拿破侖在4月17日上午到達多瑙沃爾特時，其可動用的兵力分布如下：
第三軍(達武)：步兵48,600，騎兵8,600，總計57,200，位於雷根斯堡；
第二軍(烏迪諾)：步兵16,000，騎兵5,300，總計21,300，位於奧格斯堡；
第四軍(馬塞納)：步兵34,800，騎兵2,800，總計37,600，位於接近奧格斯堡；
第七軍(勒費弗爾)：步兵22,500，騎兵4,500，總計27,000，位於蓋森費爾德與諾伊施塔特一帶；
重騎兵師(南蘇蒂)：騎兵5,100，位於諾伊堡；
共計：步兵121,900，騎兵26,300，總計148,200；
頭一件要做的事是令第三軍和第七軍會合以避免他們被敵人各個擊破。上午10時，他派其高級副官薩瓦裏將軍在騎兵護送下到雷根斯堡，傳令達武沿多瑙河右岸向諾伊施塔特(位於雷根斯堡西南28英裏)撤退，並與勒費弗爾的巴伐利亞軍取得聯係。勒費弗爾則奉命將所部集中於錫根堡和阿本斯貝格之間以掩護達武撤退。馬塞納奉命會同烏迪諾軍一道，於次日拂曉前從奧格斯堡向愛查赫和普法芬霍芬運動。馬塞納部每人應帶四天的麵包和四天的口糧。拿破侖還派了幾名副官去搜集敵軍動向的情報，並確定其左翼的位置。當晚，他獲悉四個軍的奧軍己在蘭茨胡特和弗賴辛之間渡過了伊薩爾河。
令人遺憾的是，達武直到18日上午才接到拿破侖的命令，而其部隊隔了二十四小時後才開始行動。在他穿越多瑙河南岸的山林行進時，他又與奧軍霍亨佐倫、羅森貝格和列支敦士登三個軍的前衛發生激戰。勒費弗爾雖遵命朝東北阿本斯貝格方向轉移，但他派去與達武聯絡的軍官卻為奧軍所俘。
馬塞納以烏迪諾各師為前導，於18日中午到達愛查赫，這時，他又接到了拿破侖的指示，在全麵綜述形勢後，這份冗長的指示寫道：
明天(19日)，你們兩個軍中，凡到達普法芬霍芬的部隊部應出動，進攻查理親王的後尾部隊，或弗賴辛和莫斯堡之間的部隊。一切跡象表明德意誌戰事在18、19和20日之間即可告終。......我認為如果烏迪諾軍和你的三個師於拂曉前出發，而且如果在此關鍵時刻你們能有力地指導我所有部隊應該如何行動，那麼敵人必敗無疑。......你們此次行動至關重要，因此我本人可能隨同你們一道行進。
信末，拿破侖又附記：積極，主動，迅速！
4月19日，拿破侖將其大本營前移三十七英裏至因戈爾施塔特，他原來預料那一天會發生主力會戰，但形勢發展比他預想的要慢，這部分是由於他下達給達武的命令被耽擱了，部分是由於奧軍結構臃腫行動遲緩。查理大公在達武和勒費弗爾防守正麵(位於雷根斯堡和錫根堡之間)部署了四個軍，且由席勒指揮的另一個軍則在伊薩爾河穀構成其左翼。現在法軍已與敵軍全線接觸，馬塞納的前衛，在從普法芬霍芬向弗賴辛推進時，已俘虜了席勒軍四百人。中午時分，拿破侖給馬塞納又下達了一道命令：
將烏迪諾軍推進到奧和弗賴辛。我將根據今天獲得的情報再指揮你們從奧和弗賴辛推進到蘭茨胡特。這樣，查理大公就會發現其交通線被切斷，由於他們有伊薩爾河作屏障，我們將攻擊其左翼。......所有這些都必須在今天之內予以解決，時間寶貴，分秒勿失！
