帝國主義教會侵入湖北、湖南、廣西、貴州、雲南、四川時遭到了當地各族人民的強烈反抗，爆發了許許多多的教案，“教案”成為當地各族人民抗禦外侮捍衛自身民族權益的主要形式。
1862年（同治元年）法國天主教川東主教範若瑟派司鐸到西陽傳教。法國傳教士網羅地痞流氓之類入教，教徒以教會為護身符，任意欺壓農民，西陽等地的土家、漢等族人民忍無可忍，終於在1865年（同治四年）爆發了震動全國的西陽教案。土家、漢等族人民在劉勝超等人的率領下摧毀了公信堂，燒毀作惡多端的教徒的房屋，捉拿教徒，逼令背教。土家族冉從之還率眾將法國傳教士馮粥毆傷而死。清政府在法國的淫威下派兵鎮壓了反抗鬥爭，還賠償法國白銀8萬兩，並重修教堂，使傳教士和教徒更為猖狂。於是在1868年（同治七年）爆發了第二次西陽教案，群眾打死了法國傳教士李國，燒毀了教堂，嚴懲了一批罪大惡極的教徒，在清政府屈膝投降政策之下，這次反教會鬥爭亦被清政府派兵鎮壓了。法國傳教士利用西陽教案的巨額賠款，四處修建教堂，擴大教會侵略。1873年（同治十二年）法國川東主教範若瑟不經清政府和地方官員的同意，就在黔江建教堂，誘民入教。黔江縣土家等族人民聞訊後，迅急起來反抗，聚集數百人圍攻傳教士住所，打死司鐸餘克林、傳教士戴明卿。但是反抗鬥爭仍遭到清政府的鎮壓，反抗群眾6人被殺害。
1882年（光緒八年）雲南省大理洱源孟福營和沙鳳村的200餘名白族群眾，手持鋤頭、木棍群起燒毀教堂，打死了法國天主教司鐸張若望等10餘人，接著賓川白族人民也將法國教士田得能驅走，並痛斥入教者們是“依靠洋人，出賣祖宗”，使傳教士極為孤立。當美國傳教士到祥雲傳教時連住房都租不到，幾個月之內隻發展了一個無賴分子入教。
1885年（光緒十一年）法國天主教司鐸任安收竄到怒江地區的白哈羅村強占土地，強征民夫修建教堂，誘騙怒、傈僳、藏等民族人民入教，並禁止藏、怒等族人民信仰喇嘛教，還打罵藏族喇嘛，終於激起了藏、怒、傈僳等民族人民的反抗。
1907年（光緒三十三年）各族群眾拿起武器，焚毀白哈羅教堂，殺死法國傳教士5人，僅任安收躲入牛圈中逃脫。這次反抗鬥爭打擊了法國對怒江地區的文化侵略。
1905年（光緒三十一年）美國傳教士永偉禮到孟連、雙江等傣族、佤族、拉祜族地區傳教，挑起民族糾紛，使傣、佤之間發生械鬥，後來傣、佤人民明白這是美國傳教士的陰謀後，便群起將永偉禮趕走。1913年（民國二年）永偉禮又竄到西雙版納景洪等地設立教堂傳教，傣族人民以不賣糧食和蔬菜與傳教士為鬥爭手段，很快把傳教士趕走，將教堂燒毀。
1898年（光緒二十四年）湖北省利川、長樂、長陽等地的土家族人民響應四川大足人民武裝反抗傳教士的鬥爭，掀起了反教會鬥爭的高潮。利川數百名土家族群眾起來燒毀了教堂和不法教徒的房屋。長樂土家族首領向策安聚眾數千，打死了比利時傳教士董若望和不法教徒，燒毀教堂，建立起武裝，然後向巴東、長陽等縣出擊，燒毀教堂多處。接著又有長樂李清臣、長陽呂守峻等聚眾響應，形成了一股聲勢浩大的以土家族、漢族為主的反教會鬥爭的洪流。武裝鬥爭取得了許多次勝利，使帝國主義傳教士和清政府膽顫心驚，教徒驚惶失措，因此清政府派了大量清軍和地主鄉團圍攻反抗群眾，將反抗鬥爭鎮壓下去。
法國傳教士在貴州省都勻、獨山、八寨等地橫行無忌，欺壓人民，致使人民積恨不能平息，於是在1906年（光緒三十二年）苗族吳朝俊聚集苗、水、布依、漢等族1萬餘人起來反抗，打著“滅洋興漢”的大旗，提出了“殺洋人，滅洋教”的口號，攻占了麻城，搗毀了教堂，殺了不少不法教徒。反教會侵略鬥爭波及到爛土、貴定、獨山、都江、荔波等州縣，使法國傳教士惶恐不安，便向貴州巡撫施加壓力，強使巡撫派出大批清軍和地方武裝進行鎮壓，反抗群眾經過整整一年的鬥爭，最後被清政府所鎮壓。
南方各民族連續不斷的反抗教會的鬥爭，給予帝國主義的文化侵略以迎頭痛擊，打擊了侵略者的囂張氣焰，使帝國主義的侵略陰謀一個一個破產，從而保衛了各民族自身的民族權益。
二、雲南各民族捍衛疆土的鬥爭
1840年以來，雲南省各民族人民麵對英、法等列強的侵略，掀起了一場轟轟烈烈的反抗侵略、捍衛西南邊疆領土的鬥爭。
