可遷就，以定大局。"要求參議院在袁南下問題上讓步。
袁世凱在兵變之後，通電全國說："專使到時，決意南下，組織臨時政府，統一南北，用慰國民之厚望。今遇此變，實行維艱，公等幸諒。且駐京外交團及吾國駐外各代表等，均雲方今欲鞏固民國，保全共和，舍速建設統一政府，別無他法。想全國心理，均表同情。因茲事變，南行無期，組織政府，勢必從緩，凱實焦灼萬狀。"訴說自己的所謂苦衷，求得各方麵的諒解，達到他留在北京的目的。
3月6日，南京參議院通過了統一政府組織辦法六條：(一)由參議院電告袁世凱，允其在北京就職；(二)袁接電後，即電告參議院宣誓；(三)參議院接宣誓電後，即複電認為受職，並通告全國；(四)袁受職後，即將擬派國務總理及國務員姓名，電告參議院，求得同意；(五)國務總理及國務員任定後，即在南京接收交作事宜；(六)孫中山於交代之日始行辭職。3月7日，孫中山先生致電蔡元培讓其轉告袁世凱，按參議院所議六條辦法在北京正式受職，袁世凱聞知如釋重負。3月8日，袁世凱即由告參議院，完全承認所列六條辦法，並將誓詞電達。3月9日，參議院電告袁世凱，承認他受職。3月10日，袁世凱身著大禮服，趾高氣揚地宣誓："民國建設肇端，百凡待治。世凱深願竭其能力，發揚共和之精神，滌蕩專製之瑕穢，謹守憲法，依國民之願望，蘄達國家於安全強固之域，俾五人民族同臻樂利。凡茲誌願，率履勿渝！俟召集國會，選定第一期，世凱即行解職。謹掬誠悃，誓告同胞。"如此，袁世凱終於留在了北京而且擔任了大總統之職。
袁世凱就任臨時大總統以後，即著手組織政府。經袁世凱提議，參議院通過，唐紹儀被委派為內閣總理。在唐紹儀的內閣之中，比較重要的外交、內務、陸軍、海軍、財政各部總長，全為袁世凱的親信，而司法、教育、農林、工商各部總長為革命黨人，明眼人一看就知其中內情。工於心計的袁世凱，為了敷衍一下革命黨人，便任命黃興為有職無權的參謀長，黃興拒不接受，便改任其為南京留守。
4月1日，孫中山先生解除臨時大總統職務。袁世凱極其虛偽地致電孫中山先生說："聞公宣布解職，國事代以世凱負荷綜覽，深慮隕越。公為民國第一華盛頓，功成自退，萬眾傾心。此後建設事宜，多待雅教，乞即日北上，惠我方針。"4月2日，參議院決定北遷。很快，參議院和臨時政府遷移北京。就這樣，偉大的辛亥革命的勝利果實，被袁世凱篡奪了。
袁世凱實現了總統之夢，但他是個封建官僚政客，具有極大的政治野心。在袁世凱的心目中，當總統要講民主，個人不能獨斷專行，為所欲為，同時別人對自己的所作所為可以評頭論足，任意褒貶，他對此難以忍受。袁世凱十分羨慕封建帝王那一套威嚴，很想登上金鑾寶殿過一過皇帝癮。加上當皇帝終身掌權，萬世一係，至高無上，子孫後代皆可錦衣玉食，享盡人間榮華富貴。正是有著這一狂妄的政治野心，使得袁世凱不滿足於隻當總統，而想進一步登上金鑾殿。
袁世凱首先搞垮了不唯命是從的唐紹儀內閣，接著派人刺殺宋教仁，鎮壓"二次革命"，雙手沾滿革命黨人的鮮血。此後，又脅迫參議院選舉他為正式大總統，廢除《臨時約法》，頒布所謂新《約法》。新《約法》將總統的地位和權力提高到與皇帝等同，以法律形式肯定了袁世凱的專製獨裁。
1914年12月29日，袁世凱又推行了新的《大總統選舉法》。新的選舉法規定："大總統任期十年，可連選連任；選舉之年，參政院參政認為政治上有必要時，以三分之二以上之同意，議決現任大總統留任；選舉之前，大總統有權推薦具有資格者3人為候選人。如此一來，袁世凱實際上成了終身總統，不僅這樣，還使總統變成了袁氏一族的世襲總統。因為3名候選人由總統提名，選舉人隻能在3名候選人和現任大總統中挑選一個，袁世凱可以把3個候選人都寫成他的兒子，萬一兒子當選總統，又可以再找3個孫子，如此一代一代傳下去。不過，終身總統也好，世襲總統也好，都不是袁世凱的最終目的。他之所以要搞這一套，主要是把總統打扮得像個皇帝，以便將來總統變為皇帝之時使人們不感到意外，減少阻力。
袁世凱為了實現他複辟帝製的野心，不僅對國民大耍陰謀手段，並且，他大肆賣國簽訂《二十一條》這些隻是為了得到日本的支持。接著，為自己即帝位大造輿論，祭祀天地，尊孔複古。最終於1916年元旦宣布改元洪憲，正式稱帝，恢複了已被推翻的帝製。袁世凱恢複帝製不得人心，遭到全國上下一片反對。以蔡鍔為首的雲南誌士，宣布雲南獨立，成立了中華民國護國軍，舉起了討袁大旗。在全國的反袁浪濤聲中，袁世凱於3月22日宣布撤銷帝製，3月23日命令廢止洪憲年號。從1916年元旦至3月23日，共83天，袁世凱在這83天裏做了一場皇帝夢。
袁世凱雖然撤銷了帝製，但他仍自封為大總統。各路護國軍為了徹底打倒袁世凱，並未停止軍事行動，就連袁世凱的一些親信心腹也紛紛倒戈。袁世凱在羞憤之中，一病不起。於1916年6月6日一命嗚呼，結束了他罪惡的一生。