葛洪在《抱樸子內篇·金丹篇》中，並沒有公開《太清神丹經》的內容。所以，我們隻能根據《黃帝九鼎神丹經》中提及的“九轉神丹”進行推測。“九轉神丹”所用的原料有赤鹽（以寒鹽一斤、雨泥一斤，放在火器中，用火燒煉而成的鹽）、艮雪（即水銀霜）、玄白（即鉛粉）、飛符（化學成分不清楚）、朱兒（即丹砂）等，須經過“九轉”才能最後煉成神丹。所以這種神丹是經過9次反複升華的硫化汞，或者還含有氯化汞的成分。在《金丹篇》中，葛洪還記載了“九光丹”。這種丹就是分別燒煉丹砂、雄黃、白礜石、曾青、慈石5種礦物，得到5種丹藥。
葛洪在《抱樸子內篇·金丹篇》中，另外還具體介紹了《五靈丹法》、《岷山丹法》、《務成子丹法》、《羨門子丹法》、《五成丹法》、《伏丹法》、《赤鬆子丹法》、《崖文子丹法》、《劉元丹法》、《樂成子丹法》、《李文丹法》、《尹子丹法》、《太乙招魂丹法》、《采女丹法》、《稷丘子丹法》等28種“仙丹”的煉製秘訣。其中務成子、羨門子、赤鬆子、崔文子、樂成子、尹子、稷丘子等都是傳說中的仙人，如羨門子是戰國、秦時的仙人，秦始皇曾派燕人盧生去求訪他；赤鬆子是晉代的黃初平，他在一次放羊的時候，被一個道士攜至金華山（在漸江金華市北）石室中，服食鬆脂茯苓成仙，改名為赤鬆子，世傳他能叱石成羊，這些說法都是荒誕不經的，沒有什麼可取之處，但是，葛洪以他個人的力量，在當時能搜集到那麼多的丹經，就可以使我們了解到，當時中國的方士們進行了大量的煉丹化學實驗，並已經總結出了一套比較完整的操作規程，廣泛地利用了各種礦物原料，製取了不少化學製劑，觀察到了眾多的化學變化。
葛洪還在《抱樸子內篇·黃白篇》中告訴我們，中國的煉丹家在東晉時期就廣泛探究了把銅、錫、汞、鐵等金屬轉變為黃金、白銀的實驗。葛洪說，當時已經有了煉製黃金和白銀的方劑25卷，1000多種。他說，他曾經向他的老師鄭隱求授《黃白中經》五卷。鄭隱告訴葛洪，他曾和左慈在廬江銅山中試作黃金、白銀，並且取得了成功。葛洪在他的書中簡略地公開了《金樓先生所從青林子受作黃金法》、《角裏先生從稷丘子所授化黃金法》、《小兒作黃金法》、《務成子法》等一些他所收集到的轉變黃金、白銀的技藝。
葛洪在《金樓先生所從青林子受作黃金法》中說，轉變黃金的要訣是：
先煆錫，取長、寬各六寸，厚一寸二分的錫塊，把和成泥的赤鹽和灰汁塗在錫上，有一分厚，碼放在赤土釜中。比例是十斤錫，用四斤赤鹽，把它封閉嚴實，用幹馬糞火“煴（y&n，沒有火苗的火堆）它30天，滅火開釜，錫塊就都變成了灰狀，中間有一粒粒像豆子似的東西，就是黃金。
葛洪在書中對於這些黃金的轉變方法都過於簡略，由於道教的戒律很嚴，規定煉製神丹和轉變黃金、白銀的技術，必須授給“賢者”，否則，決不能把這些技術機密泄露出去，因此，葛洪在書中也並沒有把這些“絕技”和盤托出。
四、葛洪的養生思想
除了煉丹術之外，道教還主張服食一些“仙藥”來保持長生，以求不死。葛洪在他的《抱樸子·仙藥篇》中對各種石芝、雲母（古人以為此石為雲之根，所以這樣稱呼。可析為片，薄的能透光，可做為鏡屏；也可作為藥材。根據質地和色澤分為雲英、雲珠、雲母、雲沙、雲液、雲膽等）、雄黃、諸玉、真珠（即珍珠）、桂（肉桂、月桂、菌桂、壯桂，是百藥之長）、巨勝（即胡麻、俗稱芝麻）、檸木實、鬆脂（鬆樹分沁的一種膠汁）、菖蒲（草名，生於水邊，有香氣，根可以做藥材）等等所謂仙藥的特征，產地，采集、性質、加工和服食的方法都做了非常完整的說明，這些內容對我們了解道教煉丹派的思想和活動都很重要，是我們研究中國古代醫藥學、動物學、植物學和礦物學的極為珍貴的資料。
