西藏黃教寺院的上層喇嘛堅持倉央嘉措是真正的達賴六世，倉央嘉措已經去世，他們在四川理塘尋獲倉央嘉措的轉世“靈童”格桑嘉措（1708—1757）。為了避免拉藏汗插手，黃教的上層喇嘛將格桑嘉措護送到青海。青海和碩特部的固始汗後代，都反對拉藏汗既繼承汗位，又控製達賴喇嘛。在青海和碩特部諸領袖的支持下，1716年（康熙五十五年），格桑嘉措被迎到黃教在青海最大的寺院塔爾寺。
六、準噶爾部侵擾西藏
1717年（康熙五十六年），西藏發生了準噶爾兵入侵事件。準噶爾部占據西藏長達3年，給西藏人民帶來一場深重的災難。
噶爾丹兵敗自殺（1697）後，準噶爾汗由其兄子策妄阿喇布坦繼承。策妄阿喇布坦即汗位後，極力尋找機會擴大權勢。西藏的蒙、藏統治階級反目，第巴被殺，拉藏汗自行廢立達賴六世，失卻人心，均為策妄阿喇布坦侵藏製造了借口，但是他派兵侵藏的真實目的是要取代和碩特部統治西藏，進而挾持達賴喇嘛以號令蒙古諸部。
策妄阿喇布坦深知遠征西藏不是一件輕而易舉的事，既要聯絡西藏反對拉藏汗的力量，又要製造假象麻痹拉藏汗，使拉藏汗對準噶爾部入侵喪失警惕，甚至毫無覺察。策妄阿喇布坦首先提出欲將其女嫁與拉藏汗的長子丹衷為婚，許以厚禮，但須丹衷去伊犁完婚。拉藏汗答允了這門親事。
1714年丹衷去準噶爾部上門成親。聖祖預感到策妄阿喇布坦心懷叵測，擔心丹衷被扣，拉藏汗形單影孤，“可保常無事乎……倘或事出不測，朕雖憐伊，伊雖倚朕，此間地方甚遠，相隔萬裏，救之不及，事後徒貽悔耳，即朕亦無法也……若不深謀防範，斷乎不可”。但是昏庸無能的拉藏汗卻看不到大難臨頭的前景。
策妄阿喇布坦在調集軍隊遠征西藏之前，先派人到拉薩與黃教各大寺院的上層喇嘛暗中聯絡，透露準噶爾部即將推翻拉藏汗政權，廢掉拉藏汗所立的假達賴喇嘛，並將護送蒙、藏各族人民公認的達賴七世·格桑嘉措到拉薩坐床。準噶爾部的宣傳和煽動，正投合廣大黃教僧人對拉藏汗的不滿心理，他們在準噶爾入侵西藏時，的確起到了裏應外合的作用。
1716年（康熙五十五年）年底，策妄阿喇布坦派出以策零敦多布為首的6000名準噶爾軍，自和闐（今新疆維吾爾自治區和田市）出發，翻越昆侖山，經阿裏，直插藏北那曲，對拉藏汗實行突襲。1717年六月，拉藏汗到達和碩特部在藏北的據點達木八旗（今當雄縣）。由於拉藏汗軍毫無戒備，在納木錯湖與準噶爾軍的遭遇戰中被打敗。拉藏汗立即將準噶爾部入侵西藏的情況向清朝報告，請求支援，同時，邀請德高望重的班禪五世從日喀則趕來藏北，商量與準噶爾軍談判，爭取和平解決爭端。
準噶爾軍長途跋涉數千裏，誌在消滅拉藏汗，拉藏汗則一味寄希望於班禪五世的調停，以致失掉以逸待勞、供應充足的戰機。經過一番無效的交涉後，雙方在達木八旗交戰。拉藏汗軍勉強在達木八旗堅持了兩個多月，終於敗退300餘裏，於十月中旬退到拉薩。
1717年（康熙五十六年）十月十九日，由策零敦多布率領的準噶爾軍到達拉薩近郊，受到黃教各大寺院僧人的歡迎。同月二十八日準軍進攻拉薩。雖然拉薩城防堅固，但是由於城內有很多反對拉藏汗的人替準軍通風報信、密切配合，拉薩城很快即被準噶爾部攻陷。十一月初一，拉藏汗自布達拉宮突圍時，被準軍殺死。
準噶爾部攻占拉薩後，燒殺搶掠，無所不為，拉薩城遭受到一場空前的洗劫。此時，西藏人民始覺察到遠路而來的準噶爾軍要比和碩特部蒙古族統治者更為殘暴。班禪五世對準軍的所作所為十分反感，策零敦多布根本不聽他的勸阻，到處肆虐逞凶。十二月初三，班禪五世憤然離開拉薩，返回日喀則紮什倫布寺。
