接下來的2003-04賽季，湖人隊獲得了全明星球員卡爾·馬龍（Karl Malone）和加裏·佩頓（Gary Payton），再次衝擊總冠軍。在賽季開始前，科比因為性侵犯指控被捕。這導致了科比因為出庭缺席了一些比賽；或是某的早些時候出庭，在同一的晚些時候趕去參加比賽。在常規賽的最後一場比賽，湖人隊對陣開拓者隊。科比用兩次絕殺帶領湖人取勝，並贏得了太平洋賽區的冠軍。在第四節的最後時刻，科比投中三分球扳平比分，將比賽拖入加時賽。比賽最後進入鄰二個加時，科比又投中壓哨三分幫助湖人105-104獲得了勝利。
擁有四名未來籃球名人堂球員，奧尼爾、馬龍、佩頓和布萊恩特，湖人隊最終殺入NBA總決賽。在總決賽中，湖人隊被底特律活塞隊在5場比賽中擊敗，後者自1990年第一次獲得總冠軍。總決賽係列賽中，科比場均貢獻22.6分，還有4.4次助攻，命中率隻有可憐的35.1%。菲爾·傑克遜沒有與湖人隊續簽合同，接替他教練職務的是魯迪·湯姆賈諾維奇（Rudy Tomjanovich）。奧尼爾被交易至邁阿密熱火隊，換來了拉瑪爾·奧多姆、卡隆·巴特勒（Caron Butler）、布萊恩·格蘭特（Brian Grant ）。第二，科比拒絕了洛杉磯快船隊提供的合約，與湖人隊續簽了一份長達7年價值1億3640萬美元的合同。
失望季後賽（2004-2007）2004-05賽季，由於上賽季中發生的事情極大地損壞了科比的聲譽，也使他飽受爭議和批評。菲爾·傑克遜出版了新書《最後的賽季》（The Last Season: A Team in Search of Its Soul），在書中詳細記述了2003-04賽季湖饒動蕩，也同時批評了科比，他“不可調教（uncoachable）”。在賽季中期，魯迪·湯姆賈諾維奇突然辭去了主教練的職務，理由是健康問題。湯姆賈諾維奇離開之後，湖人助教弗蘭克·漢伯倫（Frank Hamblen）執掌球隊完成了賽季剩餘的比賽。盡管科比在這個賽季以場均27.6分排在聯妹分榜的第二位，但是湖人隊卻打得很掙紮，並且球隊自1993-94賽季以來第一次未能進入季後賽。這個賽季後的獎項評選中，由於湖人整體實力的下滑，科比沒能進入最佳防守陣容，最佳陣容也僅僅是入選第三陣容而已。這個賽季中，科比還公開了和雷·阿倫以及卡爾·馬龍之間的矛盾。2005-06賽季是科比籃球生涯的轉折點。盡管之前與科比有分歧，菲爾·傑克遜還是選擇重回湖人執教。科比對此舉動表示讚同，各種表現證明，這二位的第二次合作還不錯，帶領湖人隊重新回到了季後賽。科比的個讓分數據也是其職業生涯中最好的一個賽季。在2005年12月20日湖人vs達拉斯牛隊的比賽中，科比在前三節比賽中獨得62分（第四節未出場），在他下場時個讓分62分竟比牛全隊61分的得分還高，科比是自24秒計時器引入以來的第一位做到茨球員。 2006年1月16日，湖人隊麵對熱火隊，科比與奧尼爾在賽前的握手和擁抱成為簾日的頭條，標誌著這兩名球員之間的矛盾逐漸發生改變。一個月之後的2006年NBA全明星賽上，這兩個人被看到在一起笑。 2006年1月22日，在對陣多倫多猛龍隊的比賽中科比得到了職業生涯新高的81分。除了打破之前由埃爾金·貝勒（Elgin Baylor）創造的71分的紀錄，科比單場81分還是NBA曆史上單場第二高分，僅次於威爾特·張伯倫於1962年創造的單場100分紀錄。在同一個月內，科比還成為了自1964年以來第一位連續4場比賽得到45分或更多得分的球員，成為繼張伯倫與貝勒後第三位可以做到茨球員。整個1月份，科比場均可以得到43.4分，[83]排在NBA曆史單月場均得分第8位，以及除張伯倫外個去月場均得分第一位。2005-06賽季結束時，科比創造了湖人隊史單賽季取得40+場次最多的紀錄（27）以及最多得分的紀錄（2832）。[31]科比憑借場均35.4的得分第一次獲得了聯妹分王的頭銜。在2006年NBA最有價值球員獎評選中排名第四，但他獲得了22張第一名的選票--僅次於最後的勝者史蒂夫·納什（Steve Nash）。湖人隊打出了45勝37負的常規賽戰績，比前一個賽季多贏了11場。