萊布尼茨關於建立科學院的設想，可以說是對人類科學事業非常有益的事情。在這段時間裏，萊布尼茨奔走於宮廷、權貴之間，從表麵更很容易讓人誤解是為了五鬥米折腰，實際上在這些事的背後，我們可看出這個年近花甲的老人注重科學的熱心。哪次科學的進步，沒有包含這樣熱愛科學的人的心血啊！
除了創立科學學會之外，萊布尼茨從未放棄去鼓吹別的計劃。尤其是關於絲織品的計劃，萊布尼茨認為，通過引進絲織品的生產，德國的經濟就可能振興。他親自在院子裏試驗，用的是從意大利進口的樹種長成的桑樹。1703年他拿到在柏林和德累斯頓生產絲織品的許可證。18世紀末，絲織品工業在柏林已成為十分重要的工業。他還為柏林提出過一些別的建議，比如建立一個公共衛生係統；一個火警服務係統；一個地麵排水計劃；以及蒸汽噴泉。他還被邀請指導一個新的宮殿和花園的設計，提出過在維也納修建路燈、修建一個國家銀行及一個瘟疫患者的隔離病房等。他還改進了製圖法和測量法，提出過關於多瑙河的河流管理計劃，以及限製穀物貿易，從事亞麻生產。
萊布尼茨在從事繁雜的科學技術事務的同時，仍然對哲學給予極大的關注。這段時間他撰寫了一部巨著《人類理智新論》。這是他與洛克的《人類理智論》進行逐章逐節辯論的著作，用兩人對話的方式，一人代表洛克，一人代表他自己。這部作品雖然主要是關於認識論的，萊布尼茨站在唯心主義唯理論的立場上對洛克的唯物主義經驗論進行反駁，但是涉及到很多方麵，萊布尼茨的全部哲學觀點以及他對於許多門科學的觀點都在書中有不同程度的表現。這部《新論》原本是生前準備發表的，但正在他請人對法文加以潤色的過程中，洛克去世了，他不願發表對一位已去世的作者進行辯駁的作品，因此就擱了下來，直到1765年，即他去世約50年後才發表。
在《人類理智新論》中，萊布尼茨通過與洛克針鋒相對的論述，鮮明地表達出自己關於認識論的主要觀點。
萊布尼茨首先就從路線上把自己和洛克對立起來，指出：“他（指洛克）的係統和亞裏士多德關係較密切，我的係統則比較接近柏拉圖。”我們知道，亞裏士多德的觀點雖然有些動搖，但當他與柏拉圖相對時，實際是站在唯物主義經驗論立場上反對柏拉圖的唯心主義。由於基本立場或路線上的對立，萊布尼茨也就在一係列重大問題上與洛克持相反的觀點，並在對洛克的反駁中發揮了自己的思想。
第一個問題是人的心靈究竟是“白板”，還是具有某些“天賦觀念”或“天賦原則”。洛克在他的書中針對笛卡兒宣揚的“天賦觀念”或“天賦原則”進行駁斥，否認有任何天賦觀念而主張心靈原是一“白板”。麵對洛克的論點，萊布尼茨在一定意義下比笛卡兒後退一步，不再認為心靈生來就有一些現成的，或完全現實的、清晰的天賦觀念，而隻認為“觀念與真理是作為傾向、稟賦、習性或自然的潛在能力而天賦在我們心中，並不是作為現實作用而天賦在我們心中的。”但另一方麵，萊布尼茨又明確表明，按照他的“單子論”的觀點，從“單子”沒有“窗子”可供出入的觀點出發，根本否認觀念可以從外麵通過感官得來，因而隻能認為一切觀念都是在心靈內固有或天賦的了。這就把天賦觀念的學說推向了極端。又從單子都自有不同的質的觀點出發，萊布尼茨根本否認心靈可以是在每個人那裏都毫無區別的，一色的白板。他寧願把心靈比作“一塊有紋路的大理石。”總之，照萊布尼茨的看法，觀念雖非現實地天賦予人的心靈中，但作為“潛在”來看，則一切觀念可以說都是天賦的。心靈既具有潛在的天賦觀念，就如同有紋路的大理石一樣，不能是“白板”。
第二個問題與第一個問題密切相關，用萊布尼茨自己的話來說就是：“究竟是一切真理都依賴經驗，亦即歸納與例證，還是有真理更有別的基礎。”洛克明確肯定：“我們的全部知識是建立在經驗上麵的，知識歸根到底都是導源於經驗的。”萊布尼茨則認為：“像我們在純粹數學中，特別是在算術和幾何學中所見到的那種必然的真理一樣，應該有一些原則不靠舉例便可以得到證明，也不依靠感覺的見證。”他認為不僅是純粹數字，還有邏輯、形而上學、乃至神學法理學，也都充滿著這種“必然真理”，它們的證明是不靠經驗，而“隻能來自天賦的內在原則”。
我們看到，這個問題上的分歧，正是經驗論與唯理論的根本分歧，而萊布尼茨是站在唯理論立場上的。但萊布尼茨不同於笛卡兒之處在於，他企圖吸收經驗論的合理之處，而不是一概排斥。這表現在他承認有兩種真理：“推理和事實的真理”。他說：“推理的真理是必然的，它們的反麵是不可能的；事實的真理是偶然的，它們的反麵是可能的。”又說：“我們的推理是建立在兩個大原則上，即，（1）矛盾原則，憑著這個原則，我們判定包含矛盾者為假，與假的相對立或相矛盾者為真；（2）充足理由原則，憑著這個原則，我們認為，任何一件事如果是真實的或實在的，任何一個陳述如果是真的，就必須有一個為什麼這樣而不那樣的充足理由，雖然這些理由常常總是不能為我們所知道的。”從這些論述中我們看到，萊布尼茨希望將經驗論一些因素納入到自己的體係中來的企圖。
