葉飛司令員停了停，繼續說道：“我指揮的部隊都歸你指揮了，你一定要把這場戰役打好，不給敵人逃跑的機會。”
吳森亞回答：“知道了。”
吳森亞又報告說：“他已經製定了作戰計劃，各部隊已經開始行動了，具體戰鬥部署請看密碼電報。”
放下電話後，吳森亞感到自己肩負著重要的使命。
他現在已經是廈門戰役的最高指揮官了，也就是說，如果這次登陸作戰失利，他將無法向上級交代。
吳森亞站在指揮所裏，抬頭望著窗外的天空。
此時，遠處的槍聲還斷斷續續地響著，整個部隊處於分散追擊的作戰狀態。他該怎樣統一指揮部隊繼續作戰呢？如果部隊失去了統一指揮，即便在勝利的大好形勢下，也是非常危險的。畢竟他是八十五師的參謀長。
他想，必須統一全體指戰員的行動，當下最可行的辦法就是分送書麵命令。
於是，他很快就寫下了如下內容的命令：
（一）廈門的敵人準備逃跑了。
（二）奉葉司令命令，島上部隊統一歸我指揮。
（三）決定本日下午3時全線出擊。
（四）八十五師二五四團經蔡塘向沿海岸前村、石胃頭、黃盾、溪頭、曾後攻擊前進；二五五團向洪山柄、雲頂岩、自來水廠、廈門大學攻擊前進。
（五）你部沿廈禾公路向梧村、廈門市區攻擊前進。
書麵命令寫好後，吳森亞讓人把這份命令抄寫了很多份，都簽上了他自己的名字，派偵察員四出尋找各作戰部隊，吩咐他們不論碰到哪個團，哪個營，哪級幹部都要給他們發一份。
偵察員拿著吳森亞的命令稿，兵分幾路，四處尋找各追擊部隊，將吳森亞的命令快速傳播開，使得各登陸部隊有了統一的行動。
葉飛司令員為什麼要把這個艱巨的任務交給吳森亞呢？
原來，在16日中午的時候，三十一軍前進的速度很慢，所以葉飛司令員感到很憂慮。他本來已經命令朱雲謙師長渡海統一指揮登島部隊，但朱雲謙師長出發後卻和指揮部失去了聯係，所以葉飛很著急，而在廈門島上能聯係上的最高領導隻有吳森亞一個人，於是，葉飛司令員就把這個重任交給了吳森亞。
16日下午4時左右，二五五團全團先後抵達洪山柄，對下一步的行動做了統一部署：
一營於後埔南，二、三營於後埔沿梧桐、自來水池向曾盾方向攻擊前進。
二五五團一營迅速抵達雲頂岩腳下，接著二連一個排快速爬到了山頂，但已經不見敵人的蹤影了，一營決定翻過岩頂，向海濱挺進。
在前進的路上，一營在公路上抓到了敵人的兩個逃兵，從逃兵的嘴裏了解到，敵軍一八一師剛剛沿著公路西逃。一營長黃啟昌馬上召集各連連長、指導員開會，部署圍剿逃敵的方案。
黃昏時候，解放軍已經插入廈門本島中央，守敵開始動搖，紛紛找船開始撤退。
鑒於敵人已經開始逃散，如果仍然執行從雲頂岩向廈門港挺進的作戰計劃，那麼就勢必要翻山越嶺，這樣就會延誤許多時間，所以，一營馬上決定，沿公路快速追擊敵人。
為了追擊敵人，一營戰士顧不上吃飯，一路急速行軍，追擊逃跑的敵人。
當戰士們追到離廈門市區兩公裏的梧村時，從文灶的方向傳來了槍聲，二連馬上追過去，抓到了一批俘虜。
後來，一路上抓到的俘虜竟是越來越多。
一營戰士攻入廈門市區的廈禾路，隻見城裏麵一片混亂。大卡車、裝甲車、坦克和*炮都歪歪斜斜地停靠在街道上，到處都是人。
見到解放軍到來後，敵人紛紛舉手投降，乖乖地站在那裏不敢動。
一營戰士收繳敵人的武器後，沒有處置俘虜，而是繼續往市區深入。