自固始汗於1642年奪取西藏地方政權，至1717年拉藏汗被準噶爾部殺害，蒙古和碩特部在西藏共統治了75年之久。
七、清朝驅逐侵藏準噶爾軍
聖祖十分重視準噶爾部入侵西藏的事件。如果西藏被準部長期霸占，不僅西南邊疆的安定受到威脅，而且還會在內外蒙古地區產生嚴重後果，以致動搖清朝扶持黃教以安定蒙古諸部的既定政策。因此，聖祖決定立即派兵征討入侵西藏的準噶爾部。
1718年（康熙五十七年）秋，聖祖派遣以額倫特和色楞為首的將領，統率數千人的軍隊入藏，是為清朝建國以來第一次在西藏用兵。由於對西藏的地理、氣候及有關情況缺乏必要的了解，進軍前的準備也不夠充分，加以領兵二將關係不協，配合不當，孤軍深入到藏北那曲後，即陷入準噶爾軍的重圍中，糧草補給全被截斷，最後全軍覆沒。
清朝首次用兵西藏的失利，使聖祖深切地認識到事態的嚴重性，也更加堅定了他再一次出兵征討侵藏準軍的決心。
清朝第二次進軍西藏，事前做了充分的準備。聖祖派遣皇十四子允禵為撫遠大將軍，坐鎮青海統一指揮。進藏清軍分為南北二路，南路從四川出兵，由四川總督年羹堯駐守康定，備足糧秣供應，1720年（康熙五十九年）春夏之交，由定西將軍噶爾弼統率的清軍自巴塘渡金沙江西進，沿途未遇準軍的強力抵抗，於八月二十三日進抵拉薩。南路清軍進展順利，主要是因為準噶爾軍惟恐退回準部的後路彼截斷，將兵力都集中到藏北，對南路入藏的清軍便無力防範了。
北路清軍是入藏清軍的主力，領兵的將領是平逆將軍延信（清太宗長子肅親王豪格之孫），青海和碩特部的親王羅卜藏丹津也參加了進軍的行列。北路清軍還負有護送暫時安頓在塔爾寺的達賴七世·格桑嘉措進藏的使命。
1720年（康熙五十九年）四月，達賴七世隨同延信統率的軍隊自青海起程去西藏。行至噶瑪塘（即黃河源頭的星宿海）時，有西藏工布（今工布江達縣）的貴族阿爾布巴前來迎接。阿爾布巴在準噶爾軍騷擾西藏期間，在家鄉擁兵自衛。約在1720年初，阿爾布巴發動了反抗準部的起義，撫遠大將軍允禵隨即邀請他去青海相見。阿爾布巴在噶瑪塘與護送達賴七世一段路程的允禵會見。此後，胤禵回西寧，由延信繼續統軍前進。
北路清軍順利進軍，當清軍經那曲到達木八旗時，與準噶爾軍遭遇，延信接連挫敗準軍。此時侵藏的準軍獲悉清朝大軍壓境，早已無心戀戰，隻想奪路逃生。策零敦多布率領殘兵敗將翻越昆侖山逃回準部，由於戰鬥傷亡和途中嚴酷的自然條件造成的損失，原來6000人的隊伍，隻殘留下500人，幾乎是全軍覆沒了。
準噶爾軍被徹底驅逐後，延信領兵護送達賴七世於1720年九月初八自達木八旗出發，十五日到達劫後滿目瘡痍的拉薩。在行經達木和熱振寺之間的羊熱山口時，他們受到貴族隆布鼐、紮爾鼐等人和一些上層僧侶的歡迎；在到達拉薩郊區時，又受到拉薩各階層僧俗人士的歡迎。
清軍進藏驅逐準噶爾軍，受到西藏人民的熱烈歡迎。因為這次進軍恢複了西藏的社會秩序，維護了國家的統一，解脫了西藏人民的災難，是一次很得人心的正義進軍。
清軍將達賴七世安置妥當後，處治了為首的叛徒，對拉藏汗所立的達賴意希嘉措，一說是被送往內地，一說被處死。隨後清朝著手對西藏政務的改革事宜。
第三節 西藏地方政治製度的變遷