1874年（同治十三年）英國駐北京公使館譯員馬嘉理奉英國政府之命從北京經雲南進入緬甸，迎接英國軍官柏郎。馬嘉理沿途進行刺探情報、勘測地形等侵略活動。1875年（同治十四年）二月馬嘉理由緬甸折回雲南，其後跟著柏郎所帶英軍200餘人進入中國德宏境內，當地景頗、傣、阿昌等族聞訊後立即組織起來準備迎擊英國侵略者。當馬嘉理進入蠻允時無視中國領土的主權，開槍殺害景頗族群眾數人，憤怒的景頗族群眾將馬嘉理等人殺死，景頗、傣、阿昌、漢等民族武裝將柏郎所帶英軍擊退回緬甸，景頗等民族人民反抗英國侵略的鬥爭取得了勝利。但是腐朽的清政府卻屈從於英國的壓力，以“盜匪”罪名派清軍圍捕景頗族同胞，殺害了參與反英侵略鬥爭的景頗族勇士23人，並與英國簽訂了屈辱的《煙台條約》，葬送了滇西景頗等族人民的抗英鬥爭。
1883年（光緒九年）法國武裝侵入麻栗坡、馬關縣，強占了猛洞等地。當地苗、瑤、壯、漢各族人民在苗族項崇周的領導下，與侵略者展開了武裝鬥爭，迫使法國歸還了所占猛洞一帶領土。
1890年（光緒十六年）英國兩個“探險隊”在大批英軍的保護下分兩路侵入雲南邊疆傣、佤等民族地區，以探險為名進行測繪地圖、刺探情報的陰謀活動。北路進入尖高山傣等民族地區，由於“山高道險為土民阻道而不得已折回”，遭到失敗。南路由斯格德率領，並在500名英軍的保護下經阿佤山、孟連進入允景洪，在途中，遭到傣、佤等民族的強烈反抗，當侵略者頭目斯格德把英國國旗插到中國領土白鶴山上時，傣族人民立即將侵略者的旗杆砍倒，維護了祖國領土主權的尊嚴。當斯格德到達猛遮時，傣族武裝“兵丁持械守門，不許一人入城”，1891年（光緒十七年）斯格德抵允景洪，強迫車裏宣慰寫降文，遭到嚴詞拒絕，並警告侵略者：“車裏是中國的領土，宣慰決不投降”，隨即下令全境不得賣鹽米等物給英國人，使侵略者的陰謀又遭失敗。斯格德率侵略軍在歸途中經阿佤大山時，佤族人民在其首領胡蘆王的率領下在必經之道兩旁“各執兵器”，勒令斯格德等人下馬，佤族武裝兵丁還開槍示威，嚇得斯格德“麵如上色，從人亦怕”，不得不狼狽逃竄，使南路侵略亦以失敗告終。
1895年（光緒二十一年）中法雙方在西雙版納和越南接界處樹立界碑，法國使用無恥的訛詐手段，強行將原屬中國西雙版納的猛烏、烏德等地劃歸法屬越南，引起了傣族人民的極大憤怒，“夷情不服”，傣族人民聯名控告中方邊界代表黎肇元，迫使清政府將黎撤職。並“會齊十二版納夷練，力爭猛鳥”。當法國軍隊進入猛烏、烏德時，當地傣族土司在人民的支持下與漢族李革庭、陳玉成等人共商反抗事宜，不幸事泄被法國逮捕，法軍隨即進行了殘酷的鎮壓，使傣等族人民無法安身，部分逃到猛臘，留下的群眾繼續進行反抗。
1897—1899年（光緒二十三至二十五年）中英雙方勘定滇緬界線，中方代表劉萬勝接受英國的賄賂，在劃界中聽任英方代表斯格德的擺布，將大片中國土地劃歸英屬緬甸。在隴川景坎劃界時，英國把界線劃入中國境內30—35公裏處，激起了景頗、傣、漢等民族人民的強烈反抗。景頗族山官早樂東當即向英國提出抗議，並出示虎踞、鐵壁二關碑文拓片，確證景坎50公裏以外的土地曆史上就屬於中國領土，使英國侵略者無詞以對，轉而用武力進攻隴川章鳳街，各民族人民立即進行武裝反抗，拒英軍於章鳳街外，早樂東將英國軍官奧大尉從馬上拉下，舉刀厲斥說：“我與你共死於此處”，嚇得奧大尉跪地求饒，答應退出中國邊境。景頗等族50餘人在這次反抗鬥爭中獻出了自己的生命，又一次用鮮血捍衛了祖國神聖的疆土。
1899年（光緒二十五年）勘定孟定、阿佤山、孟連界線時也遭到當地各民族人民的堅決抵製，拒絕勘界人員入境。當英軍和勘界人員途經阿佤山龍垮時，佤族人民四麵出擊，迫使其改道而行。勘界人員到達班洪時，班洪王鄭重聲明：班洪自古就是中國領土，這裏無界可勘。班洪王還聯絡各部武裝鎮守要隘。後來英國勘界者到猛董、永和等地時開槍殺害一名佤族同胞，被激怒的佤、傣等民族立即進行還擊，擊斃英國兵兩名。永和的佤族還聯合周圍的佤、傣等民族，組織起1000餘人的武裝，準備在猛董圍攻英國兵。但是清政府卻出兵鎮壓，使反抗鬥爭失敗了。由於有邊疆各民族人民英勇捍衛疆土的鬥爭，保衛了中國西南的大片領土，使英國以勘界為名的侵略遭到了可恥的失敗。