熱性傳染病，自古以來都歸入傷寒，認為致病的原因都是傷於寒邪，並且有“冬天傷於寒氣，春天必有溫病”的說法。醫學界也從來沒有人跳出這個怪圈。但是葛洪敢於跳出這個怪圈。葛洪提出的理論是“癘氣”加上“鬼毒相注”，他把這種病就叫做“溫病”。當然，由於葛洪的《肘後備急方》是一本簡易的方劑書，不是醫理學專著，所以他對“癘氣”並沒有深入進行論述，但是，他從傷寒的怪圈裏跳了出來。這個學說到明代時，發展成“癘氣”說和“雜氣”說，開始建立了溫病學派的新學說。從這裏可以看出，葛洪的“癘氣”開了溫病學的先河，成為溫病學說的萌芽。另外，“相注”這兩個字的意思，就是指這些“癘氣”導致的病症，可以互相傳染，實際上就是提出了傳染病的概念。
葛洪在這種不滿足於“傷寒”論的新的思想指導下，在我國傳染病學方麵取得了輝煌的成就。
葛洪記載的許多急性、慢性傳染病，在我國醫學文獻中是首次記錄，其中有的記載還是世界醫學史的最早記錄。這些傳染病主要有：
第一，國內最早的天花記錄：葛洪在《肘後備急方》中提到的一種傳染病，正是天花的全過程。葛洪說，那一年有一種流行性傳染病，發病的時候，包括頭部和麵部的全身都長瘡，遍及全身以後，全身發紅就像火一樣，隨後瘡裏就會灌膿變白，如果不好好地進行治療，大多數病人就會死去；就是沒有病死的人，病好了以後，也會留下黑色的瘡疤。
第二，流行性鉤端螺旋體病，也叫做出血熱。葛洪在書中指出，那一年又有一種渾身發黃的病。起病時隻覺得四肢沉重，精神不振，沒有多久，黃色就會由雙眼遍及到全身，並且有全身出血的現象，也可以致人於死地。
第三，黃疸性傳染性肝炎：周身發黃，胸部脹滿，四肢覺得腫脹，有時出汗也是黃色的。
第四，恙蟲病：這種急性傳染病的傳染源是一種當今醫學叫做“立克次體”的微生物。葛洪在《肘後備急方》中提到一種沙虱病，與恙蟲病的發熱、皮疹、焦痂和得病的經過相同。葛洪說，這種病初起時皮膚上紅赤色，大小和豆黍米粒一樣，用手一模就像紮了刺一樣疼痛。幾天以後，全身就會疼痛發燒，關節也很疼痛，活動很不方便，以後皮膚的病變就會結痂，厲害的也可以致人於死地。在國外，這種病由日本的橋本伯壽於1810年最早報道，他把這種病稱做“都都瓦”，他的報道比葛洪的描述晚了將近1500年的時間。
第五，結核病：雖然葛洪以前的醫生早就提及過結核病，但葛洪的描述比他們描述具體、明確和詳盡得多。他認為，有一種屍注鬼注病，得病者很多症狀，可以多達36種，或者是99種，但大多數病人都發熱畏寒，精神恍惚，說不出具體的病痛在哪裏，卻又處處感到難受。這種病可以拖的時間很長，終年累月，最後會因為疲困消瘦而死，死後又可以把病傳染給別人，甚至傳染給全家。從葛洪對這種病的慢性感染的描述來看，應該是較為典型的結核病。
由於古代沒有醫學顯微鏡，無法發現微生物，隻能依靠肉眼觀察疾病的病源體。醫學上的昆蟲是非常小的，很難發現。葛洪是一位非常認真的“有心人”，因而他能夠發現如下兩種小昆蟲：
