五、班禪活佛係統的建立
固始汗扶持黃教寺院勢力在藏族社會獲得優勢地位，對黃教寺院勢力的領袖人物達賴五世的權力過於集中，又有些顧慮和擔心，於是在固始汗的安排下，黃教又出現了另一大活佛係統，即班禪活佛係統。
前已述及，日喀則紮什倫布寺的寺主班禪·羅桑卻吉堅讚（1570—1662）是17世紀前半期黃教寺院勢力的一位決策性人物。達賴五世的認定、坐床以及達賴五世年幼時黃教寺院勢力對內對外許多重大事宜，都是由他主持的。固始汗在1642年統治西藏以後，就尊奉班禪·羅桑卻吉堅讚為師，至1645年（順治二年）固始汗授予羅桑卻吉堅讚以“班禪博克多”的尊號。。從此，“班禪”成為一個專用尊號，不再是對佛學知識淵博的僧人的尊稱。1662年（康熙元年）羅桑卻吉堅讚圓寂後，開始了班禪活佛係統的轉世。羅桑卻吉堅讚被認定為班禪四世，班禪一世、宗喀巴的弟子克主傑（1385—1438），班禪二世索南喬郎（1439—1504），班禪三世恩薩巴·羅桑頓主（1505—1566）均是迫認的。羅桑卻吉堅讚的轉世“靈童”是羅桑意希，即班禪五世。
自達賴三世·索南嘉措起，黃教一直以達賴喇嘛為領袖。盡管達賴五世年幼時，由黃教中德高望重的羅桑卻吉堅讚決策重大事宜，但達賴五世仍是作為黃教的唯一領袖出麵並得到公認的。固始汗在統治全國藏族地區後不久，卻又贈給羅桑卻吉堅讚一個尊號，從而在黃教中又建立另一個班禪活佛轉世係統，顯然是借此來分一部分達賴喇嘛係統的權勢，使達賴和班禪兩個活佛係統之間互相牽製，以便於維護和碩特部在藏族地區的統治。然而固始汗一係列的統治措施，包括建立班禪活佛轉世係統，並沒有能夠達到使其子孫世代統治藏族地區的目的，曆史的發展必然要衝破統治階級一廂情願的安排，蒙古和碩特部在西藏建立的政權，僅僅延續了75年，到1717年（康熙五十六年）徹底崩潰。
固始汗授給羅桑卻吉堅讚尊號，從而建立起班禪活佛轉世係統，對後期曆史影響深遠。1713年（康熙五十二年）清朝正式冊封班禪五世·羅桑意希為“班禪額爾德尼”，在一定程度上繼承了固始汗的政策，是按照“封達賴喇嘛（1653）之例，給以印冊”的，即將班禪提高到足以與達賴喇嘛分庭抗禮的地位。
六、達賴五世強化封建農奴製度
固始汗對西藏的統治亦有明顯的失策，他隻留意於政治和軍事二端，卻將西藏全區的經濟權拱手奉獻給達賴五世。事實證明，沒有經濟實力的政治，恰如無源之水，無本之木，隻能維持於一時。以達賴五世為首的黃教寺院勢力，本來已有相當強大的經濟實力，加之固始汗又給以更多的經濟權益，為虎添翼，以致尾大不掉，和碩特部政權對黃教寺院勢力的發展無法控製，這是和碩特部未能在西藏維持較長時期統治的根本原因。
以達賴五世為首的黃教寺院勢力，不僅從固始汗手中取得西藏地區的賦稅支配權，而且還取得封賜土地的權力。當時土地的封賜對象是有功於黃教或臣服於黃教的貴族，這些貴族將分封到的土地作為世襲莊園；還有為數眾多的黃教寺院，也分封到土地以作寺屬莊園。固始汗除授權達賴五世封賜下屬貴族、寺院，頒發封地文書外，他自己簽署的封地文書亦時有所見，但遠不如達賴五世的為數之多。
此時，西藏原有的封建農奴製度走向日趨強化的道路。達賴五世既已享有對貴族、寺院封賜土地的權力，隨後即對僧俗領主的下屬農奴作了空前嚴格的人身依附關係的限製。從1644年（藏曆陽木猴年）達賴五世給貴族拉日孜巴的農奴所下的命令，反映了當時農奴的災難處境：“拉日孜的百姓聽令：你們不服拉日孜巴的管束，打算另投新的領主，這純屬反叛思想，為法律所不容。如果你們膽敢貪圖自由、逸樂，我特授予拉日孜巴對你們施行打、砍、殺的權力。”
西藏的封建農奴製度普遍確立後的300多年間，即自13世紀初葉至16世紀中葉，藏族的封建經濟和文化都得到了長足的發展。13世紀末葉元帝師意希仁欽（《元史》作亦攝思連真，1286—1291年任元世祖忽必烈帝師）等人頒發給烏思藏各級官員和僧俗人眾的文告表明，當時封建農奴製度的生產關係和生產力基本上是相適應的。文告隻是勸誡農奴不要逃亡另投新主，而且對領主和農奴雙方都提出了要求：農奴要按時依例向領主執役應差，領主也不準在規定的範圍之外濫施權力，並要對所屬農奴妥為保護。以文告的內容對比達賴五世所下的命令，可知到17世紀中葉時，西藏的封建農奴製度，已經形成對生產力發展的嚴重障礙，農奴被嚴格地束縛在農奴主的莊園上，農奴主對農奴為所欲為，直至處死。顯然，達賴五世的強化封建農奴製度，是以經濟和政治權力的高度集中為前提的。
