然而這時發生了一件讓降臨者始料未及的事情。自從泥盆紀開始，各種植物在陸地上繁育已經超過一億年了，無數植物遺留下來的枝葉在地麵上形成了超過0米厚的煤炭層。某，地底的熔岩燒穿了地殼引燃了煤層，一場席卷全大陸的超級大火開始蔓延。這場浩劫足足持續了近40年，隨後大火造成的有毒氣體和煙塵擴散開來，遮住了陽光，未在火災中死去的物種再次大批死亡。。。
距煤炭層燃燒過去了5萬年，滅絕事件基本結束。在這場災難中，兩棲動物受到重創，而引螈奇跡般的存活了下來。節肢動物可就沒那麼好運了，巨馬陸、巨脈蜻蜓、巨獨角仙、巨蜚蠊等動物都滅絕了，巨型昆蟲的時代結束了。在這場災難中，受益最大的就是哺乳動物、鳥類、爬行動物的直係祖先——原蜥。它們的種群在這次災難中發展壯大，在接下來的數百萬年進化出許多不同的物種。海洋動物中，三葉蟲受到了重創，並在下一次物種大滅絕事件中消亡。這就是造成46%物種滅絕的物種大滅絕——石炭紀燃煤事件。
古生代最後一個紀元是二疊紀，開始於9億年前，結束於5億年前。經過四千萬年的發展，地球生物早已恢複了元氣。降臨者在石炭紀燃煤事件中看中了爬行動物的潛力，然而占據當時生物鏈頂級地位的霸主是哺乳動物的祖先，如麗齒獸麗，齒獸身長約5米，體重約00千克。麗齒獸第一種長出犬齒的動物，它的犬齒長達9厘米，鋒利異常，且帶有鋸齒，奔跑時速達到100千米。而且它們的腦容量很大，成群活動。
為了給他們看好的爬行動物騰出生存空間，降臨者在西伯利亞地區引爆了地殼。一個直徑五十公裏的直通地幔的巨大缺口出現在地球上，這個超級火山一直噴發了數萬年之久。流動著的岩漿覆蓋了整個歐亞板塊，並煮沸了海洋。這一時間內空氣的濕度一直保持在80%以上。而隨著熔岩一起噴發出來的火山灰再次遮蔽了太陽，使地球陷入了40萬年的漫漫長夜。
二疊紀末發生的有史以來最嚴重的大滅絕事件，估計地球上有96%的物種滅絕，其中95%的海洋生物和75%的陸地脊椎動物滅絕。三葉蟲、海蠍以及重要珊瑚類群全部消失。陸棲的單弓類群動物和許多爬行類群也滅絕了。這次大滅絕使得占領海洋近億年的主要生物從此衰敗並消失，讓位於新生物種類，生態係統也獲得了一次最徹底的更新，為恐龍類等爬行類動物的進化鋪平了道路。