不久以後，西班牙境內摩爾人的領域由於基督徒的攻略大為縮減。西班牙境內的回教哲學與阿威羅伊同時告終；回教世界中其他地區的嚴格的正統教義扼殺了哲學的思辯。
針對控告阿威羅伊違背正統教義一事，宇伯威克曾卓有風趣地替他進行過辯解——也許有人會說，這樣的事應該留給回教徒去作決定。宇伯威克指出，按照神秘主義者的說法，可蘭經中的每一章節都有七重、七十重或七百重解釋，字麵上的意義隻是為了愚昧的俗人。按此，一個哲學家之教訓似無法與可蘭經有所衝突；因為在七百重不同解釋之中至少必有一重解釋理應適合這一哲學家的主張。然而在回教世界中，那些愚昧的人則似乎總是反對超出可蘭經知識範圍以外的一切學問；即便沒有什麼異端可供指責，情況也還是危險的。神秘主義者的觀點，即人民群眾應按可蘭經字麵解釋行事，而聰明人則無需如此，是很難贏得廣大群眾承認的。
阿威羅伊曾致力於改進阿拉伯人對亞裏士多德的解釋。
這種解釋在過去曾過分地受到新柏拉圖主義的影響。他給亞裏士多德以一種對待一個宗教創始者般的崇敬——甚而遠遠超過阿維森納給予亞裏士多德的崇敬。他認為上帝的存在可以借著獨立於啟示的理性加以證明，這種見解也曾為托馬斯阿奎那所主張。論及靈魂不死時，他似曾緊緊地依附於亞裏士多德，主張靈魂不是不死的，而智性（努斯）是不死的。
然而這並不足保證個人的靈魂不死，因為知性雖表現於不同的個人之中，但它卻是同一的。這種觀點自然受到了基督教哲學家的駁斥。
阿威羅伊，雖是一個回教徒，卻象後期大多數回教哲學家一樣，並不是嚴格的正統教派。當時有一個純屬正統教派的神學家團體，他們反對一切哲學，並認為哲學有害於信仰。
這個團體中有一個名叫阿勒嘎則勒的哲學家他寫過一本叫作哲學家的毀滅的書，書中指出，既然所有必要的真理都載於可蘭經內，因而便再也無需獨立於啟示之外的哲學思辯。阿威羅伊寫了一本答複他的書名叫毀滅論的毀滅。阿勒嘎則勒所特別擁護並用來反對哲學家的教條是：時間中的世界創自虛無；神的諸屬性的實在性；以及肉體的複活。阿威羅伊認為宗教在比喻的形式中包含著哲學的真理。這種說法特別適用於創世，他從他的哲學的立場給創世以一種亞裏士多德式的解釋。
阿威羅伊在基督教哲學中比在回教哲學中更為重要。在回教哲學裏他是個終結；但在基督教哲學裏他卻是個開端。公元十三世紀他的著作已被米凱爾司各脫譯成拉丁文，由於他的作品屬於公元十二世紀後半期，這是令人驚奇的。在歐洲他的影響是很大的，這影響不僅體現於經院哲學家當中，同時也體現於許多否認靈魂不死被稱為阿威羅伊主義者的非專業性自由思想家當中。在職業哲學家當中，特別仰慕他的人起初多為弗蘭西斯教團僧侶和巴黎大學中的一些人。但這個專題卻要待在以後的章節裏加以敘述。
阿拉伯哲學作為獨創性思想是不重要的。象阿維森納和阿威羅伊等人主要都是注釋家。總地說來，比較有體係的阿拉伯哲學家們的見解在邏輯和形而上學方麵大部分來自亞裏士多德和新柏拉圖主義者，在醫學方麵來自蓋倫，在數學和天文學方麵來自希臘和印度，而在一些神秘主義者當中，其宗教哲學裏還夾雜著一些古代波斯的信仰。阿拉伯作家僅在數學和化學方麵表現某些獨創性——在後者也還是研究煉金術時偶然遇到的結果。鼎盛時期的回教文明在美術和許多技術方麵是值得稱讚的，但在理論問題上沒有顯示出獨立思辯的才能。作為一個傳導者，它的重要性是不容給予過低評價的。古代和近代歐洲文化中間穿插了一段黑暗時期。回教徒和拜占庭人雖缺乏用以革新的智力卻維護了文明的工具——
教育，書籍，和治學的閑暇。當西歐擺脫野蠻狀態的時候回教徒與拜占庭人都曾給西歐以刺激——回教人主要於公元十三世紀，拜占庭人主要於公元十五世紀。在兩種情況下，這刺激都產生了勝過傳導者自身所創造的新思想——一是經院哲學，一是文藝複興（當然文藝複興還有其它原因）。
在西班牙的摩爾人與基督徒之間，猶太人形成了有用的一環，在西班牙有許多猶太人，當西班牙重新被基督徒征服時，他們繼續留住下來。因為他們既通曉阿拉伯文，又被迫學會了基督徒所使用的語言，因而他們便能勝任種種翻譯工作。在十三世紀中，另一種滲透方式是由於回教徒對亞裏士多德主義者的迫害而產生的，這種迫害使得摩爾的哲學家們向猶太人那裏避難，尤其是避難於普羅望斯地方。
西班牙的猶太人中出現了一位重要的哲學家，邁蒙尼德斯。他在公元1135年生於克爾多巴，三十歲時去到開羅，並在那裏度過了餘生。他用阿拉伯文寫作，但不久即被譯成希伯來文。可能是由於皇帝弗裏德裏希二世的要求，他的著作於他死後的幾十年內又被譯成拉丁文。他給失掉信仰的哲學家們寫了一本名叫《迷路者指南》的書。其目的在於調和亞裏士多德哲學和猶太神學。亞裏士多德是塵世的權威，啟示則是天上的權威。但哲學和啟示在有關上帝的認識中是殊途同歸的。真理的追求是一項宗教的義務。占星術遭到了擯斥。
摩西五經不該總以字麵上的意義來解釋；當字麵意義與理性相抵觸時，我們們應該尋求一種寓言性的解釋。他反對亞裏士多德，主張上帝不僅創造了形式，而且也從無中創造了內容。
他寫了一篇概述《蒂邁歐篇》的文章（他隻讀了該書的阿拉伯文譯本）。在某些點上他喜歡這本書比喜歡亞裏士多德更多。上帝的本質是不可知的，因為上帝超越了一切言語所能表達的完善。猶太人認為他是異端，甚而唆使基督教教會的權威者來攻擊他。有人認為他影響了斯賓諾莎，但這是十分可疑的。