鼓浪嶼是敵人廈門整體防禦的重點部分，兵力密度大，平均每平米接近三人，火力強，工事堅固，守軍又是國民黨幾個部隊裏麵戰鬥力最強的五十五軍二十九師。而敵軍高級將領在廈、鼓被圍後，失去信心，軍以上指揮機關全部在軍艦上遙控指揮，以免被俘。
敵軍二十九師原為西北軍部隊，曹福林長期擔任師長，長期追隨劉汝明。解放軍九十一師在半個月內兩次麵對二十九師，真是冤家路窄！
解放廈門的作戰任務，9月底便傳達下來，三十一軍擔負廈門島西北部登陸突破，協同二十九軍從北部登陸後，攻堅廈門守敵；九十一師擔負攻擊鼓浪嶼的任務。
三十一軍雖然在渡江戰役中有過乘木帆船訓練和渡江的經驗，但因為是第二梯隊，並無敵前登陸戰鬥的經驗，而且渡江與渡海峽還有不同。士兵多是北方大漢，不習水性，但當時並沒有引起師部的足夠重視。
九十一師師長高銳作為一代儒將，多次組織觀察地形。他站在嵩嶼半島東端高地上，把鼓浪嶼西部一覽無餘：守敵在西南突出角的石崖下，築有水泥地堡，西北側山坡不很陡，隻看到樹木，看不到堅固的火力點。突出角南側島岸向東凹折，無法觀察，但其火力對突出角以北並無威脅。從嵩嶼東端到鼓浪嶼西南突出角，直線距離不超過1500米，我軍57反坦克炮及野炮可直接進行破壞性射擊。
經過研究決定，師指揮部把登陸突破口選擇在鼓浪嶼西麵突出角及以北地區。並擬定出如下部署：
最精銳的二七一團及二七二團第一營共四個營為第一梯隊，擔任主攻，從九龍江北岸海滄出發，出九龍江口，由鼓浪嶼西南突出角以東地區突擊登陸，攻占縱深製高點日光岩，爾後分割圍殲守敵；二七三團為第二梯隊，隨二七一團之後加入戰鬥。二七二團為師預備隊。歸九十一師指揮的九十三師二七七團從九龍江南岸的沙壇出發，出江口向鼓浪嶼西南突出角以東地段突擊登陸，上島後協同二七一團圍殲守敵。師炮兵群是由配屬之炮兵十四團的一個105毫米*炮營、軍炮兵團的一個山野炮營和師炮兵營的57反坦克炮連和迫擊炮連組成的，共三十餘門炮，部署於嵩嶼半島東端，師指揮部設嵩嶼高地上。
這是九十一師的首次登陸作戰，確認部署後，部隊上下都圍繞登陸作戰新特點展開各項準備。
針對嵩嶼戰鬥中的教訓，領導們注重克服麻痹輕敵的思想，另一方麵消除一些戰士對渡海作戰信心不足的思想負擔。