4月20日，拿破侖將其大本營又向前推進了十二英裏到達多瑙河上的沃堡，距前線不足十英裏，戰況正在發展。拉納和貝西埃爾從西班牙趕到了皇帝的大本營。拉納奉命指揮由達武的兩個師臨時編成的一支部隊，貝西埃爾則奉命指揮馬塞納的前衛騎兵。上午6時，拿破侖給馬塞納又下達了另一份指示：
今天上午收到的所有報告表明敵人正全線潰逃。戰場上敵屍橫陳，而法軍到目前為止僅兩個軍和一個巴伐利亞師投入戰鬥。我正要騎馬去偵察前哨陣地，如發現敵軍仍在某處頑抗，則予以攻擊，如發現敵軍正在撤退，則予以窮追。我希望你爭分奪秒，在伊薩爾河渡口--最好是在蘭茨胡特，但至少要在莫斯堡將敵截住。
這是對戰局的一種過分樂觀的估計，因為戰鬥還剛剛開始。拿破侖一向過於自信，而且他也總是喜歡用這種盲目自信來激勵部下。
迄此法軍遭遇的僅是奧軍的前衛部隊，但到20日黃昏時，奧軍右翼已拿下了雷根斯堡，這是因為達武在那裏隻留了一小支後衛部隊。查理大公的主力現正從雷根斯堡起在正南方向寬20英裏的正麵上展開，但在其北麵的四個軍和席勒的那個軍之間即蘭茨胡特西北10英裏處卻出現了一個缺口。馬塞納率領四個步兵師和兩個騎兵師經過艱苦行軍終於按拿破侖的命令在弗賴辛和莫斯堡之間完成了集結。
4月21日一整天，查理大公對在雷根斯堡和埃克繆爾(位於雷根斯堡以南16英裏處的格羅斯-拉貝河穀)之間的達武和勒費弗爾發起了強大的攻勢。在叢林密布的河穀之中，奧軍的攻勢失去了內聚力，隻能零星地逐次投入兵力，而法軍和巴伐利亞軍，盡管在數量上遠居劣勢，卻不僅守住了陣地，而且還能適時反擊，逐退敵軍。
拿破侖仍以為伊薩爾河穀是解決問題的關鍵，所以他將拉納軍和勒費弗爾軍的一部分南調蘭茨胡特以加強其右翼。到黃昏時分，這支兵力會同馬塞納從莫斯堡開進的兵力終於將席勒軍逐出了蘭茨胡特。貝西埃爾率兩個騎兵師乘勝追擊，把奧軍一直追到東南的蓋森豪森。
拿破侖本人騎馬行軍二十五英裏於4月21日下午7時抵達蘭茨胡特。直到這時，他才意識到，把席勒軍往南逐過因河恰恰放過了在雷根斯堡地區殲滅查理大公的奧軍主力這個主要目標。次日淩晨2時，他收到了達武的報告說他正受到奧軍三個軍的重壓而且缺乏彈藥。拿破侖當即決定馳援達武。淩晨三時，他向貝爾蒂埃口授了下述命令：
命令符雷德將軍率所屬師支援貝西埃爾元帥自蓋森豪森出擊，將敵一舉逐過因河。巴代利亞師則於上午4時出發。
命令利沃裏公爵(馬塞納)將其三個師連同火炮和埃斯佩恩的騎兵師調集到蘭茨胡特和埃爾哥丁(蘭茨胡特東北四英裏處)之間。其先頭師應沿伊薩爾河左岸成縱隊隊形，並準備在上午6時出動。利沃裏公爵應率其三個師兵力向埃克繆爾開進，並包圍敵軍。朕將與他一道前進。
同時，他還命令烏迪諾率兩師生力軍北進以增援達武。隨後，他派其副官之一勒布倫將軍給達武送去了這樣一封信：
現在是淩晨4時，我想立即出發並於中午時分趕到埃克繆爾，以便能在下午3時對敵發起猛烈攻擊。我將隨帶四萬人。......我下決心在今天或最遲在明天消滅查理大公的奧軍。此信同時致但澤公爵(勒費弗爾)，請傳他一閱。