一、噶倫聯合掌政
自1720年秋至1721年（康熙六十至六十一年）春，西藏地方的行政事務臨時由進藏的清軍將領們管理。其間，隨清軍進藏的青海和碩特部重要領袖人物、固始汗之孫羅卜藏丹津，企圖由他恢複和碩特部在西藏的統治。此時清朝已決定加強治理西藏，他的要求遭到清朝的斷然拒絕。
1721年春，清朝決定廢除原來西藏地方政權中總攬大權的第巴一職，設置噶倫數人負責西藏地方的政務。
康濟鼐·索南傑布（？—1727），西藏南木林人，是拉藏汗的女婿，約在1716年初，他被拉藏汗任命為阿裏地區總管，在準噶爾軍侵藏期間，他發動起義，配合清軍進藏有功，清朝封他為貝子，被任命為西藏地方政府噶倫（1725年任首席噶倫），兼管後藏和阿裏地區的事務。其餘的噶倫，一個是曾到青海迎接清軍的工布江達的貴族阿爾布巴·多吉傑布（？—1728），清軍進藏，他任向導，也被封為貝子，任命為噶倫，還負責管理工布以東的地方事務；另一個是拉薩地區的貴族隆布鼐·紮西傑布（？—1728），清軍入藏後，因向導有功，被封為輔國公，任命為噶倫，同時管理拉薩東北一帶的地方事務。
1721年時，噶倫僅由上述3人組成。此外還有一個重要人物頗羅鼐·索南道結（1689—1747），西藏江孜人，原為拉藏汗下級軍官，1717年準噶爾軍入侵西藏時，他率軍在達木與準軍奮力作戰，很得拉藏汗倚重。其後，又聯合康濟鼐發動起義，配合情軍進藏。
1721年，清朝封之為一等台吉，被任命為仔本，即管理財政事務的官員。至1723年（雍正元年），頗羅鼐升任噶倫。與頗羅鼐同時升任噶倫的還有紮爾鼐·羅迫傑布（？—1728），他任達賴七世的強佐（一作商卓特巴，藏語意為財務總管），是黃教寺院勢力的實權人物。此人亦因向導清軍入藏有功，1721年時，被封為一等台吉。頗羅鼐和紮爾鼐升任噶倫後，噶倫人數由3人增至5人。
但是，在5名噶倫中，康濟鼐和頗羅鼐的貴族地位不及阿爾布巴和隆布鼐高，隆布鼐又與達賴七世之父索南達結有姻戚關係；紮爾鼐雖是一名俗官，但為達賴喇嘛係統的屬員，其思想和行為必然要受索甫達結的支配。於是，阿爾布巴、隆布鼐、紮爾鼐結為一黨，與後藏地區的康濟鼐、頗羅鼐展開了一場爭奪權勢的鬥爭。在這場鬥爭中，達賴七世之父索南達結明顯地支持阿爾布巴一黨。西藏地方的局勢又由暫時的穩定走向貴族內訌引起的紛爭和戰亂。
二、阿爾布巴事件的平定
1722年冬十一月，世宗胤禛即位。此時，由於青藏地區局勢穩定，清朝先後撤走駐軍。1723年（雍正元年）秋，青海和碩特部羅卜藏丹津發動叛亂（見本章第四節），翌年亂平，清朝設西寧辦事大臣，加強了對青海地區的統治。1726年（雍正四年），清朝又將巴塘劃歸四川，中甸、維西、阿墩子（今德欽縣）等地劃歸雲南，削弱了西藏地方當局對這些地區的控製。而此時西藏噶倫內部的矛盾日益明顯，清朝派往西藏的副都統鄂齊，於1726年向世宗奏稱：“臣至西藏，審視情形。首領辦事之人互相不睦，每每見於辭色。達賴喇嘛雖甚聰敏，但年紀尚幼，未免有偏向伊父索偌木達爾紮（索甫達結）之處。康濟鼐為人甚好，但恃伊勳績，輕視眾噶隆（倫），為眾所恨。阿爾布巴賦性陰險，行事異於康濟鼐，而索諾木達爾紮因娶隆布奈（鼐）二女，三人合為一黨……隆布奈行止妄亂，劄（紮）爾鼐庸懦無能，應將此二人以噶隆原銜解任，則阿爾布巴無人協助，自然勢孤，無作亂之人矣”。