韓非子此文的主旨，是抒發作者對“重人”即奴隸主貴族擅權的憤怒。在文章中韓非懷著孤獨之感，抒發了自己對現實的憤慨之情，反映了當時嚴重的政治現實與法術之士的艱難生存環境。文章無情地揭露了奴隸主貴族專橫跋扈、結黨營私，大肆培植私門勢力的種種罪行，強烈地抗議當權者對“智術之士”“能法之士”即法家人士采取公開鎮壓和陰謀暗殺的血腥政策，申訴了法家在極端不利的情況下進行抗爭的艱難處境。
該文的後半篇，強調了中央集權的地主階級專政的必要性，指出如果讓鑽進封建國家政權中的奴隸主貴族竊取了權力，那就必然會造成“主上卑而大臣重”，“國家危削，主上勞辱”，其結果便會亡國。由於韓非看不到勞動人民的力量，他總是感到勢孤力薄。但是韓非並不氣餒，他以“不可兩存之仇”的氣概堅持鬥爭，對鬥爭的前景充滿必勝的信心。
《孤憤》在最後從君臣之間的利害關係入手，提醒君主“臣主之利相與異者也”。所以君主不可不防臣下“譎主便私”，以避免“主失勢而臣得國”的結局。這種告誡，語重心長，因此秦王嬴政（後之秦始皇）讀了之後，讚歎不絕。就先秦政論文章來說，《孤憤》和《說難》是一流的，秦始皇也算衡文有術，頗有眼光。
司馬遷《報任安書》中關於“發憤著書”的這段話，一連舉了七件事來證明他的論點，“韓非囚秦，《說難》《孤憤》”也在其中，這說明司馬遷也認為《說難》《孤憤》是韓非的代表作，至少是《韓非子》中的兩篇重要著作。
司馬遷認為包括韓非在內的許多著作家都是由於遭遇不幸，受到社會的迫害和壓抑，有“道”難通，有誌難申，為了表達意見，化解鬱結，抒發怨憤，才著書立說，以留傳後世的。“意有所鬱結，不得通其道”，深刻揭露了封建社會對人的迫害，而發憤著書正是對迫害的不滿與反抗。正因為如此，其著作必然強烈表現出不滿現實、批判現實的精神，在不同程度上揭露了社會政治的黑暗。“發憤著書”的人心中滿懷鬱憤，由鬱憤而產生無窮力量，這力量激勵他們不辭艱辛地堅持著述，從而寫出不朽的著作。司馬遷的“發憤著書”思想，對封建社會中進步作家具有重要的啟示和鼓舞作用，對後代文學理論產生深刻的影響。
毛澤東將這個思想借用過來，在這裏談的是“錯誤處理幹部”也會讓他們受到鍛煉，學到知識，也有相通之處。從1949年和1962年的兩次引述當中，可以看出毛澤東對韓非等人不幸遭遇的深切同情，以及對他們飽經磨難仍然創作了不朽的傳世之作的讚許。
當然，毛澤東引述韓非等古人的事跡，不是簡單地為了發思古之幽情，而是為了解決現實問題。20世紀50年代後期以來，“反右派”“大躍進”反右傾等各種運動，不少人確實是“上級領導者對他們作了錯誤處理”。而黨中央決心召開這次“七千人大會”，其中一個目的就是要糾正這些錯誤。毛澤東稱“七千人大會”為“出氣會”，而且率先作自我批評，承擔責任，誠懇糾正中央的一些錯誤做法。在這樣莊重的會議上，引古論今，現身說法，並上升到理論高度，從社會曆史發展的角度論述這種錯誤處理的事實，“在階級社會”中“多得很”，即使“在社會主義社會，也在所難免”。就這樣，毛澤東以領袖人物的負責態度和哲學家聰明睿智的思考，闡明了受到錯誤處理，可以鍛煉意誌，即使受到錯誤處理的同誌“出出氣”，又教育了廣大幹部群眾。以後，毛澤東在不同場合，又多次表述了他的這個見解。“七千人大會”的目的之一，就是發揚民主，讓“孤憤”者“說”之不難也！