萊布尼茨與洛克爭論的第三個大問題是物質能否思想的問題。洛克在這個問題上的觀點本來是不徹底也不明確的，他並沒有明確肯定思想就是物質的人腦的功能，而且也承認有某種精神實體。隻是洛克認為精神實體的實在本質也和物質實體的實在本質一樣是我們所不知道的，因此，也不能認定靈魂或精神實體一定是非物質性的，上帝隻要願意，就能使物質本身能夠思想，這是可能的。萊布尼茨認為洛克是在維護“在自然秩序的範圍內，物質也能夠思想”這樣一種主張。照萊布尼茨看來，感覺和思想都是物質按其自然本性不能具有的能力，隻能是非物質的心靈這種精神實體的能力。認為物質也能夠思想，就是把物質“以奇跡的方式提高了，以致接受一種它按照本性所不能有的能力。”這當然是唯心主義的一種偏見。
以上就是萊布尼茨和洛克在認識論問題上一些最主要的原則分歧。總的看來，萊布尼茨認為作為認識主體的就是人的心靈，它隻能是一種精神實體而非物質性的；它不是像洛克所主張的那樣一種一色的“白板”，而是具有無數潛在的天賦觀念，這些潛在的天賦觀念，也就是心靈這種單子本身所具有的模糊的“微知覺”，它在自身的“內在原則”即“欲望”的推動下可以發展成為較清晰的“知覺”，並進一步發展成“察覺”或理性，這就形成了知識；這種知識在一定意義下就是心靈對宇宙萬物的“反映”，但這種“反映”並非外物通過感官進入心靈的結果，而是由於“前定和諧”在內部的知覺表象和外物情狀及發展過程之間的一致；作為反映即所認識的對象，也就是單子及其所構成的事物；除了以“充足理由原則”為基礎的表象這些事實的真理之外，有一些真理則是以“矛盾原則”為基礎而不依靠經驗事實的“推理的真理”。隻有這種推理的真理才具有絕對的普遍的必然性，事實的真理則無這樣的必然性。
至此，萊布尼茨最終確定了他的唯理論大師的曆史地位。
七、最後的年代（1714—1716）
萊布尼茨自從陷入柏林和維也納的事務後，他在漢諾威的時間少了，他已被漢諾威、布倫瑞克——紐倫堡、柏林、維也納、彼得堡五個不同的王室所雇傭，這激起漢諾威的喬治·路德維希的不滿，甚至停發了萊布尼茨的薪水。1714年當萊布尼茨聽說王後安娜去世，以及喬治·路德維希要登上英國國王寶座的消息後，才返回漢諾威，但是他沒能見到喬治·路德維希，因為這位新國王在三天前就出發了。
從1714年起，萊布尼茨開始了悲涼的晚年生涯。他已經快70歲了，已經太虛弱了，既不能像以往那樣到處旅行，也不能在別的地方開始新的生活。他確曾打算到英國去，但是他被巴黎所吸引。他不顧自己反法的觀點，接受了路易十四的邀請。而且要不是路易十四在1715年死去的話，他可能已經成行。與此同時，他正積極考慮搬到維也納會，或者就是到柏林去，他還是柏林科學院的院長。
此時萊布尼茨雖然很悲涼，但是並未在思想上停滯不前，這個時期他又和英國神學家塞謬爾·克拉克，法國耶穌會會士迪博斯以及其他一些著名人物進行通信，他的某些重要哲學通信就是在這個時期完成的。
1716年11月14日，由於中風和腹絞痛臥床一周後，萊布尼茨平靜地死在他的秘書和車夫的麵前，終年70歲。人們把他埋葬在諾伊斯塔特教堂裏。
萊布尼茨的一生是偉大的一生，他在各個領域都取得了驚人的成就。他的成功在於嘔心瀝血的工作，善於吸收他人的思想，以及他高度自信的一種罕見的結合。無論何時，隻要抓住一個新課題，他就能查閱所能找到的與此有關的一切材料，他清楚地知道如何擴展他的思路以至無窮。這一點是每個青年人應該學習的地方。
萊布尼茨的思想對於後世產生了巨大的影響。他的科學成就特別是諸如微積分的發明，對促進科學乃至整個文明的發展有巨大功績，這是無人否認的；在哲學上他雖然是一個唯心主義者，但是他的光輝的辯證法對後世德國哲學提供了直接的營養。因此，狄德羅曾寫道：“當一個人考慮到自己的才能並把自己的才能和萊布尼茨的才能來作比較時，就會恨不能把書都拋棄，去找個世界上最偏僻的角落躲藏起來，以便安靜地死去。這個人的心靈是混亂的大敵，最錯綜複雜的事物一進入他的心靈就弄得秩序井然。就哲學家和數學家這兩個詞所能具有的最充分的意義來講，他是一位哲學家和數學家。”
馬克思在給恩格斯的一封信中說：
“你知道，我是佩服萊布尼茨的。”