3月9日，拿破侖通知其外交大臣香巴尼說，法軍五萬人將於24日進入馬德裏，並指示他向西班牙政府解釋法軍此舉隻不過取道加的斯圍攻直布羅陀。這種露骨的厚顏無恥的行為激起了西班牙人的極大憤慨，以致3月18日在馬德裏以南二十五英裏的阿蘭胡埃斯爆發了民眾暴動。戈多伊被當作賣國賊抓了起來，查理四世也被迫讓位其長子，也就是即位後號稱費迪南七世的阿斯圖裏亞親王。這當然不合拿破侖的口味，所以他幹脆摘下了假麵具。3月24日，繆拉率蒙塞軍和杜邦軍進駐馬德裏，貝西埃爾則率近衛軍進至布爾戈斯以作後援。4月5日，拿破侖抵達波爾多，14日進至巴約納，然後從那裏繼續指揮侵占西班牙的行動。
現在，拿破侖在西班牙已派駐了十一萬法軍，這些法軍分為三個集團：貝西埃爾為右翼，在布爾戈斯有三萬人；繆拉為主力在馬德裏及其周圍有五萬人；迪埃斯梅為左翼在加泰羅尼亞有三萬人。拿破侖依舊認為，這樣大軍壓境炫示武力，足以預防任何認真的抵抗。他對自己的心理直覺一向是頗為自信的。就在此前不久，他還寫信給弟弟路易說："就洞悉人類而言，我可是個老手。"但由於對西班牙人民獨立自尊的個性以及不屈不撓的精神和力量估計過低，拿破侖終於鑄成大錯。4月15日，他從巴約納給繆拉下達了這樣的指示：
在西班牙如有戰事很可能與我們在埃及所遇到的情況相似。因此，你務必使部隊保持相對集中，而且一定要保護好你的補給縱隊。
次日，他指示貝西埃爾說："千萬不要設置孤立的哨所，這點非同小可。"這個忠告是中肯的，但在西班牙這樣的國家裏很難辦到。繆拉軍團的戰線已達四百餘英裏，交通線也達二百五十餘英裏，而且還在繼續延伸。
盡管費迪南已宣布即西班牙王位，但拿破侖卻無意讓這個愚笨而又難以駕馭的青年人接替其頗為馴順的父親。他拒不承認費迪南的稱號，他把全體王室成員都召集到巴約納。在那裏，他先是強迫費迪南把王位交還給他的父親，進而威嚇查理四世再次退位以便把王位移交給拿破侖之兄約瑟夫。約瑟夫被迅即從那不勒斯召到馬德裏。馬德裏的民眾這次終於忍無可忍，結果在5月2日釀成公開起義，即著名的五月事變。三萬民眾擁上街頭，有的人從窗戶裏向法軍士兵開槍。但群眾被法軍兩營步兵和一個近衛軍騎兵團所驅散，兩千西班牙平民死於非命。繆拉因鎮壓這次事件所表現的魄力而受到了拿破侖的嘉許。約瑟夫於6月6日被封為西班牙國王，7月21日便遷入其新的首都。
自從查理四世把國家拱手讓給拿破侖以後，西班牙無論在政治上，還是在軍事上都失去了集中領導，但這是一個民族自豪感很強的國家。反法起義迅速向各省蔓延，從西北部的加利西亞到遠在南方的安達盧西亞，到處都燃起了民族戰爭的烽火。在每一個地區，抵抗運動都是以省政務會(西班牙語稱"洪達")為核心。盡管從法律意義上看西班牙與英國仍處於戰爭狀態，但早在5月份，就有好幾個省政務會籲請英國援助。與此同時，散布在各地裝備粗劣的西班牙軍隊也在各自為戰。地區性的領袖在各省湧現。拿破侖一直未曾料到會有這樣頑強的抵抗。5月6日，他寫信給塔列朗說：
我看最棘手的工作已結束。盡管還會有小的動亂，但剛給予馬德裏的狠狠的一頓教訓足以讓他們安靜下來。
最初出現的那些零星起義，事實上沒怎麼費勁就被撲滅了。6月16日，迪埃斯梅向塔拉戈納進軍，殺死了一千五百個農民，焚燒了六個村莊。6月25日，一些英國海軍陸戰隊在桑坦德登陸以支援義軍但被逐退。
拿破侖現在在其兵力散布很廣的情況下，正試圖從三百英裏以外的巴約納來控製作戰。在左翼，一萬四千法軍在薩拉戈薩受阻，遭到了西班牙巴拉弗克斯將軍的頑強抵抗；在右翼，貝西埃爾已西進至萊昂以對付布萊克的加利西亞軍團；在南部，杜邦軍在進軍加的斯的途中已越過了希拉莫雷納山並洗劫了科爾多瓦。7月13日，拿破侖將他對戰略形勢的分析口述給薩瓦裏發給其兄約瑟夫，後者當時正在的往馬德裏的途中，陪同前往的是他那不甚高明的參謀長儒爾當元帥。拿破侖分析道：
貝西埃爾現駐麥迪納(位於巴利亞多利德西北二十五英裏)有一萬五千人，至少他還需八千人。......其次是杜邦的狀況，他目前的兵力已超過需要，即使遭受一次挫折也無關大局。他隻須重新翻過那些山頭就行了。增強杜邦將軍的真正途徑，不是給他增派更多的部隊，而是把這些部隊送給貝西埃爾元帥。