在宗教方麵，達賴五世攘奪了原來藏傳佛教中被明朝封為“大寶法王”的噶瑪噶舉派黑帽係十世活佛·卻英多吉（1604—1674）的權勢。先是黑帽十世在固始汗滅第悉藏巴地方政權後，被迫承認了達賴五世在藏傳佛教中的權威地位，但是，由於隨後出現了反抗固始汗和黃教寺院勢力的鬥爭，黑帽十世難於脫卸幕後指使之嫌而遭逮捕，後來他逃離西藏，去雲南麗江投奔噶瑪噶舉派施主木土司家。達賴五世受清朝正式冊封（1653）後，約於1663年（康熙二年）黑帽十世自麗江返回西藏，雖未被達賴五世追究，權勢已喪失殆盡。
第二節 清朝初年的西藏政局
一、達賴五世受清世祖之請抵達北京
1644年（順治元年）正月，清朝派遣官員入藏迎請達賴五世，並寫信通知固始汗。此後，清朝又多次派人敦促達賴五世前來內地，達賴五世卻一再推托，直至1652年（順治九年）始成行。
達賴五世遲遲未能成行的原因，與清初政局尚未穩定有關。當時世祖雖已登基，但實權仍在其叔睿親王多爾袞手中；明室諸王和舊臣，以及李自成、張獻忠舊部的抗清勢力依然存在；加以蒙古衛拉特四部對達賴五世朝清意見尚不統一，而衛拉特又是黃教寺院勢力的主要支持者。在這樣的形勢下，達賴五世自然不會貿然決定起程。至1651年（順治八年）年底，清朝再一次派出迎請達賴五世的官員抵達拉薩，此時全國形勢已趨於穩定，世祖在皇室的鬥爭中取得勝利，南方的抗清勢力也將被次第削平，世祖已牢牢地掌握對全國的統治權力，於是達賴五世決定了朝清的行期。
1652年正月，達賴五世在清朝官員的陪同下自拉薩起程，前往內地。蒙、藏統治階級為他安排的隨行人眾多達3000人，包括蒙、藏二族官員，高級僧侶和保衛軍隊。
清世祖在迎請達賴五世來內地時，並未確定朝見地點。當達賴五世路經青海、寧夏向內蒙古進發時，曾向世祖提出在歸化城（今內蒙古自治區呼和浩特市）或代噶（今內蒙古涼城縣）朝見，請世祖決定。可見達賴五世原想在內蒙古某地完成朝清使命，就近會晤內外蒙古各部的領袖人物，並無進京初衷。
世祖曾有親赴內蒙古與達賴五世相見的考慮，他擔心如果自己不去內蒙古，達賴五世與內外蒙古各部領袖會晤後徑返西藏，便會影響到衛拉特、喀爾喀蒙古諸部對清朝的歸順。滿大臣大都附和世祖的想法，但漢大臣則多持反對意見，認為皇帝乃“天下國家之主”，殊無必要親赴內蒙古，可由皇帝派諸王大臣一人，專迎達賴五世輕裝進京，去時多帶金銀，厚予賞賜。世祖最後作出決定，派遣和碩承澤親王碩塞去內蒙古迎請達賴五世進京。此時達賴五世也改變初衷，決定隻帶少數隨從進京朝見世祖，大批隨行人員則暫留內蒙古待命。
1653年（順治九年）十二月十六日，達賴五世抵北京。世祖在南苑會見、賜坐、賜茶、賜宴，待以殊禮，當日，即由戶部撥供養白銀9萬兩。達賴五世在北京一直居住在安定門外為他專門修建的西黃寺中。
達賴五世到達北京後不滿10日，固始汗便派人到北京向清朝貢獻方物，順便請求達賴五世返回西藏，擔心清朝將達賴五世長時間留在北京。當達賴五世以“此地水土不宜，多病，而從人亦病”為由，向世祖提出返藏的請求時，世祖當即準許，並未深加挽留。行前，世祖賜給達賴五世黃金550兩，白銀1200兩，大緞100匹以及其它貴重禮品多種；皇太後也賞賜了金、銀、緞等禮品，待藏傳佛教的最高領袖以特殊禮遇。
二、達賴五世受清廷正式冊封
達賴五世於1653年（順治十年）二月二十日離開北京，他在北京隻居住了兩個月。在此期間，清朝尚未對他進行冊封。達賴五世在以和碩承澤親王碩塞為首的官員護送下回到代噶，與前此留駐此間的隨從人員會合。四月間，清朝派出以禮部尚書覺羅郎球和理藩院侍郎席達禮為首的官員趕到代噶，齎金冊金印，正式冊封達賴五世為“西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛”。
清朝給達賴五世的封號，前半部分沿用了明朝封噶瑪噶舉派黑帽五世得銀協巴封號的一部分，隻是在“領天下釋教”之前，加一“所”字。明代藏傳佛教的教主黑帽五世並未管轄漢地佛教，說他“領天下釋教”，即統領全中國的佛教，已經與事實不符，這是因為明朝簡單地繼承元朝的傳統而疏幹核實的結果。元代，由薩迦派的帝師“領天下釋教”，入明，實際情況有了變化，明廷仍率爾沿襲元製，以致出現失誤。清朝在“領天下釋教”前所加的“所”字，在藏文封號中意為“在一個很大的範圍”，表明達賴喇嘛不是統領全中國的佛教，而是管轄一個很大範圍以內，實際上是指信奉藏傳佛教的蒙、藏地區的佛教事務。足見清廷對達賴五世的封號是根據實際情況，經過認真考慮的。