清初無名氏小說《檮杌閑評》第二回描寫明清之際河北肅寧縣一個家庭班子到山東臨清地方表演“燈戲”的情況：“那男子取過一張桌子，對著席前，放上一個白紙棚子，點起兩支畫燭。婦人取過一個小篾箱子，拿出些紙人來，都是紙骨子剪成的人物，糊上各樣顏色紗絹，手腳皆活動一般，也有別趣。手下人並戲子都擠來看……直做至更深戲才完。”其中所說的“燈戲”，實際上就是紙影戲，影人用紙骨子剪成，糊上彩絹，用蠟燭投影在白紙棚子上表演，演出在夜裏進行。好像當時當地影戲演出已經不很普遍，所以人們才像看稀罕一樣擠著看燈戲，連戲曲藝人也不甘落後，這再次反映了影戲衰落的狀況。
入清以後，影戲在民間逐漸重新興盛起來，並屢見於史書的記載。如康熙三十五年（1696年）李聲振《百戲竹枝詞》裏有詠影戲詩曰：“機關牽引未分明，綠綺窗前透夜檠。半麵才通君莫問，前身原是楮先生。”其小注曰：“剪紙為之，透機械於小窗上，夜演一劇，亦有生致。”“楮先生”即紙，這是紙影戲的表演。乾嘉時期黃竹堂《日下新謳》裏詠傀儡戲的詩有句：“弄影還從紙上看。”自注曰：“剪紙象形，張隔素紙，搬弄於後，以觀其影者，是為影戲。”上述都是北京的情況。乾隆三十九年（1774年）《永平府誌》記載河北灤州正月民俗：“通街張燈、演劇，或影戲、戲之類，觀者達曙。”乾隆四十一年（1776年）《臨潼縣誌》“戲劇”條也說陝西當地“舊有傀儡懸絲、燈影巧線等戲”。乾隆時浙江海寧人吳騫《拜經樓詩話》卷三雲：“影戲或謂昉漢武帝時李夫人事。吾州長安鎮多此戲。查岩門《古監官曲》：‘豔說長安佳子弟，熏衣高唱弋陽腔。’蓋緣繪革為之，熏以辟蠹也。”從中知道乾隆時海寧長安鎮影戲是唱弋陽腔的。乾隆末年福州也有紙影戲的活動，所以清人陳賡元《遊蹤紀事》裏所收《影戲》詩說：“衣冠優孟本無真，片紙糊成麵目新。千古榮枯泡影裏，眼中都是幻中人。”乾隆年間成書的《紅樓夢》第六十五回尤三姐辱罵賈璉時說：“提著影戲人子上場兒——好歹別戳破這層紙兒。”是一句活在人們口頭上的以影戲為題的歇後語，它的前提則是影戲在民間的普及。四川影戲也唱弋陽腔，嘉慶乙醜（1805年）刊本《成都竹枝詞》裏詠成都燈影戲雲：“燈影原宜趁夜光，如何白晝即鋪張。弋陽腔調雜鉦鼓，及至燈明已散場。”還可以知道它是白天演出的，所以詩人表示了疑惑。清末廣東潮州紙影戲盛極。道光時汪鼎《雨菲庵筆記》卷二“蛇虎怪異”條說：“潮郡紙影戲亦佳，眉目畢現。”卷三“相術”條說：“潮郡城廂紙影戲歌唱徹曉，聲達遐邇，深為觀察李方赤璋煜之所厭。”光緒年間成書的小說《乾隆遊江南》第八回也描寫到潮州的紙影戲：“趁著漆黑關城的時候，兩個混入城中，在街上閑看些紙影戲文。府城此戲極多，隨處皆有，若遇神誕。走不多遠，又見一台，到處熱鬧。有雇本地戲班者，有京班蘇班者。鹽分司衙門，時常開演，人腳雖少，價卻便宜。”浙江紹興民間也曾流行影戲，後有禁令說：“近聞關廂內外，有種好事之徒，沿門苛派，勒索錢文，黑夜招搖扮演影戲，此街彼巷，徹夜不休。”（清代紹興師爺傳抄秘本《示諭集錄》）
北方最為著名的影戲流派為灤州影戲。據說它的創始人名黃素誌，為明萬曆間人（一說為嘉靖間人），他屢試不第，遊學關外，在當地創做了彩色紙影戲，後又改用羊皮，以借神道設教的形式來驚醒這個奸詐淫邪社會裏的愚民眾生。1958年在河北省樂亭縣發現的明萬曆抄本影卷《薄命圖》，是灤州影戲最早的劇本之一，也是它的獨有劇目。灤州影戲最初的樂器隻有一個木魚，念誦劇本稱為“宣卷”，可見它與講說佛經有著深刻的淵源關係。後雜取弋陽腔，清代雍正年間開始吸收昆曲，乾隆末年添加四弦琴。道光年間，樂亭縣小高莊高述堯著手改革灤州影戲，改造音樂，創作劇本，使灤州影戲走向一個新的階段——樂亭影戲階段。樂亭影戲具備了獨備特色的音調唱腔——灤州影調，它是在吸收了樂亭境內的民歌、民謠、俚曲、叫賣、哭喪調等鄉土音調基礎上形成。清末民初時，樂亭縣有40多個影戲班子。灤州影戲最後定型為以驢皮雕刻，它的影響遍及冀東、東北各地。