道教煉丹派的活動雖然充滿了神秘和迷信的色彩，但是，煉丹派通過他們長期的煉丹實踐活動了解到了很多化學變化。葛洪在他的《抱樸子內篇》中，就記載了一些他的師祖輩和他本人以及他同時代的方士們通過煉丹實踐所了解到的一些化學變化。譬如他記載說丹燒了以後就會變成水銀，水銀“積變”以後又會還原成丹砂。
葛洪又記載說，鉛性是白色的，而把鉛“赤之”就會變化成丹；丹性是赤色的，而把丹“白之”就會變化成鉛。
葛洪還記載說，用曾青塗在鐵上，鐵就會變成銅那樣的赤色，但隻是外表變了，裏麵並沒有發生變化。
葛洪根據這些化學變化和其他一些觀察及傳聞，提出了“變化者，乃天地之自然”這個樸素的見解。葛洪堅信人的創造智慧和力量，認為人既然可以模仿宇宙天地間的各種變化，還可以製造出各種新鮮事物，導演出各種奇異的物類變化。葛洪正是從這樣的論點來出發，論證人們可以升煉神丹，製造黃金的。
由於葛洪在撰寫《抱樸子內篇》時，正遇到了“八王之亂”時期的戰亂，他很難進行煉丹實驗，他自己就在書中歎怨說，鄭隱已經把《太清神丹經》、《黃帝九鼎神丹經》、《太清金液神丹經》等書傳授給他20多年了，但是，因為他自己既貧苦沒有財力，又遇到了多難之時，道路堵塞，得不到煉丹所需的藥物，無法由自己親自進行煉丹實驗，所以，這本書裏的煉丹，轉變黃金、白銀、仙藥等內容，基本上都是他從自己的師祖輩的傳授中得來，或者是他周旋各州時會見各位道友時的所見所聞，很少有他自己親自煉丹的記錄。
中國的道士們把畢生精力用在煉丹上，這是因為他們相信服食了金丹以後就可以使人長生不老。東漢的魏伯陽就論述過這個問題。魏伯陽還提出了相類學說，認為陰陽相對的兩種反應物質必須同時屬於同一類，“同類”的物質才能“相變”，“異類”的物質之間則不能發生反應。
葛洪是反對魏伯陽的相類學說的，但是這一學說含有一定的合理因素，到了唐代又得到進一步的發展。
雖然葛洪反對魏伯陽的相類學說，但是對於服食金丹可以長生，他也有自己的一套理論。葛洪認為，金所以能使人長生，是因為人可以借助於其它物質來壯實自己。葛洪在《抱樸子內篇·金丹篇》中說：
人如果不服食金丹和金液，是自己使自己受苦。因為五穀雜糧都能使人活下去，人有了它們就能得以生存，絕了它就會餓死，何況上品的神藥，它對人的好處不會比五穀雜糧強一萬倍嗎？金丹這種物質，燒的時間越長，變化就會越奇妙。黃金放進火裏之後，百煉都不會消失，埋在地下也永遠不會腐朽。而服食了這兩種物質，是煉人身體的，所以就能使人不老也不死。這就是借助於其它物質來堅固自己，這就和油脂可以使火越燒越旺而不會使火熄滅一種道理。用銅綠塗在腳上，腳雖然泡在水裏也不會腐朽，這是人借助了銅的力量來護衛自己的肉體。金丹進入身體內部以後，作用更大，是用銅綠外敷所不能比擬的。
實際上，葛洪對長生求仙的方法，還是采取兼容並蓄的態度的。他的見解是比較獨特的。他雖然首推金丹是養生的一種途徑，但是，他又強調說，凡是養生的人，應該多聞而抓住要點，博見而善於選擇，不應該偏修一種方法，不應該依賴它。葛洪還說，如果重要的方麵，大的方麵沒有得到，那麼小的方麵就不能不知道得更多一些，這是因為可以借助多種方法共成長生。葛洪認為，服藥雖然是長生的根本方法，但是如果能兼煉氣功，收效就更快。如果得不到仙藥，但能夠把氣功練好了，也可以活幾百歲。葛洪還認為，在練氣功時，重要的是練好“胎息”（不用鼻子和嘴來呼吸，好像在胞胎之中一樣）。葛洪還強調說，想要長生的人，必須想積善立功，慈心於物，對自己的“恕”要推及到他人，甚至對昆蟲都要體現出仁來，如果能做到這些，就是一個有德的人，他就可以得到天賜的福，想做什麼事一定能做成，求仙就是可以有希望的了。葛洪由於受到儒家思想的影響，甚至表示說，想要求仙的人，應當把忠孝、和順、仁信作為根本，如果他不修道德，隻注意方術，就不能得到長生。