一是，恙蟎——這種傳播疾病的醫學昆蟲隻有針尖那麼大小。葛洪在《肘後備急方》中把它叫做沙虱，他說，用針可以把這種沙虱挑起，它的形狀與疥蟲相似，隻有把它放在指甲蓋上對著日光觀察，才能把它看清。葛洪提到的疥蟲是一種皮膚寄生蟲，大小隻有0.25×0.3毫米，葛洪把沙虱和疥蟲相比，說明葛洪對於疥蟲比對於沙虱更加熟悉，知道它的形態。在國外，公認疥蟲的發現者是阿拉伯醫生阿文佐亞（1113—1162年），葛洪的發現要比他早800年，羔蟎是近代才發現的，無法與葛洪相比。
二是，血吸蟲病——這是一種寄生在人體肝門脈血管係統中的寄生蟲病。葛洪在《肘後備急方》記載的中溪毒、射工、蜮等病，下痢及發熱、皮疹的病症，與現代描術的血吸蟲病急性期相似。葛洪在書中描述人在溪水中或溪邊受感染，起初是惡寒發熱，皮膚上出現小皰，並可以引起皰痢，感覺發熱頭痛，四肢瘓懶，並有大便下痢的症狀，這種病在江南、江東各縣非常流行。
葛洪在《肘後備急方》中，還對瘧疾、狂犬病、痢疾、馬鼻疽等傳染病和寄生蟲病做了記載。
葛洪在《肘後備急方》中簡煉地記載了當地各種各類不同的疾病和不同的病證。特別是葛洪對不同類型的腳氣病的描述。葛洪認為這種病首先是在嶺南、江東等地流行和發現的。這種病開始時感覺不大，病情發展也比較慢，隻感到雙腳有些發麻，微微有些脹痛，隨後就會出現兩隻小腿都會浮腫，或者是雙腿乏力，腹部脹滿。也可以侵犯腹部，發病後很快死亡。現代醫學所說的維生素乙缺乏症造成的幹性和濕性兩種腳氣病，基本上就是這種症狀。幹性腳氣病是一種心髒性的腳氣病，心髒被侵犯後可以突然發病死亡。濕性腳氣病的主要表現就是腿腫發麻。
葛洪在《肘後備急方》中還記載了一種“角弓反張”的症狀，得了這種病以後，全身的肌體就會強直痙攣，尤其是背肌會收縮，導致頭頸極度向後，像一張弓那樣彎曲，所以被葛洪稱為“角弓反張”，這種病證和現代醫學中描述的破傷風類疾病的病症相同。葛洪創造的“角弓反張”這個醫學名詞則一直被醫務界在臨床中沿用至今。
葛洪在《肘後備急方》中還吸取了我國古代“以毒攻毒”的治療思想，譬如，他在治療被瘋狗咬傷的病人時，就提出來，殺掉咬人的這隻瘋狗，用這隻狗的腦髓敷在被咬的傷口上進行治療，“後不複發”。近代醫學實驗證實，狂犬是由於狂犬病毒所致，人被狂犬咬傷後，病毒會從傷口進入身體內部，並與神經組織有特殊的親和力，導致狂犬病發作。狂犬的腦髓和唾液中有大量的病毒存在，已被科學證實。法國科學家路易·巴斯德（公元1822—1895年）從腦組織分離和培養狂犬病毒，並發明了一種病毒疫苗，使人接種疫苗後對恐怖的狂犬病產生免疫能力。這種方法，現在醫學上稱為被動免疫治療。從這裏可以看出，葛洪的治療狂犬病的方法，是免疫治療思想的萌芽。
葛洪在《肘後備急方》中，還提出了用大豆、牛奶、蜀椒和鬆節、鬆葉來治療腳氣病。通過現代化學的分析證明，由於這些藥物中含有比較豐富的維生素乙，所以用它們來治療腳氣病效果比較理想。