埃克繆爾(這是法軍的叫法)是一個小村，位於格羅斯-拉貝河的左岸，在雷根斯堡以南16英裏，蘭茨胡特以北按道路計25英裏。拿破侖從達武的報告中得知查理大公的左翼就在該村，而且在他騎馬與馬塞納和拉納一同帶領部隊北進時，他可以聽到達武抵抗六萬六千名奧軍進攻的槍炮聲。下午2時，拿破侖的先頭部隊進入格羅斯-拉貝河穀，抵達埃克繆爾並向查理大公的左翼進攻。與此同時，達武和勒費弗爾也向東發起反擊。奧軍全線均遭卷擊，夜幕降臨時，奧軍朝雷根斯堡的多瑙河大橋潰逃。拉納率兩個騎兵師在月光下乘勝追擊，一直追到橋頭堡。
法軍步兵由於長途行軍早已疲憊不堪，因而未能勇猛追擊。到次日時，查理大公已將主力撤到了多瑙河左岸(即北岸)，席勒軍三萬人在蘭茨胡特敗北後，也撤過了因河並沿多瑙河南岸的維也納大路退卻。查理大公留下一支強大的後衛部隊據守雷根斯堡的橋頭陣地，然後便向東北朝波希米亞山區退去。
4月23日，拉納率強擊隊用雲梯攻上雷根斯堡城牆，占領了該城。拿破侖在觀看拉納的壯舉時，在一個觀察哨被一顆乏彈擊穿靴子。創傷疼痛難忍。這是他在土倫戰役中被英國海軍陸戰隊的一名士兵刺中大腿以來頭一次在戰鬥中負傷。
拿破侖沒有達到其主要目標，即消滅奧軍並切斷其通往維也納的退路。然而，繼4月20日、21日、22日和23日四天艱苦行軍和作戰後，他還是取得了實質性的成功，象"阿本斯貝格"、"蘭茨胡特"、"埃克繆爾"和"雷根斯堡"這些勝利，後來都分別記錄在巴黎凱旋門上。他已將奧軍劈為兩半，奧軍由多瑙河南岸通往維也納的捷徑現在隻由席勒指揮的較少的那一半兵力掩護。拿破侖僅傷亡了五千二百人，卻使敵軍遭到了六千人和十六門火炮的損失。"埃克繆爾之戰"不象奧斯特裏茨之戰那樣是事先精心謀劃的戰略行動，而完全是危急關頭臨機應變的產物。他的部隊當時已被敵人衝散且毫無準備，這是由於貝爾蒂埃未能實現集中造成的，當然他本人對此也負有不可推卸的責任。但是，在這種極為不利的情況下，他反應迅速，行動堅定，不僅扭轉了形勢而且轉敗為勝，這正是其傑出的軍事天才的一個鮮明例證。
拿破侖迅速地重新組織力量向維也納進軍，因為他急於搶在查理大公之前趕到那裏。多瑙河南岸的主要道路在奧地利邊境帕紹要塞處穿越因河，再往東去六十英裏便在林茨以南較易防守的艾貝爾斯貝格大橋越過特勞恩河。從艾貝爾斯貝格過去，維也納僅一百一十英裏之遙，中途幾乎沒有天然障礙需要跨越。馬塞納奉命指揮前衛，對席勒軍窮追猛打，拉納隨後跟進，達武則奉命在帕紹守衛交通線直至貝爾納多特率薩克森軍從南麵的德累斯頓前來接替。勒費弗爾奉命向南經庫夫施泰因隘道至因斯布魯克以充當右側衛，並鎮壓在蒂羅爾出現的任何反抗。歐仁親王在威尼西亞正與約翰大公指揮的一個奧地利軍交戰。