葛洪雖然反對農民利用《太平經》裏的說法進行起義，但還是接受了《太平經》裏的樸素的唯物主義觀點。葛洪認為，包括人在內的宇宙萬物的起源，都是依靠氣來生成的。他說，人在氣中，氣在人中。從天地到萬物，沒有不依靠氣而誕生的。葛洪所說的氣，是指充滿宇宙間極其細微的原初物質。葛洪還認為，有形的人體是第一性的，精神是第二性的。他認為，有是因為無而生成的嗎？有形的人體是需要精神而建立的嗎？有應該是無產生的宮室；形應該是神的宅舍。這就好比是堤壩一樣，堤壩壞了水就不能存留了；又好比是蠟燭一樣，蠟燭燒完了火就不存在了。身體受到了損傷精神就會耗散，人沒有了元氣，生命就到了終點。最後，葛洪的結論是精神依存於形體而存在。
葛洪的《抱樸子外篇》講的是“人間得失，世事臧否”，思想傾向屬於儒家，是研究當時社會思想史的重要資料，葛洪的祖先原來是吳國的名門，後來沒落，葛洪受到北方僑姓貴族的壓抑，因而在外篇裏，對當時官場內幕、貴族的殘暴以及社會的偽善，揭露頗多，其中保存了一些珍貴的史料。
在葛洪的《抱樸子外篇》卷四十八《詰鮑篇》裏，葛洪在無意中給我們留下了晉代社會政治思想史的一份重要史料。在這篇文章中，葛洪與鮑敬言就君主問題進行了互相辯詰。鮑敬言這個人，他的生平事跡和著作已不可考查；大約與葛洪同時代人。鮑敬言認為“古者無君，勝於今世”，又認為君臣製度起源於“強者淩弱”，“智者詐愚”，“彼蒼天果無事也”，從而駁斥了君權神授說。他還對統治者“聚斂以奪民財”、“嚴刑以為坑阱”等罪惡進行了揭露，指出許多社會弊病的產生，“此皆有君之所致也”。據此，他主張社會“無君”。他認為；在古代的時候，無君無臣，掘井而飲，耕田而食，日出而作，日入而息。……不競不營，無榮無辱。可是到了後來，有了君臣和國家製度：役彼黎烝（zh5ng），養此在官，貴者祿厚，而民亦困矣。”他認為造成人民痛苦的剝削、壓迫、戰爭等，都是由於產生了統治階級所致。
鮑敬言的“無君論”反映了他對現實不滿的思想，揭露譴責了魏晉以來的政治黑暗，戰爭殘酷，統治階級奢侈腐朽，恣情享樂的情況。他反對儒家的“天王烝民而樹之君”的君權神授的理論。他認為，到了衰微的時代，智用巧生，道德既衰，尊卑有序，才有了君、臣、官、民之分。鮑敬言的這種主張，在一定程度上反映了被壓迫階級對封建統治的不滿，在曆史上有其進步意義。但是，葛洪與鮑敬言的觀點不同，在《詰鮑篇》中，他對鮑敬言的“無君論”進行了反駁，反映了他維護封建君主製的立場。然而，恰恰是葛洪的這篇反駁無君論的文章，才使我們了解到鮑敬言的“無君論”思想。
五、葛洪的醫學思想
道家把能得道成仙的人稱作神仙，說他們可以長生不死，來去無方。早在漢武帝時，司馬遷就在著名的《史記》一書中寫道：“考神仙之屬，未有驗者。”但是道教繼承了道家的神仙之說。漢末的方士托名劉向，寫了一本《列仙傳》，二卷。記述了傳說中的71名仙人，各附讚語，體例仿照劉向的《列女傳》。
葛洪在《列仙傳》的基礎上又撰寫了一部《神仙傳》，十卷。《神仙傳》所錄共84人。其中容成公、彭祖（傳說顓頊帝玄孫陸終氏的第三子，姓籛（ji1n）名鏗，堯把他封在彭城（今江蘇徐州市），因其道可祖，所以稱作彭祖。籛鏗在商朝為守藏史，在周朝為柱下史，活了800歲）兩條《列仙傳》已載，其餘82人都是《列仙傳》未載的。