葛洪在《肘後備急方》中提出了老瘧、溫瘧、瘴瘧、勞瘧、瘧兼痢等多種瘧疾，根據種類的不同，開列了常山、鼠婦、豆豉、蒜、皂莢、鱉甲等多種藥物，這些藥物有的有副作用，有的有毒性，但在治療瘧疾方麵都有一定的療效，在古代的醫療條件下對瘧疾起著積極的治療作用。
在《肘後備急方》中葛洪對瘧疾還采用了一種青蒿治療法。青蒿治療法是用一把青蒿，用2升水漬泡，然後用絞的方法將汁取出服食。解放後，我國科學工作者根據這個記載，專門研究了青蒿，發現青蒿中含有青蒿素，這種藥比起以前的奎寧、氯喹來，對於惡性瘧疾，尤其是腦型的惡性瘧疾，還有對氯喹等具有抗藥性的瘧疾，療效要理想得多，是一種新型的、優質的特效藥，現代藥學界把它稱為抗瘧史上繼氯喹之後的一個突破。特別有趣的是，青蒿雖然能夠治療瘧疾，但是它的有效成分是一種不耐熱的化學物質，在加熱以後就失去了它的抗瘧性能。而葛洪在《肘後備急方》中拋棄了中醫常用的熬湯方法，改用絞取汁的方法，這說明葛洪對這種藥物的性能有著十分透徹的了解。
葛洪在《肘後備急方》中還提出了一種捏脊療法。這種療法讓病人伏臥在床上，醫生用雙手的手指捏取病人脊柱附近的皮膚，捏的時候要用力捏起，使病人略有痛感，並且要從尾脊處往上，一直捏到項背頂端。用這種方法治療腹痛，特別是兒童疳積病，療效非常好，一直到現在還被臨床所應用。
葛洪的《肘後備急方》還記載了在進食時不慎把魚骨鯁住喉嚨，或者是誤將其他異物吞入食道的治療方法。這種方法是把一團薤白放進口中咀嚼，讓它變柔軟了，然後用繩子係住這團薤，讓患者把這團薤整個吞到鯁骨去。因為薤是粗纖維，當即會把異物裹住。這時醫生手拉繩端，就可以把異物拉出來。如果異物比較大，用這種方法取不出來，如誤吞釵，可以用一大團幹萎的薤，煮熟以後，切食一大團，和釵一起吞進腹中，再排出體外。
葛洪在《肘後備急方》中還記載了野葛、狼毒、杏仁、水銀、羊躑躅（落葉小喬木，花有毒，俗稱鬧羊花、羊不食草）、半夏、附子（株高三四尺，莖作四棱，葉如艾，花紫碧色，突葉小如桑椹狀，墨色。根形似烏頭，附烏頭而生。入藥，有毒）、莨菪（又名天仙子，有毒，種子、根、莖入藥，古方說可以治癲狂）、毒菌、毒肉等食物、藥物中毒的治療方法，他所用的解毒劑有甘草、大豆、雞蛋、薺苠（又名地參，根莖都似人參，根味甜，可入藥）等等，這些解毒劑有的是服用後起化學中和作用而解毒，有的是催吐藥，使病人將毒物立即吐出來，都有一定的療效。葛洪還用灸人中穴、膻中穴（人體胸腹間的橫隔膜，也叫氣海，在胸中兩乳之間）的方法，搶救昏迷不醒人事的病人，在沒有灸艾等條件時，他主張用手指甲切鼻柱下，也就是掐人中穴的方法，這種方法至今還在民間廣泛運用。
葛洪的《肘後備急方》是一本簡易的急救療法手冊，後世把他的醫療技術高度概括為“簡便驗廉”四個字。他的這些醫療思想和技術方法，對中醫的發展起了很大影響，特別是明清時代發展起來的走方醫生、鈴醫等學派，受到葛洪的影響更深。
七、入羅浮山
葛洪寫完了《抱樸子內篇》、《抱樸子外篇》、《神仙傳》、《玉函方》和《肘後備急方》後，司馬睿將葛洪辟為椽（副官佐貳吏）。因為他鎮壓農民起義有功，封為關內侯。