拿破侖的戰略判斷在此已全然錯了。就在第二天，貝西埃爾進攻了擁有三萬五千人和四十門炮據守堅固陣地的加利西亞軍團，但西班牙人不堪一擊，結果損失了數千人和全部大炮，而法軍僅傷亡三百人。
麥迪納告捷，從而改變了整個形勢。一周後，即7月21日，拿破侖又下達了一道新的指令：
今天的唯一要點是杜邦將軍。如果敵人奪取了希拉莫雷納山隘，就很難將其趕走。因此，我們必須增援杜邦，使其兵力達到二萬五千人。
但拿破侖這一考慮已為時過晚，西班牙的卡斯特羅將軍率二萬五千人已經確實無誤地拿下了那些山隘，從而切斷了杜邦與馬德裏的交通線。由於彈盡糧絕，饑渴難耐，不幸的杜邦已在前一天率一萬九千人在馬德裏以南一百六十英裏的拜蘭被迫投降。這是法軍所受到的最嚴重的挫敗，也是拿破侖戰略上的一大汙點。把這個軍推進到離馬德裏如此遙遠的一個貧瘠地區，又不采取任何措施保護其供應線，真是愚蠢之極！但是拿破侖當然不願意為這次慘敗承擔責任。8月3日，他給在巴黎的陸軍大臣寫信說：
我把這些文件送給你，僅供你一閱，如果參照地圖看，你就會發現，有史以來還從未有過如此愚蠢，如此無能，抑或如此懦弱的行為。迄今所發生的這些事情隻有愚不可及的蠢材才幹得出來。
約瑟夫國王本來就不願意離開那不勒斯的安樂窩到馬德裏這個坩堝來，這次抵達其新都時正值慘敗的次日。因此，他一聽到這個消息就重新打點行裝向北逃去。8月5日，拿破侖在從巴約納返回巴黎的途中寫信給陸軍大臣說：
昨天我已向你通報杜邦將軍慘敗的消息。國王認為應當撤出馬德裏以靠近其軍隊，他想必已於8月2日撤離。......我已命令大軍團的第一軍、第六軍和兩個龍騎兵師返回美因茨，請安排他們從美因茨至巴約納的行軍。
拿破侖終於意識到他正麵臨著兩線作戰的可能性。
拜蘭慘敗導致拿破侖決定在他得以從大軍團抽出若幹精銳部隊之前，在半島上采取一種比較謹慎的防禦戰略。他在8月5日的一項備忘錄中提出了這項政策。西班牙軍團仍分為三個軍：主力三萬人在中央，由國王約瑟夫直接指揮，其司令部設在馬德裏以北九十英裏的阿蘭達；右翼由貝西埃爾指揮，擬占領阿蘭達以西五十五英裏的巴利阿多裏德；左翼則據守洛格羅尼奧和圖德拉之間的上埃布羅河穀以掩護潘普洛納。備忘錄中指出：
如有可能，第一個目標是收複馬德裏；其次是使連接葡萄牙的交通線保持暢通；第三是據守埃布羅河一線，第四是維護穿越潘普洛納和聖塞瓦斯蒂安的我方交通線，以便大軍團一到達即可迅速擊敗並殲滅所有的反抗者。
8月15日，拿破侖回到了巴黎。兩天後，他命令第一、第五和第六軍以及三個騎兵師強行軍從德意誌轉移到西班牙；同時在巴約納集結一個裝備有二十磅炮十二門，六英寸榴彈炮十二門和八英寸臼炮六門的攻城縱隊。
此時，一個新的因素增加進來從而打破了拿破侖指望輕而易舉地征服西班牙和葡萄牙的計劃。6月，英國政府決定派一支遠征軍去伊比利亞半島，以阻止拿破侖向大西洋進軍。8月1日，英軍中將阿瑟·韋爾斯利爵士率為數一萬人的一個軍在葡萄牙的蒙德戈河口登陸並向裏斯本進軍。8月17日和8月21日，韋爾斯利先後在羅利薩和維米耶羅大敗朱諾的葡萄牙軍團，隨即又得到增援。8月30日，英法兩軍簽訂了"辛特拉停戰協定"，根據這一協定，朱諾的全部軍隊由海路撤回法國的拉羅舍爾。英軍在葡萄牙的兵力此時已達三萬五千人。約翰·穆爾爵士接過了指揮權。穆爾奉命與西班牙軍隊協同作戰把法軍逐出半島。英國海軍由於握有製海權，所以能從比斯開灣和大西洋各港口輸入足夠的武器彈藥來維持西班牙和葡萄牙的抵抗運動。
拿破侖一回到巴黎便給當時正在米蘭的繼子歐仁親王寫信說：
西班牙的事態日趨嚴重，英軍登陸人數已逾四萬。......我在西班牙的部隊一直所向無敵，準獨在一個倒黴的地方，杜邦鑄成大錯破壞了我的全盤計劃。
此時，他隻能采取緩兵之計，以待其精銳部隊從德意誌趕來，再一勞永逸地收拾西班牙的殘局。9月16日，約瑟夫突然宣稱他要在潘普洛納、聖塞瓦斯蒂安和布爾戈斯派軍駐守，然後以五萬兵力直取馬德裏。他請求皇帝批準。不料這一請求遭到拿破侖一頓極為尖刻辛辣的嘲諷。9月22日，拿破侖回複其兄說：