第三，從各種備選方案中選出最合適的方案。這一點與第二條相聯係。擬定出盡可能周全的方案不是問題的結束，而是為了從中選出最為合適的方案。從另一個角度講，各種備選方案並非都是可實行的方案，哪一個預選方案可以實行就依賴於對預選方案進行價值分析、效益分析、可行性分析、風險度(可靠性和可信度)分析等。隻有通過這樣的分析，方可判斷出諸方案的優劣好壞來。當然，判斷的標準不一樣，也會得出不同的結論。
選擇方案的具體方法有若幹個。其中，有一類叫做"經驗判斷法"，它通過對各種預選方案進行直觀的比較，按一定的價值標準從優到劣進行排隊，對全部方案篩選一遍，把達不到標準的方案淘汰掉，逐漸縮小選擇的範圍，最後確定出最合適的方案。這類方法需要充分運用類比、歸納等傳統邏輯方法，在情況較為複雜時，往往還需要用係統思維的方法，從全局和整體著眼來決定方案的取舍。
另一類選擇最為合適的方案的方法就是思維的"求同"和"求異"方法。所謂思維的求異活動，就是要比較和看出諸方案的差異，要求自己和鼓勵別人從不同角度、不同要求、不同場合、不同結果對已製定的方案提出不同的看法，以"兼聽則明"的態度從各種不同的意見中吸取可取之處，並利用不同的意見啟發自己更加深入地思考，從中往往又可能產生出決策的另一方案，以此保證方案的科學性、可靠性和嚴密性。這種選擇方案的過程又稱"逆向決策"或"反向決策"。所謂思維的求同活動，就是要利用相同的標準和準則，對諸方案從戰略到戰術、從客觀到主觀、從宏觀到微觀、從全局到局部、從目標到方法、從經濟價值到社會效果和人文價值等方麵進行全麵的比較和周密的論證，經過同樣的標準進行權衡利弊、綜合分析之後，作出最後取舍。
數學的方法、定量思維的方法也是選擇最合適方案的方法。但是，上述幾種方法隻適用於我們日常思維和行為中。在對複雜事物如氣象預測、軍事國防、海洋捕魚、經濟競爭、大型產品的設計等等製定對策時，僅僅靠我們的大腦進行思維、靠我們的雙手以筆或小型計算器進行計算是不夠用的，必須借助於大型數學模型，設計科學的計算機程序，運用電子計算機進行設計、比較和篩選方案。例如，海灣戰爭中多國部隊戰略、戰術的製定。戰爭中涉及到許多因素，有許多的自變量和因變量，己方的力量配置、配合，敵方的力量配置、分布，武器的性能、人員的素質、地理地形、天氣氣候、各種情報的對錯......，其中，有許多資料還是靠偵察獲得的，準確性並非百分之百。在這種有許多國家參加的陸、海、空協同作戰中，僅上麵例舉的部分因素就可以形成幾十上百種可能的方案，實際情況就更為複雜、多變。所以，在對作戰方案的製定和選擇上就必須運用現代科學儀器。
現代經理不一定懂得現代科學，也沒必要非得懂得現代科技不可，但是，現代經理一定要有一群懂得並會運用現代科技的智囊人物，現代經理也一定要重視通過博弈方法而獲得結論，把博弈方法同領導活動結合起來。
以上例舉的是幾種科學思維方法。這些方法是以自然科學為依據、以現代科技為手段，具有較高的準確性和科學性，但若不具備一定自然科學知識，運用起來就較為困難。為此，就要求現代經理們重視科學、學習科學、應用科學，從而最終為領導活動服務。