其實，所謂“神仙”，在曆史上是不存在的，譬如說“彭祖”這個人，實際上不是一個人，他可能是江蘇徐州一帶一個古代部落或部族的名稱，這個部落或是部族子孫相承，延續了800年之久。葛洪在《神仙傳》中說，西漢的淮南王劉安跟八公（劉安的門客，有蘇非、李尚、左吳、田由、雷被、毛被、伍被、晉昌八人，他們奉劉安之招，和諸儒大山、小山相與論說，著述《淮南子》一書）學神仙術，結果得道升天。實際上，司馬遷早在《史記》中就記載：公元前122年，有人向漢武帝報告說劉安謀反，將劉安下獄，劉安在獄中畏罪自殺。北魏時期的著名地理學家酈道元（？—公元527年）在他的《水經注》一書中就依據文獻記載，否定劉安得道升天的傳說，認為傳說是葛洪編造的。酈道元還根據《莊子·養生主》一篇中關於“老子死，秦失吊之，三號而出”的記載，否定了老子得道成仙，長生不死的荒謬說法。
雖然葛洪的《神仙傳》一書價值不大，但是他撰寫的醫書《玉函方》和《肘後備急方》還是很有價值的。
其實，中國古代的醫學，最早是和神仙方術聯係在一起的。就是非常嚴肅的史學家司馬遷，在他所寫的《史記·扁鵲列傳》裏，就有類似於神仙方術：司馬遷說，扁鵲少年時期在故裏做過舍長，就是旅店的主人。當時在他的旅舍裏有一位長住的旅客長桑君，他倆過從甚密，感情融洽。長期交往以後，長桑君終於對扁鵲說他掌握著一些秘方驗方，現在他已年老，想把這些醫術和秘方傳授給扁鵲，要扁鵲保守秘密，不可外傳。扁鵲當即拜長桑君為師，並繼承他的醫術，終於成為一代名醫——先秦時期醫家的傑出代表。奇怪的是，長桑君突然消失了，原來這位長桑君是一位神仙。但是，扁鵲對巫術還是深惡痛絕的，認為醫術和巫術勢不兩立，在他的治病信條中包括了“信巫不信醫”這條戒律。
在中國古代的醫學中，醫方著作是醫學寶庫中很重要的一個方麵。公元2—3世紀，南陽郡涅陽（今河南南陽）人張仲景（名機）曾經撰寫過《張仲景方》十五卷。張仲景的學生王叔和（公元180—260年），山陽高平（今山東微山與鄒縣之間）人，將張仲景的醫方進行了整理。同時期的沛國譙（今安徽亳縣）人華佗（又名華旉，字元化）也撰寫過《華佗方》十卷。安定朝那（今甘肅靈台）人皇甫台（幼名靜，字士安，自號玄晏先生，公元215—282年）也撰寫過《依諸方撰》。
在西晉“八王之亂”這一場大破壞中，天災人禍，瘟疫流行，廣大勞動人民不是死掉，就是流離失所，在這種社會背景之下，葛洪除了非常熱衷於煉丹術之外，也勤奮地鑽研醫術，他是東晉時期對我國醫學貢獻最大的古代傑出醫學家。
葛洪在醫學方麵有很多成就。他著有《玉函方》一百卷，後來，這本書失傳了。從他的自序當中，我們可以了解到，這本書是他在周旋於華夏九州之時，搜集的奇方、異方、遺方、逸方，經過他的精選而編集的。他把這些醫方分門別類，根據輕重緩急重新進行了編次，整理為一百卷，起名為《玉函方》。葛洪又寫了一部叫做《肘後備急方》的醫學著作。這本書又名《肘後救卒方》。後代醫家對這本書進行了整理，其中有貢獻的有：
陶宏景（公元456—536年），字通明，號華陽隱居，諡（sh@，帝王、貴族、大臣、士大夫死後，依其生前事跡給予的稱號）貞白先生。丹陽秣陵（今江蘇南京）人。他也是個道士，把葛洪的《肘後備急方》進行了增補，改名為《肘後百一方》。另外，陶宏景還自撰了《本草經集注》，分為七卷，著錄藥物730種，首創以玉石、草木、蟲、獸、果、菜、米食分類，對本草學的發展有一定的影響。
