一九八七年新疆全區30多條河流發生了曆史上罕見的洪水，大片農田被淹，交通動脈蘭新鐵路被衝斷，人民群眾的生命財產受到嚴重威脅。《新疆日報》迅速派出記者組，分赴天山南北進行抗洪搶險報道。在九十多天中，報紙刊登防洪搶險稿件118篇，受到讀者的好評。一九九一年，新疆發生罕見大旱，《新疆日報》進行了大規模的抗旱奪豐收宣傳報道，為實現新疆農牧業豐收作出了貢獻。
進入八十年代以後，《新疆日報》不斷進行新聞改革的探索，采取“大改大革慎重，小改小革不斷”的方針，以改革版麵為中心，看準一點改一點，穩步前進。一九八三年七月，報紙根據“新、實、短、快、活、廣”的要求，大力改進報紙的宣傳報道：第一版刊登的新聞要保持在18條以上，第二版要求內容花色品種多、信息量大。還下力氣辦好“天山南北”等專欄，並在第一版增辟一些新欄目，主要有：“天山快訊”專欄，刊登當日零時前發生的新聞；“城鄉新事”專欄，反映城鄉改革開放帶來的新氣象、新變化；“大家談”專欄，廣開讀者言路。在維文版率先辦起周末版之後，漢文版於一九九一年冬開始試辦，一九九二年初正式推出周末版，反應良好。一九九一年，漢文《新疆日報》在全國30家省區級報紙編校質量評比中名列第三，在全國58家報紙印刷質量評比中名列第五。
《新疆日報》還針對以往“少數民族文版成了漢文版的翻譯版”的狀況，提出了“1張黨報，4種文版，統一領導，各有特色”的16字辦報方針。一九九一年，維文版采用本民族記者、通訊員的稿件已占到地方新聞稿件的70%左右，哈文版占到60%以上，蒙文版占37%。同時采取措施培養和壯大少數民族新聞隊伍，進一步密切了各文版報紙與本民族群眾的聯係。維、哈、蒙3種文版報紙的特點，還表現在經濟報道和各自辦的專版、專欄上。如維文版的文藝副刊“文學園地”、“百花園地”，基本上都是本民族作者的文藝作品，其中最多的是詩歌。這是因為維吾爾族人民喜愛詩歌，喜歡用詩歌形式來表達自己的思想感情。哈、蒙文版根據它們的讀者對象主要是牧區的哈族、蒙族的幹部和群眾的特點，麵向牧區，多登牧業新聞，多登與牧區人民生產、生活有關的稿件。凡屬對牧區各項工作有指導意義的稿件，盡量刊登在第一版的重要位置上。蒙文版開辟了“牧業知識”欄目，專門刊登畜牧業、草原建設方麵的科學技術知識文章。
《新疆日報》每天用維、漢、哈、蒙4種文字出版對開18版，一九九一年底期發數為18.7845萬份，與一九五○年期發數相比，增加了9.9倍。其中，漢文版增加了9.5倍，維、哈、蒙文版分別增加了9.3倍、24.5倍和54.2倍。自治區平均每80多人有1份《新疆日報》。
新疆和平解放以後，中國共產黨十分重視發展黨十分重視發展多民族文字的報紙。自創辦《新疆日報》後，一九五○年中共南疆區委員會和南疆行署在維吾爾族聚居的喀什創辦了《天南日報》（《喀什日報》的前身）維吾爾文版，一九五三年九月又創辦了漢文版。一九五○年元旦，中共伊犁區委員會和伊犁行署在哈薩克族居住較集中的伊犁創辦了《伊犁日報》哈薩克文和維吾爾文版。一九五七年十月又創辦了漢文版。
到一九九一年底，新疆全區公開發行的報紙有37家60種（一家報紙有多種文版），其中中共黨委機關報21家，除了《新疆日報》外，有地、州、市委機關報《伊犁日報》、《喀什日報》等15家，縣委機關報有《莎車報》、《察布查爾報》2家，其他機關報有《新疆軍墾報》、《勝利報》、《人民軍隊報》3家。還有《新疆科技報》、《新疆法製報》、《工人時報》等16家專業性、對象性報紙。在新疆全區公開發行的37家報紙中，23家有少數民族文版，包括維吾爾、哈薩克、蒙古、柯爾克孜、錫伯5種文字，是中國少數民族文字報紙種類和發行量最多的一個省區。在這些報紙中，有全國第一張以少數民族文字出版的晚報——《烏魯木齊晚報》維吾爾文版，有國內唯一的柯爾克孜文報紙《克孜勒蘇報》柯文版以及創刊於一九四六年七月的中國唯一的錫伯文報《察布查爾報》。