左夢庚在宋文海的追擊下，倉惶逃回九江，清點兵馬，發現許多軍頭帶著自己的手下不告而別，令左夢庚即憤怒又無可奈何，這些人本來就是一群牆頭草，左良玉還在時，明麵上還能壓製。
如今左良玉不在了，左夢庚又與朝廷的水師交戰失利，並且朝廷的大軍很快就會到來圍剿，這些人可不會為左夢庚陪葬，便趁亂各自帶著麾下的人馬腳底抹油開溜。離開目前在朝廷掛上號的左夢庚。而左夢庚回到九江後，由於沒有了左良玉的約束，便開始放縱自己，天天花天酒地，日子倒也過得遐逸。
一個月後，秦瓊、李岩率大軍二十萬與李靖的三十萬大軍合圍左夢庚於九江，左夢庚在李國英，盧光祖，金聲恒，徐勇等人的勸說下率領二十三位總兵官出城投降。
宋師道得到消息後，命令秦瓊、李岩帶著左夢庚以及李國英，盧光祖，金聲恒，徐勇等二十三個總兵官返回燕京，左夢庚麾下的大軍由李靖進行整編。
李靖踢出老弱，挑選出五萬人馬，加入朝廷的軍隊，其餘數十萬人其實其中都是沿途裹挾的民眾，投降的農民軍，還有各種家屬，工匠等等。真正能打仗的部隊，其實很少。所以幾十萬人，李靖才挑選出五萬。
工匠分門別類進入各個工坊，農民發放糧食、土地，重新變成農民務農，李靖忙活了近一個月才處理好這些雜事。隨後水路並進，兵發福建。
鄭芝龍此時的船隊裏包括漢人、倭人、朝鮮人、南島語族、非洲黑人等各色人種，能戰之士高達二十萬，擁有超過三千艘大大小小的船隻，成為華東與華南海洋世界的霸主。
但是當鄭芝龍得知朝廷三桅戰船、五桅戰船、七桅戰船上麵裝備的新式火炮犀利異常，威力驚人，比自己戰船上裝備的火炮射程更遠，威力更大，且兵力達到恐怖的三十五萬，是自己的近一倍，自己的人馬很可能不是對手，並且鄭芝龍本人已年到中年，他也失去了雄心壯誌，便率部投降。
宋師道得知消息後大喜，加封鄭芝龍為南安侯，並請鄭芝龍到京城為官，讓鄭芝龍的船隊與宋文海的艦隊合並，並任命鄭成功為艦隊的副帥。至此整個江南平定，人民開始安居樂業。
隨著江南，江北的平定，整個大明也步入正常的軌道，傅天仇等人上書，國不可一日無君，奏請早日確立新君，以安民心。宋師道與眾人經過多次磋商，妥協。最終決定立長平公主朱媺娖為帝，宋師道為攝政王，總領全國的軍政要務。
傅天仇為丞相掌管政務，李靖為軍機大臣掌管軍務，秦瓊為全國兵馬大元帥，裴行儼為上將執掌十萬禁衛軍，趙雲為上將執掌北部邊境的四十萬大軍，宋文海為上將執掌大明海軍。
經過一年多的全力發展和恢複，以及海上貿易的蓬勃發展，運回了大量的糧食，金銀。千瘡百孔的大明朝恢複了一點元氣，百姓也脫離了食不果腹的窘地。大明皇帝朱媺娖也順利的誕下一子宋誌明，百天後就被立為太子。
冬去春來，隨著新明朝境內的平定，徹底解決北地邊患也被提上了日程，四月初六，攝政王宋師道親自率領大軍三十萬，從山海關出發向滿清的老巢盛京發起了進攻。而宋文海和鄭成功則率領十萬海軍從北海登陸，兩路大軍水路並進直逼盛京。
兵馬大元帥秦瓊秦叔寶統領八萬騎兵，十七萬步兵共計二十五萬大軍。隨行將領有上將趙雲趙子龍、中將史可法、中將黃公輔、中將閻應元、少將李來亨、少將堵胤錫、少將李定國（原張獻忠部下）、少將張煌言、以及大校李國英、大校盧光祖、大校金生恒、大校徐勇、大校水鑒等等數十員大校。