但是，魏源作為地主階級改革派的主要代表人物，在“本”和“末”的關係上具有新的觀點，乃至對“重本抑末”論進行了重要的修正。主要表現在：
第一，重視“本富”，維護“末富”。在鴉片戰爭之前，他已把“富民”分為“有田之富民”（地主）和“無田之富民”（商人），他主張對兩者都要加以保護。盡管他在堅持“重本”的一麵時很重視“有田之富民”，認為他們是封建國家財力的主要基礎，國家政策必須保護而不能損害他們的利益，以使他們“敢顧家業”，但是，魏源“重本”而不“抑末”。在漕運和鹽政問題上，他比包世臣更敢於公開地維護商人的利益。在海運問題上，他一反傳統的“抑末”觀點，直言不諱地把海商的利益同國計、民生聯係起來。他說：“海運之事其所利者三：國計也，民生也，海商也。”（注：魏源：《複魏製府詢海運書》。）並且充分地肯定海運的優越性：“其優於河運者有四利：利國、利民、利官、利商。”（注：魏源：《道光丙戌海運記》。）
在票鹽問題上，他直截了當地指出其“革弊”的優點是：“盡革中飽蠹弊之利以歸於納課請運之商。”（注：魏源：《淮北票鹽誌敘》。）魏源論證了藉民營商業活動改革漕、鹽“大政”優於封建官僚機構和封建壟斷商業經營。他認為依靠海商運送漕糧符合天時、地利、人事發展的自然趨勢，官運漕糧已勢不可行，因此宣稱：“官告竭，非商不為功也。”（注：魏源：《海運全案序》。）
第二，修正“重本抑末”論，提出“緩本急標”論。在鴉片戰爭之後，適應新的時代需要，他進一步修正了“重本抑末”論，提出了“緩本急標”的經濟範疇，為他更加重視工商業和商品貨幣問題提供了理論依據。他說：“語金生粟死，重本抑末之誼，則食先於貨；語今日緩本急標之法，則貨又先於食。”（注：魏源：《軍儲篇一》。）
魏源能夠踏著時代的節拍前進，“緩本急標”論的提出，使他超越了龔自珍“食固第一，貨即第二”和包世臣“本末皆富”的關於“本”、“末”關係的理論，從而使他成為鴉片戰爭前後地主階級改革派思想家最主要的代表人物，成為爾後資產階級改良派“以工商為國本”以至“定為工國”的理論先驅，成為中國近代經濟思想的最初奠基者。盡管魏源在這裏還沒有衝破傳統經濟觀念關於“本”、“末”區分的藩籬，但是不可否認的是：他的“緩本急標”論是從地主階級改革派經濟思想過渡到資產階級改良派經濟思想的津梁。
（二）“除弊”和“興利”中發展工業的主張。
近代地主階級改革派思想家一般隻是希望限製大地主階級的兼並侵漁，以維持和改善自己的經濟地位，所以注重“除弊”而不強調“興利”；但是魏源卻在“興利”中注入了學習西方技術的新內容，開了資產階級改良派經濟思想的先河。
魏源在鴉片戰爭前的經濟主張也差不多集中於除弊方麵。他說：“天下無興利之法，除其弊而利自興矣。”（注：魏源：《淮北票鹽誌敘》。）他所主張和悉心籌劃的海運和票鹽，其目的都是“盡革中飽蠹弊之利”以“利國、利民、利商”，這和包世臣的“收奸人之利，三歸於國，七歸於民”的思想是異曲同工的。
在鴉片戰爭之後，魏源對“興利”、“除弊”的提法有了變化。他說：“有以除弊為興利者，有以節用為興利者，有以塞患為興利者，有以開源為興利者。”（注：魏源：《軍儲篇一》。）從表麵看，他在這裏講的都是“興利”的問題，但實際上，節用、塞患也都屬於“除弊”的範圍，隻有開源才是“興利”的問題。對於興利或開源，他也隻列舉了別人在鴉片戰爭前已經提過的屯墾、采金（指銀礦）和更幣之類。但是在編輯《海國圖誌》時，他終於對“興利”的看法有了很大的改變，提出了由政府設廠並允許沿海商民自行仿造西方的輪船、槍炮以及其他一些新式工業產品的主張。這種主張已經完全超出了“除弊”的範圍，而且也是地主階級改革派曆來的“興利”思想中所不曾有過的屬於現代工業生產的嶄新的內容。
魏源能夠提出這樣新的主張，表明他已在一定程度上突破了地主階級改革派思想家興利除弊思想的界限，因而成為以後資產階級改良派思想家的關於興利除弊思想的重要先導。正是從這一點出發，資產階級改良派進一步把“興利”提到比“除弊”更優先的地位，並且把建立和發展資本主義大機器工業作為興利的根本內容。
（三）“利國”、“利民”思想中的朦朧資本主義傾向。
“利國”和“利民”的關係問題，也是中國經濟思想史上長期討論的一個問題。魏源站在中小地主和商人的立場上，反對大地主和封建壟斷商人的兼並掠奪。從這種立場出發，在“利國”、“利民”的問題上，他主張“利國”必先“利民”，“益上”必先“益下”。他說：“專主於便民者，民便而國亦利；專主於利國者，民不便，而利歸中飽，國乃愈貧。”（注：魏源：《元史新編》。）
對於“便民”問題，魏源的主要出發點也是“富民”，尤其是“有田之富民”的利益。他極力論證富民對社會的重要性，認為上“足君”而下“養民”，全要依靠富民的力量。他說：“富民一方之元氣，公家有大征伐，大兵燹，大饑饉，皆仰給焉。”（注：魏源：《治篇十四》。）富民既然如此重要，那麼封建國家的政策，當然就應該以保護、培植富民的力量為主要出發點；損害了富民的利益，就必然會破壞國家本身的基礎。因此，他一再宣稱：“土無富戶則國貧，土無中戶則國危”（注：魏源：《治篇十四》。），“使人不敢顧家業，則國必亡。”（注：魏源：《治篇十四》。）
賦稅是封建國家運轉的依托，當然也是大地主當權勢力進行掠奪的基本手段，所有的地主階級改革派代表人物都反對過重的賦稅。魏源為反對重賦，提出了一個征稅原則：國家賦稅隻能征收富民的一部分收入，而不應該侵害他們的財富根本。他說：“善賦民者，譬植柳乎，薪其枝葉，而培其本根；不善賦民者，譬則剪韭乎！日剪一畦，不盡不止。”（注：魏源：《治篇十四》。）他指責當時統治者的賦稅，正是這種“剪韭”式的掠奪；結果破壞了納稅人的財富，也就破壞了國家自身的基礎。他說：“彼貪人者，專ｊｕāｎ＠①富民；富民漸罄，複ｊｕāｎ＠①中戶，中戶複然，遂致邑井成墟。”（注：魏源：《治篇十四》。）