滇西北的中甸、維西等地，清政府先後在1724—1727年（雍正二至五年）建立中甸廳和維西廳，屬鶴慶府，1756年（乾隆二十一年）改屬麗江府管轄。德欽舊稱阿墩子，原屬維西廳。今迪慶藏族自治州轄中旬、維西、德欽三縣，基本上沿襲了清朝前期的行政建製。
清朝前期陸續加封了川、康一帶的藏族土司，其中較為著名的有明正宣慰司（今四川省甘孜州康定縣）、瞻對安撫司（今四川省甘孜州新龍縣）、綽斯甲安撫司（今四川省州金川縣北）、巴裏兩塘正副宣撫司（今四川甘孜州巴塘、理塘縣）、德格宣慰司（今四川甘孜州德格縣）、梭磨宣慰司（今四川阿壩州馬爾康縣）、金川安撫司（今四川阿壩州金川、小金縣）等。這些土司分屬四川總督以下各級官員節製，按規定要向清朝承擔一定的封建義務，在各土司的轄區內，均有指定的地點進行貿易。
清朝對西南地區的藏族、最感棘手的是大小金川土司，曾兩次用兵暴力鎮壓。
乾隆初年，大金川土司莎羅奔和小金川土司澤旺發生矛盾，同時，莎羅奔和明正土司也有土地糾紛。清朝派兵前往彈壓，莎羅奔舉兵反抗。高宗為了炫耀兵威，於1747年（乾隆十二年）調兵遣將進攻大金川。莎羅奔構築碉堡，步步為營，使進攻的清軍遭受重大損失。高宗誅作戰失利將領張廣泗、訥親，派傅恒為主帥，直至1749年（乾隆十四年），莎羅奔兵敗，被迫投降。
事過20餘年後，1771年（乾隆三十六年）大金川土司索諾木（莎羅奔侄孫）和小金川土司僧格桑（澤旺子），再次發動反抗清朝的鬥爭。清朝用兵5年，花費白銀7000萬兩，損兵折將無算，大學士溫福戰死，主帥幾經更換，至1776年（乾隆四十一年）始壓服了大小金川土司的反抗。隨後，清朝在金川地區屯墾駐軍，以防再生事變。
清朝以軍事鎮壓的手段征服大小金川的藏族，反映了清朝民族壓迫政策的一個方麵。這次事件給當地藏族人民的生產、生活等方麵都帶來了嚴重的影響。具有諷刺意味的是高宗竟把這兩次鎮壓行動，吹噓成他的“十全武功”的兩個組成部分。
清朝在西北、西南的藏族地區，還普遍地分封了一批藏傳佛教的活佛，其中主要是黃教教派的活佛。如甘、青地區的塔爾寺、佑寧寺、拉卜楞寺，康區的昌都、察雅、類烏齊、德格等地的黃教及其它教派的活佛，均曾分別受到加封，並授予他們掌握當地一定的行政權力。但與西藏相比較，在僧人數目、權力範圍和承擔封建義務的程度等方麵，清朝都作了較為嚴格的控製和規定。
清朝對鄰近內地的藏族地區的施政，明顯地要比西藏嚴格。總結清朝前期對全國藏族地區的施政，其中主要的部分，即具有重大政治意義和起到積極作用的部分，無疑必須加以肯定，然而也必須看到應該予以批判和否定的部分，後一部分是由清政府的階級本質所決定的。因為清政府是代表滿、漢族封建統治階級利益的中央集權政府，它對藏族地區的各項施政措施，無不貫穿著大民族主義的民族歧視、民族壓迫的反動內容。
學生應知文史知識