馬塞納4月27日於帕紹強渡因河時沒有遇到任何困難。但5月2日他在艾貝爾斯貝格強渡特勞恩河時，卻遭到席勒後衛的頑強抵抗。該河在此流經一狹窄的峽穀，峽穀之上有一座長二百碼的木橋。奧軍密集的炮火可以縱射該橋。拿破侖曾命令馬塞納不惜一切代價向前推進，而這位元帥也幾乎不折不扣地照命令行事，結果導致一場血戰。在這場血戰中，法軍傷亡五千人，而奧軍傷亡則在六千人以上，後者還被迫放棄了陣地。拿破侖在戰鬥結束之前趕到了戰場，但他並沒有試圖用拉納軍迂回敵人側翼。在匆忙之時，他對於戰鬥導致的傷亡一向不屑一顧，更何況此刻他急於搶在查理大公之前到達維也納。
席勒在艾貝斯貝格阻滯馬塞納之後在茅特豪森渡過了多瑙河，並在維也納以北與查理大公的軍隊會合。馬塞納繼續前進，沿途幾乎沒有遇到抵抗。他於5月7日抵達阿姆施特滕，5月11日占領維也納西郊。奧軍守衛部隊，在二十六歲的馬克西米連大公的指揮下在內城進行了一番象征性的抵抗。拿破侖在市中心西南三英裏的肖恩布魯恩宮建立了大本營，5月12日下令炮轟內城。經過四小時的炮擊，這個奧地利首都便投降了，法軍遂於5月13日上午正式占領了該城，正好是在奧軍入侵巴伐利亞一月之後。這是拿破侖在四年之內第二次占領奧地利首都。他向三十萬居民發布告示說：
對良民我將提供特別保護，但對於騷亂不法分子我將嚴懲不貸。
拿破侖此時才發現自己對於敵軍的行蹤茫然無知，而且更使他惱火的是其參謀機構對他正與之作戰的這個國家也未提供任何情報。他在寫信給巴黎的陸軍大臣克拉爾克將軍的信中，憤慨地說：
你竟然未曾向我提供絲毫關於尼科爾斯堡和奧斯特裏茨地區及維也納附近的地圖或地形報告，對此我極為不滿。在我現有的地形資料中怎麼也找不到我曾親自命令你們搜集的那些情報。你隻給我送來了一些有關因河的偵察報告，可這些東西對我早已無用了。你們按某些荒謬的規定隻給我送正式抄本，而正式抄本費時費事，那些地圖也未及時送達，不掌握關鍵性的情報，我隻能受人擺布，......作戰部門如果不能給指揮官們提供作戰所必需的偵察報告，要它還有何用？馬上傳達我的命令在二十四小時內把有關摩拉維亞、波希米亞、匈牙利和奧地利的所有地圖、計劃、偵察報告和各種記錄的原件都給我送來，我不要抄件。
拿破侖一向厭惡繁文縟節和辦事拖拉。
在奧皇逃往波希米亞以及查理大公的軍隊也在多瑙河北岸銷聲匿跡之後，拿破侖現在的問題是促成第二次奧斯特裏茨會戰，一勞永逸地粉碎奧地利的軍事力量。其第一步便是要在黑森林和巴伐利亞阿爾卑斯山區冰雪消融，河水泛濫之際，把全軍送過多瑙河，然而此時奧軍已破壞了河上的一切橋梁。5月11日，貝爾蒂埃給炮兵司令桑給斯發出了下述指示：
將軍，皇帝的意圖是明天或後天在多瑙河上架橋。因此，您務必通知舟橋部隊盡一切可能搜集船隻、繩纜和錨鏈。皇上希望將橋架在普雷斯堡(今捷克的布拉迪斯拉法)和維也納之間。據信，多瑙河在菲什恰門德處(維也納下遊十八英裏)是無島嶼的單水道。因此，您要派一名軍官到該地去現場勘察或其它您認為適當的地方勘察。您派遣的軍官應向利沃裏公爵(馬塞納)報告，公爵的司令部設在通往普雷斯堡公路上的錫默林。所派軍官可以請求派一支強大的騎兵護衛隊掩護其偵察行動。