“我確信，本案的意義絕不僅僅在於微軟違反了與司法部簽署的諒解協議，在其背後，一定隱藏著更大的核心問題。”網景公司總裁巴克斯德在與太陽公司總裁斯哥特·麥克尼雷舉行的聯席記者招待會上講了上述這番話。
蓋茨則認為，本案的核心問題是他的公司能否在無政府幹預的情況下進行革新。“隻有一個關鍵原則還處於生死攸關的境地，那就是我們自己新產品的創新能力”。蓋茨在當日早些時候的記者招待會上如是說。
3月3日的國會聽證會是微軟與司法部的第一回合的交鋒，此次交鋒各方似乎都有所獲。
在參議員哈奇的淩厲攻勢下，微軟總裁比爾·蓋茨承認，微軟限製了其網絡合作夥伴與微軟競爭對手的合作。
參議員哈奇反複質問蓋茨，是否微軟與網絡服務供應商以及網絡內容供應商之間的協議阻止了這些供應商與網景公司之間的合作。“你真的很難搞定?”哈奇說，然後再次重複他的問題：“你對網絡內容供應商為網景公司做廣告以及促銷進行限製嗎?
將近3個小時後，蓋茨承認微軟網絡軟件中網址被禁止為網景公司做廣告或加入到網景公司的副表中。“在那些網頁中你不能為(對手的)瀏覽器做廣告”，蓋茨說道。微軟將這些限製包含在其協議中。不過，迄今為止，微軟還未就這些事作公開的證實。
在司法部對微軟進行指控的同時，微軟就地區法院官托馬斯·潘菲爾德·傑克遜發布的禁止其將Windows操作係統與網絡瀏覽器IE進行捆綁銷售的先期強製令提出了上訴。控訴司法部企圖對微軟將何種功能加入其PC操作係統進行規定，進而推翻司法部與微軟簽署的諒解協議。
司法部與微軟的諒解協議是經過1994年的磋商，於1995年簽署的。協議允許微軟開發集成軟件新產品，但禁止其將Windows與其他產品進行捆綁銷售。政府宣稱，微軟利用Windows和IE的捆綁銷售，不公平地將其競爭對手置於網絡瀏覽市場的不利地位。微軟否認IE屬於“其他新產品”範疇，因為IE已被包含在Windows之中。在其上訴狀中，微軟宣稱：“司法部不僅無視其與微軟在1994年7月達成的協議，而且還在追求一個對反壟斷法的原本受益者——用戶毫無益處的目標，要知道，自由競爭並不是通過降低產品的性能來實現的。”
對此，上訴法院擬定於4月21日，進行口頭辯論。
4.司法部新招迭出，微軟針鋒相對
3月3日的聽證會，司法部沒有大獲全勝，尤其是微軟在Windows中增加IE瀏覽器一事，更是耿耿於懷，於是，一計不成又生一計：
一是要對微軟開始新的反壟斷調查，此次調查的目標是3年前微軟公司曾非法企圖迫使對手網景公司同意分割網絡瀏覽器市場。
當時，網景的領航員瀏覽器在市場占據著統治地位，微軟推出IE瀏覽器軟件。微軟官員1995年5月曾同網景交涉這一問題。網景公司的創建人之一、執行副總裁馬克·安德森暗示微軟曾經威脅過網景。安德森拒絕評論當年兩家公司之間的會議。但安德森接受《華爾街日報》的采訪時，把那次會議描述成一幅可怕的圖景。
微軟發言人馬克·默裏說，網景的說法純屬無稽之談。微軟從未提出過任何市場分割的建議。這顯然是一個網景耍手腕編造的謊言。
當年，網景在某些場合曾說過，微軟使盡渾身解數和商家建立合作關係，並建議和網景合作，網景拒絕了微軟的要求。
對於司法部的指控，默裏說，網景官員一直在“誤傳”兩家公司之間的會議。事實上，微軟公司從未企圖購買網景。相反，是後者希望得到微軟的投資。
二是司法部力圖搬微軟的石頭，砸微軟的腳。
在兩年多的通信中，微軟官員運用各種形象的比喻來描繪該公司和其競爭對手網景以及太陽的戰略關係。例如，微軟的平台和應用程序部的副總裁保羅·麥瑞茲說：“我們將掐斷他們的氧氣供給。”他還公開宣布，“打掉Java的勢頭”，對“保護我們的核心產品Windows”是至關重要的。
聯邦官員抓住這些陳述，作為針對微軟的反托拉斯訴訟的證據，這些都是微軟高級經理級管理人員在電子郵件或其他內部資料中發表的言論。
法律專家說，有的陳述對微軟不利，有的則還可做進一步解釋。觀察家對微軟可能麵臨的困境有不同看法，但他們都認為受理此案的聯邦法官可能會同意司法部提出的審前禁令。而目前還不能肯定，這對微軟公司將意味著什麼，因為據律師說，美國地區法官托馬斯·潘菲爾德·傑克遜可能同意審前禁令的某些部分而否定其他部分。