楊用道，金代（公元1115—1234年）人。他把陶宏景的《肘後百一方》再度修訂整理，更名為《廣肘後備急方》，現在流傳下來的版本，就是經過楊用道增訂的。雖然《肘後備急方》已修訂過兩次，但是，從楊用道修訂的版本上還能分辨出葛洪本人的醫學成就。
葛洪雖然皈依了道教，是一個虔誠的道教徒，在煉製仙丹，追求長生不老方麵非常投入，但是，在他煉製仙丹的過程中，由於他周旋於各地，看到了各地由於受到戰亂影響，瘟疫流行的情況。特別是在他和民間進行廣泛、深入的接觸中，他深深感到，在民間，普通老百姓發生了疾病和傳染病，常常因為缺醫少藥，而又沒有簡單易行的自療方法，隻好坐以待斃。所以，他下決心編撰一部簡易應急的醫方書籍。葛洪在他的《肘後備急方·序言》中，非常感慨地表示說，由於古代留傳下來的一些經典醫方，大多數卷帙比較浩大，有的竟多達一千卷，非常混雜繁重，而且很難得到這樣的一部巨著；再加上這些著作中所選用的藥材大多數都比較珍貴，一般的貧苦病人也買不起，所以，葛洪在自己所著的《玉函方》的基礎上，收集了各種單項的驗方和一些簡便易行的醫療技術，在迫不得已需要用藥時，就選用一些鄉村僻壤也容易得到，而且價格比較低廉，療效比較顯著的藥物。有些一般性的草石類藥物，到處都可以找到，根本不需要再到市場上去購買。
葛洪在這種思想指導下，編撰成了三卷《肘後備急方》，經過後世陶弘景、楊用道等人的整理，增廣為八卷。“肘後”的意思是指這本書可以隨身攜帶在胳臂肘後麵，“備急”的意思是指這本書主要是用於急救病人，僅從這本書的書名就可以看出，葛洪的《肘後備急方》是中國古代醫學寶庫中最早的“急救手冊。”
葛洪的《肘後備急方》流傳到現在已經是1600多年了。他的《玉函方》早已失傳，而這本《肘後備急方》卻流傳多年，而經久不衰，究其原因，根本的是因為在葛洪這本書中體現出來的著眼於群眾的醫學思想。葛洪在這本書中，不僅用的是易得而且廉價的藥材，還力求使用簡便易行的治療技術。譬如，我國古代早就產生了針灸技術，但是，針術的專業性比較強，一般患者很難自己掌握，但是灸術（用艾葉等製成艾炷或艾卷，按穴位燒灼）比較簡單，一般人都很容易掌握，所以，他不提倡用針療法，隻提倡用灸療法。再如，人體的穴位非常複雜，名稱也很難記，所以他對於施灸的穴位，一般不用穴位的專用名稱，而是用“兩乳間”，“臍下四寸”這樣通俗地語言來代替，明確地提出施灸的大致位置。葛洪這種做法，使一般患者看了這本書之後，就可以自己掌握治療疾病的方法，從而也就達到了葛洪撰寫這本醫書的根本目的。
六、葛洪的醫學成就
東漢的張仲景曾經根據當時南陽一帶傷寒流行，病死者很多的狀況，為了給病人看病，鑽研《黃帝內經》、《難經》等古代醫書，並廣泛收集有效方劑，著《傷寒雜病論》一書。後由西晉王叔和分為《傷寒論》和《金匱要略》二本。《傷寒論》論述當時的屬於“傷寒”的若幹病症。
古代中醫所謂的“傷寒”和現代醫學的“腸傷寒”是完全不同的概念。古代中醫的“傷寒”，是指從發熱起始的急性病（包括某些急性傳染病）的總病名。因此，張仲景的《傷寒論》總結了當時在發熱性傳染病方麵的成就，為人們所推崇和遵循。
雖然張仲景的診療係統，一向以嚴謹著稱，但葛洪從自己的醫學思想出發，認為張仲景和他所遵循的《黃帝內經》那一套診療係統並不適用於廣大的窮鄉僻壤，他也發現張仲景的傷寒學體係已經不能完善地駕馭全部發熱性傳染病的診治了。葛洪指出古代治療傷寒的黃麻湯、桂枝湯、柴胡湯、葛根湯、青龍湯、白虎湯等20多張方子，都是些大的藥方，非常複雜難備，因而他另行設計了一些簡便易行的有效醫方，以應貧窮山村的需要。