晉成帝鹹和（公元326—334年）初年，司徒王導有很大的勢力。王導屬琅玡王氏，是北方氏族的代表人物。司馬睿在洛陽時，就與王導“素相親善”，“契同友執”。後以王導為高級幕僚。他隨司馬睿到建鄴（今江蘇南京市），建議司馬睿從南來的士族中“收其賢人、君子，共同圖事”，爭取“僑姓士族”的擁護。又建議拉攏江南士族。司馬睿也得到“吳姓士族”的擁護。司馬睿稱帝，王導功勞最大。他以王導任丞相，掌大權。當時有“王與馬，共天下”之說。在司馬睿登帝位，接受將吏朝拜之時，他讓王導“升禦床共坐”。王導召葛洪補州主薄（州的重要僚屬，參與機要，總領州事），又轉為司徒椽（司徒的副官佐貳吏），又升遷為谘議參軍（重要幕僚）。
葛洪和幹寶的關係非常要好。幹寶是新蔡（治所在今河南新蔡）人，字令升，晉元帝時以佐著作郎領修國史，著《晉紀》二十卷，撰有《搜神記》二十卷，是魏晉誌怪小說的代表作。書中多講述一些神仙鬼怪故事，雜以封建迷信之說，但保存了許多古代傳說和民間故事。幹寶向晉成帝推薦葛洪，說葛洪“才堪國史”，晉成帝將葛洪選為散騎常侍（在皇帝左右規諫得失，以備顧問，往往預聞要政），領大著作（負責編撰國史），這樣重要的位置，葛洪卻推辭不就。
葛洪不願到朝廷去做官的原因，是因為年老（其實葛洪才四五十歲），想繼續煉丹來祈禱長壽。他寫了《抱樸子內篇·金丹篇》。但是，因為種種原因，他自己並沒有條件親自去進行煉丹實驗。此時，他聽說交阯（治所在今越南河內東天德江北岸）出產煉丹的材料，就向晉成帝要求去做勾漏（在今廣西北流縣）令。晉成帝因為葛洪的資格高，不讓他到這樣偏僻的地方去做這個小小的縣令。葛洪對晉成帝回答說：“我到那裏去的原因不是要以此為榮，而是因為那裏可以煉丹。”晉成帝聽了葛洪的回答，就答應了他。
葛洪帶著他的子侄一起到勾漏上任。先是到了廣州，當時的廣州剌史是鄧嶽。鄧嶽字伯山，陳郡（治所在今河南淮陽）人。鄧嶽勸阻葛洪不要到勾漏去，葛洪未聽，從此就進入了羅浮山（位於今廣東博羅縣東江之濱）修行。
羅浮山又稱作東樵山，和廣東南海縣的西樵山齊名，享有“南粵名山數二樵”的盛譽。羅浮山跨博羅、增城、龍門三縣，縱橫250公裏，地質構造屬於花崗岩穹窿山。羅浮原來是兩座山，傳說自古就有羅山，浮山是由東海漂來的，倚在羅山的東北，由橫貫的鐵橋峰把兩山聯接起來。羅山主峰是飛雲頂，海拔1281米。浮山主峰稱為上界三峰，三座山峰鼎足峭立，和飛雲頂並峙。從頂峰向下俯瞰，層嵐積翠，雲氣往來，可以看見羅浮山脈的432個大小峰巒，形態各異，變幻無窮，氣象萬千，道教把這裏稱為“第七洞天”、還稱為“第三十二泉源福地。”山中懸崖怪壑，亂石叢林，構成了朱明，桃源、夜樂等18個洞天和白水漓、水簾洞等980多處飛瀑幽泉。
葛洪到了羅浮山以後，就在羅浮山修道煉丹，行醫采藥，並開始在山上修建庵舍。葛洪共開辟了都虛、孤青、白鶴、酥醪四庵。