約翰·布裏格斯曾是美國律師協會反托拉斯分會的主席，他認為，問題的關鍵是有些陳述好象暗示該公司將試圖“掐斷(消費者)瀏覽器的來源，以保持其在操作係統方麵的龍斷地位，而這些瀏覽器在將來可能取代操作係統”。布裏格斯說：“根據美國的反托拉斯法，阻止競爭者進入市場以保持自己在市場上的壟斷地位顯然是違法的。”他在提到微軟將其IE瀏覽器和Windows捆綁時說：“這比瀏覽器集成問題嚴重得多。”布裏格斯補充說，盡管這份文件有“豐富多彩”的陳述，但“對司法部來說，還不至於有那麼重要”。
布裏格斯說，法官將權衡利弊。最終會認為Windows98操作係統和IE瀏覽器的捆綁軟件包帶給消費者的利益，比這軟件包帶來的壟斷問題要重要得多。
另一位反托拉斯人士認為，司法部取得的這些證據對微軟一案“具有毀滅性作用”。理查·格雷是舊金山一家律師事務所的合夥人，也是反托拉斯法專家。他說，微軟官員所做的陳述“隻靠IE4.0的優勢增加市場份額是非常困難的”，“更重要的是我們要利用此操作係統使用戶使用IE，放棄Navigator”。這話極有力地證明了微軟的不正當競爭行為。
格雷提到麥瑞茲有關打掉Java勢頭的評論時說：“這證明，他們試圖保護自己不受來自新興技術的競爭的傷害。”他還說，這些陳述也證明微軟可能將非法利用Windows的壟斷地位幫助IE的銷售。
事實上，司法部收集的證據表明，早在1996年12月，微軟的高級官員就在說，該公司正在形成中的瀏覽器成功的關鍵，就是將其和Windows操作係統捆綁。
1996年12月，微軟的高級副總裁詹姆斯·奧奇寫到：“除非微軟公司利用Windows，我不知道IE將如何贏得市場。人們可能願意幫我們，但他們一旦使用了某種產品，就很難改變——把IE隻作為跨平台的Windows的附加部分就失去了我們的最大的優勢——Windows所占的市場份額。”
格雷和布裏格斯都說，在這些陳述的基礎上，法官可能同意某種形式的審前禁令。
當問及微軟如何陷入這種困境時，格雷說，該公司的高級官員可能認為他們不會出錯。格雷問：“你能想象派位律師去給兩位世界上最自負的人(比爾·蓋茨和奧奇)解釋反托拉斯問題，對他們的戰略構想提出異議嗎?這個人必須有和他們一樣強的個性，必須精通反托拉斯法和技術，才能說服他們。”
三是司法部不但維護1997年發布的禁令，而且要求禁令適用於Windows98。這一拳擊中了微軟的要害，微軟奮起還擊。對Windows98操作係統與IE瀏覽軟件一起銷售的爭議，形成了微軟與司法部這場官司的核心和關鍵。
對於司法部的這一企圖，微軟開展了針鋒相對的鬥爭，不但推翻了1997年司法部對微軟的禁令，而且取得了Windows98發行的暫時勝利。
盡管反壟斷案的調查者們仍在為一場新的更廣泛的針對微軟的訴訟收集證據，但他們的下一步行動似乎很有限。知情人士稱，司法部可能要求地區法院法官命令微軟提供兩個不同的Windows98版本：一個包含瀏覽器軟件，另一個則不包括。
國家負責反壟斷事務的最高官員以及司法部的發言人，均稱政府還未決定下一步的行動計劃。“我們還未決定，如果有下一步行動，我們該如何做”，司法部長助理喬爾·克萊因說，“另外，我們還需考慮，如果要采取行動，那麼如何進行補救的問題”。
但實際上，喬爾·克萊因將在數日內對微軟提起新的反壟斷訴訟。這一新的法律行動將指控微軟從事了掠奪性行為，以保護其Windows操作係統在市場中的主導地位，並將這種主導地位擴展入網絡瀏覽器市場。
據《華爾街日報》稱，司法部的律師們正在做訴訟文件的收尾工作，但仍未就將要采取的法庭策略作出最後的決定。而策略之一可能是尋求強製令。這一強製令將有效地延遲已宣布的微軟下一代操作係統Windows98的推出。由於美國12個州已準備好了一項針對微軟公司的反托拉斯訴訟案，Windows98有可能延期推出。這項訴訟案將尋求阻止Windows98的麵市，至少要等到有關微軟公司的操作係統中捆綁銷售IE瀏覽器的法庭辯論結束。