在深町晶震驚的目光下，時間繼續推進。44億年前，地球迎來了古生代第三個紀元--誌留紀。降臨者們通過神秘的手段引發了強烈的地殼運動，古大西洋閉合，一些板塊間發生碰撞，導致一些地槽褶皺升起，古地理麵貌巨變，大陸麵積顯著擴大，生物界也發生了巨大的演變，這一切都標誌著地殼曆史發展到了轉折時期。
海洋中海生無脊椎動物在誌留紀時仍占重要地位，但各門類的種屬更替和內部組分都有所變化。如筆石動物保留了雙筆石類，新興的單筆石類也很繁盛；腕足動物內部的構造變得比較複雜，如五房貝目、石燕貝目、嘴貝目得到了發展；軟體動物中頭足綱、鸚鵡螺類顯著減少，而雙殼綱、腹足綱則逐步發展；三葉蟲開始衰退，但蛛形目和介形目大量發展；節肢動物中的板足鱟，也稱“海蠍”在晚誌留世海洋中廣泛分布；珊瑚綱進一步繁盛；棘皮動物中海林檎類大減，海百合類在誌留紀大量出現。脊椎動物中，無頜類進一步發展，有頜的盾皮魚類和棘魚類出現，這在脊椎動物的演化上是一重大事件，魚類開始征服水域，直殼鸚鵡螺出現了新的競爭者--廣翅鱟。
陸地上，蕨類植物開始出現，一些海洋生物開始向陸上發展，如布龍度蠍子。
4億-5億年前，是為泥盆紀。這一時期是地球生物界發生巨大變革的時期，由海洋向陸地大規模進軍是這一時期最突出、最重要的生物演化事件。
首先，脊椎動物進入飛躍發展時期，各種魚類空前繁盛，有頜類、甲胄魚數量和種類增多，現代魚類——硬骨魚開始發展。其中最為著名的當屬鄧氏魚，最大個體身體長約8米、重量可達噸，可輕易捕食鯊魚。因此，泥盆紀常被稱為“魚類時代”。在泥盆紀晚期，由魚類進化而來的兩棲類登上陸地，標誌著脊椎動物開始了脫離水體並最終征服陸地的演化曆程。其次，陸生植物裸蕨在陸地上完全站穩了腳根，並且，它們的三支後代石鬆類、楔葉類和真蕨類開始大發展，到泥盆晚期，出現了許多這類植物構成的成片森林，大地真正地披上了綠裝。植物的成功登陸，使荒漠的大陸變成綠洲，標誌著植物的發展在泥盆紀進入了新的階段。另外，泥盆紀中晚期的陸地上還出現了最早的裸子植物，但直到二疊紀晚期它們才成為陸地植物的主角。
為了促使地球生物盡快向陸地發展，降臨者在泥盆紀晚期再次出手幹預，主導第二次物種大滅絕，或稱為晚泥盆紀大滅絕。在這一事件中，8%海洋物種遭到滅絕。
自泥盆紀後，降臨者開始將目光放到了陸上，5億-9億年前石炭紀正式登場。石炭紀早期陸地麵積不斷增加，陸生生物空前發展。當時氣候溫暖、濕潤，沼澤遍布。大陸上出現了大規模的蕨類森林，給煤的形成創造了有利條件。大規模的森林釋放出大量氧氣，導致當時的氧氣含量超過了45%。這一現象導致了陸上的個體都向著巨型化發展，體長三米的馬陸，翅展兩米的蜻蜓在蕨類森林中隨處可見。