都虛在羅浮山東麓朱明洞南，是葛洪所建四閹中的南庵，也是他修道煉丹行醫采藥的場所。到了東晉安帝義熙（公元405—418年）初年時，在這裏設置了葛洪祠，唐天寶（公元742—756年）中逐步擴大為觀。公元1087年，宋哲宗賜額為“衝虛觀”。衝虛觀在曆代屢經戰火，現存建築是清同治（1862—1874年）年間重修的。1945年春夏之間，中共廣東臨時省委、中共廣東區委、廣東人民抗日遊擊隊東江縱隊司令部等領導機關曾經進駐在觀內，並在這裏召開過廣東省幹部會議。
在衝虛古觀測旁，有葛洪的煉丹灶。灶頂高3.60米，四角形底座邊長2.25米，八角形壇體邊長0.80米，用花崗石砌成，按方位雕有乾、坤、震、巽、坎、離、艮、兌八封圖形和麒麟、仙鶴等靈禽異獸的圖案。四角石柱上雕有雲龍。灶旁曾懸桂過古劍、古鏡等物，地上留有五色土，有煉丹殘餘物質遺留。公元1094年，北宋的大文學家蘇軾被貶至惠州時，曾經遊曆過羅浮山，為葛洪煉丹灶題寫了“稚川丹灶”四個字。後來屢經興廢，到1755年，廣東督學吳鴻又為葛烘煉丹灶重寫了蘇軾題字。
在羅浮山東麓的麻姑峰下，還有葛洪的洗藥池，池畔有塊稱作釣魚台的巨石，石上刻有清代丘逢甲所題的詩：“仙人洗藥池，時間藥香發”；“采藥仙人去不還，古池冷浸梅花月。”
八、葛洪之死
葛洪到羅浮山煉丹以後，鄧嶽又向晉成帝上表，補葛洪為東官太守，葛洪又推辭不去做官。鄧嶽隻好讓葛洪的侄子葛望為記室參軍。
葛洪於公元343年去世，享年61歲。
據說，葛洪死的時候，給鄧嶽寫了張條子，說自己要遠行尋師，克期出發。鄧嶽得到了條子，狼狽往別。葛洪坐到日中，好像睡著了一樣故去，鄧嶽來了以後，沒有來得及見麵。鄧嶽看葛洪的顏色，像活著時候一樣，身體也很柔軟，抬屍入棺時，屍體也很輕，像隻有一身衣服一樣，所以世上人都認為他“屍解得仙”了。
葛洪去世以後，因為曆史記載上有葛洪要到勾漏去做縣令的事，道書就進行附會，說葛洪在勾漏山曾經進行修煉，是道家所傳的三十六小洞天的第二十二洞天。在廣西北流縣城東北5公裏，勾漏山脈的主峰下有勾漏洞。勾漏洞是因為洞內有勾、曲、穿、漏的特點而得名，包括了寶圭、玉闕、白沙、桃源四個洞，全長1公裏。魏晉時的勾漏縣治就在洞前。洞口建了葛仙祠，洞內雕有葛洪像。洞前有唐宋以來100餘則摩崖碑碣。洞內清邃深幽，有千姿百態的鍾乳石，綺麗幻奇，非常迷人。洞中有宏偉的大廳，也有僅能過人的長廊，還有水清可涉的地下暗河。郭沫若曾經為風光秀麗的勾漏洞題詩說：
魏晉以來負盛名，洞天勾漏自天成，
電光射透蛟龍窟，風景爭衡臨桂城。
不為丹砂思作令，期滿紙虎願從征；
苕華聞道敷紅紫，綠滿群山樂耦耕。
在福建霞浦縣城南10公裏，還有一座葛洪山。相傳葛洪曾經於此煉丹，所以稱為葛洪山。山上有個石洞，洞中有石屏、石幾、棋局，上麵還有六個篆文，人們都認不出來。山岩上有“百姓”二字，洞口有石竅、石罩、石泓、泉眼通海，深不可測。山下有公元282年所置的溫麻縣址，已經成為廢墟。後來所建的城堡稱為古縣，舊址仍然保存著。山前有10座奇峰，清幽明削，名叫展旗峰、旃檀林、文筆峰、石鑒軒、壽山星、翠羅屏、湛思池、偃杉塔、涅槃石、仙人塚。