北京影戲分為兩個係統，一為王府影戲，一為民間影戲。王府影戲為清人入關時從關外帶來，其最早的源頭可能上溯到金人克汴時從汴京帶到關外的北宋影戲，而直接源頭則是灤州影戲。清禮親王從東北進北京時，曾隨帶一班影戲，在其邸第裏長期演出。其府中專司影戲的有8人，每月給工銀五兩（見李脫塵《灤州影戲小史》）。當然這種影戲北京居民是看不到的。民間影戲則長期演出於寺院法會和佛徒之家，藝人坐在蒲團上演唱，故被稱為“蒲團影”，唱涿州調，淵源大概是河南、四川等地（一說為陝西）的影戲。內容以宣講佛經為主，幾乎類同於“宣卷”。道光、鹹豐後，灤州影人進京演出，占領東城，涿州影戲退居西城，由此北京影戲分為東、西兩派。近人崇彝《道鹹以來朝野雜記》曰：“又有影戲一種，以紙糊大方窗為戲台，劇人以皮片剪成，染以各色，以人舉之舞。所唱分數種，有灤州調、涿州調及弋腔。晝夜台內懸燈映影，以火彩幻術諸戲為美，故謂之影戲。”據此，北京影戲也有唱弋陽腔的。北京人喜歡影戲，可從下引資料看出來：道光二年（1822年）曾有密雲副都統嗬隆嗬於國服之內在衙門裏看影戲被革職，發往新疆烏魯木齊，又有佐領富升以職官在市中看影戲被革職（見《大清宣宗成皇帝聖訓》卷六十“嚴法紀”一）。光緒中期，北京影戲有14個影箱，藝人90餘人。北京的王府裏也常演影戲，《灤州影戲小史》說：“從前各王公府多好影戲，如怡王、肅王、禮王、莊王、車王等府，皆有影戲箱及吃錢糧之演員，尤以肅王介弟善二為最，府中有抄本子者二人，雕彩人者四人，皆係長年雇用。”
陝西影戲曆史極其悠久，甘肅、青海、四川等省的影戲都是清代從陝西傳入的，屬於它的支派，以牛皮雕刻為其特征。陝西影戲有十多種腔調，較為普及的有五大調：老腔、時腔、阿宮腔、弦板腔和秦腔。其中最為古老的是東路碗碗腔皮影（老腔、時腔），曾長期在渭北流行。原為“拍板燈影”，乾隆以前演唱類似於說書，至今人們還稱其唱者為“說戲的”，其最具特點的一種樂器是一塊說書道具——醒木，這就是其名稱所自來。由此可以猜測，碗碗腔是由說書直接過渡來的一種影戲。乾隆中葉，渭南舉人李桂芳（1748～1810年）會試不中，感時憤世，退而編寫碗碗腔影戲劇本，為之創作了保留劇目“十大本”，長期演唱。為配合新劇本的演唱，藝人對碗碗腔音樂進行改革，吸收昆曲的成分，使之一變過去的粗獷單調為柔媚婉轉。改革後的碗碗腔被稱之為“時腔”，而仍沿襲過去唱法的就稱為“老腔”。清末時陝西華縣有影戲二三十班，乾縣則形成劉子和、楊五、天訓子、換印子四大名班。
山西的孝義紙窗影戲可能是在本地從金元一直流傳下來的土生影戲，用小嗩呐伴奏，奏吹腔。吹腔是清代前期遍及大江上下的一種流行戲曲腔調，孝義紙窗影戲可能受到了它的影響。山西另外一種紗窗影戲則是從陝西傳入的碗碗腔影戲。光緒初年，陝西碗碗腔影戲傳入山西，在曲沃的一支，受蒲劇、郿鄠等地方戲曲的影響，逐步形成南路碗碗腔；在孝義的一支，受中路梆子和孝義吹腔紙窗影的影響，逐步形成北路碗碗腔。清末民初，孝義有近40個皮影班。
明末清初的川北鄉間流行著一種“土燈影”。乾隆初，陝西渭南影戲傳入川北。到鹹豐年間，川西的民間藝人將傳入的川北土燈影和渭南影戲相結合，創作了結構最為複雜的成都皮影，遂至風靡整個四川。四川是皮影戲最為發達的省分之一，另外一個省是湖南，近代曾達到150多個皮影劇團。
影戲音樂和木偶一樣，很多都依附於各地的地方戲曲音樂，但也有具備自己獨立體係的，北方如灤州影戲的“影調”，陝西影戲的弦板腔、安康弦子腔、碗碗腔、老腔，南方如湖北沔陽，湖南常寧、衡山等地的漁鼓皮影等。也有木偶戲采用影戲音樂的，如陝西大荔、華陰，山西新絳、曲沃等地的木偶同屬碗碗腔，樂器中設銅碗和月琴，風格獨特，曲調婉轉悅耳。後來碗碗腔也被戲曲劇團采用。