葛洪是我國古代在煉丹術和醫學上都有重要成就的科學家，他在總結秦漢魏晉以來煉丹術的過程中，接觸到一些重要的化學原理，在我國以至世界的自然科學史上占有一定的地位。
葛洪在政治思想方麵是站在封建統治階級一邊的，他在《抱樸子外篇》中對農民起義持否定態度。他提出了以神仙養生為內、儒術應世為外的政治主張，宣揚人能成仙的道教思想，使道教成為維持封建統治的工具。他本人也參加過鎮壓農民起義。他的著作中還有許多唯心主義的思想內容。
對葛洪在我國古代化學、醫學方麵的發展所作出的一定的貢獻，我們應該實事求是地加以肯定。
在世界曆史上，有很多政治上維護正統而在科學上有一定貢獻的科學家，我們應該全麵地看待他們的功過是非，既不能因為他們的科學貢獻而隱諱他們的思想局限，更不能因為他們在政治上的守舊而把他們在科學的成就也一筆抹煞，這就是我們對待葛洪這樣的科學家的正確態度。
葛洪用畢生的力量研究長生之術，但是它隻活了61歲，說明所謂“神丹”對人的身體並沒有什麼益處。但是，很多古人不這樣看，例如陶弘景，他在實踐中也無法達到長生不死的目標，於是他在晚年接受了佛教的因果報應學說，認為修煉的效果主要不取決於煉養功夫，而是取決於前生修功積德的“緣業”。他認為自己長期修身煉丹，其不能成仙之故，就在於“緣業不及”。這種學說對後世影響很大。如唐代大詩人白居易雖煉丹不成，但沒有對仙丹失去信心，隻是相信“長生須有籍”，自己與仙道無緣。
養生成仙雖然是虛妄的，但是，陶弘景和葛洪一樣，注重外丹，即“以藥石煉其形”，煉出金丹來服食，這屬於外丹，除此之外，他還發展了葛洪的學說，要煉養“精氣”和“和氣”，這屬於內丹，包括存思、行氣、導引等術，對我國的醫藥和化學的發展影響很大。
在煉丹術方麵，陶弘景著有《合丹藥諸法式節度》一卷、《集金丹黃白方》一卷、《太清諸丹集要》四卷、《煉化雜術》一卷、《服雲母諸石消化三十六水法》一卷等。他從公元505年到公元525年，進行了長達20年的煉丹活動，經曆過7次以上大規模的煉丹實驗。他多次開丹鼎“皆獲霜華”（反應器上部的升華結晶物），他的門人都認為丹成，但他總是以各種丹成的標準（包括服食成仙）加以檢驗，認為未成。當然要想煉成一種服食成仙的“仙丹”，這本來就是不可能實現的，但是從化學的角度來看，他每次開鼎“皆獲霜華”的煉丹實驗卻是成功的。所以，陶弘景是葛洪以後最有成就的煉丹術士。但是由於陶弘景的煉丹著述都已亡佚，也就無法對他煉丹的結果進行化學分析。
陶弘景雖然沒有給我們保存下來他的煉丹著作，但他的醫藥學著作卻保存下一些，他撰有《本草經集注》七卷、《名醫別錄》三卷、整理葛洪的《補闕肘後百一方》三卷、《藥總訣》二卷，《陶氏方》三卷、《效驗方》五卷早以散失，但《證類本草》和《本草綱目》等書保存了《本草經集注》和《名醫別錄》的主要內容。他的成果應認為是葛洪煉丹術和醫學方麵成就的發展。