崇禎二年（1629）十月，後金鐵騎第一次入塞，威脅北京。袁崇煥入衛京師，被逮，次年被殺。
崇禎二年（1629）除夕，三公主出生於北京紫禁城後官。當日，父親朱由檢得古玉昆侖玦一枚，為她取名為朱媺玉。母親以懷玉為其乳名，人稱懷玉公主。
崇禎三年（1630）五月，後金軍返遼東。十二月，再加派遼餉153萬餘兩，共計680萬餘兩。
崇禎四年（1631）八月，清軍圍攻遼東前線重鎮大淩河，十月城降。
崇禎五年（1632）八月，皇三子朱慈炯生，後封定王。
崇禎六年（1633）六月，皇四子朱慈煥生，後封永王。
崇禎七年（1634）七月，後金軍第二次入塞，蹂躪宣府、大同一帶。十一月，陳奇瑜以剿撫無效罷職逮治，改任洪承疇為五省總督。
崇禎八年（1635）正月，農民軍克鳳陽，掘皇陵。明廷調集各省精兵7萬餘在中原進行會剿。
崇禎九年（1636）四月，皇太極即皇帝位，建國號大清，改元崇德。七月，清軍第三次入塞，攻掠京畿地區。九月返回。
崇禎十年（1637）年初，相繼發生告複社“敗壞風俗”、“以亂天下”的事件。三月，楊嗣昌出任兵部尚書，提出“十麵張網”的對農民軍作戰計劃。
崇禎十一年（1638）九月，清軍第四次入塞，掃蕩畿南、山東。陷真定、廣平、順德、大名等地。大學士孫承宗殉職，盧象升在巨鹿陣亡，京師戒嚴。兩麵受敵的明朝，不得不從西線把主帥洪承疇調來，與孫傳庭率軍入衛。
同年，李自成部遭明軍圍剿，損失慘重，僅餘十八人。陝西省延安市富縣太平村發現的《李自成家譜》表明，李自成是西夏國王李元昊的後代，係黨項族。
崇禎十二年（1639）正月，清軍克濟南，擄德王。五月，張獻忠、羅汝才在穀城、房縣再度起義。七月，農民軍在羅猴山大敗明軍左良玉等部。
崇禎十三年（1640）二月，張獻忠在瑪瑙山受到重創。秋，張獻忠、羅汝才部四川，攻克大批州、縣。同年，清軍攻錦州及寧遠，洪承疇派兵出援，敗於塔山、杏山。
崇禎十四年（1641）正月，李自成部複振，攻克洛陽，殺福王。張獻忠部出川，二月克襄陽，殺襄王。同年春，清軍對錦州實行包圍，明廷調集13萬大軍出山海關救援。
為挽救遼東危局，明廷遣洪承疇領精銳十三萬集結寧遠。三月，皇太極發大兵圍攻錦州，采取長期圍困方針，勢在必克。八月，皇太極切斷明軍糧道和歸路，洪承疇主張決一死戰，而各部總兵官主張南撤，最後集議背山突圍。遭到伏擊，十三萬精銳土崩瓦解，先後被斬殺者五萬三千多人，自相踐踏及赴海而死者無計其數。洪承疇帶領殘兵萬餘人，被清軍圍困於鬆山，餉援皆絕。
崇禎十五年（1642）新年，揖拜閣臣，再圖振興。二月，李自成部在襄城大敗明軍，殺陝西總督汪喬年。
這時，鬆山戰場被圍已有半年，城中糧食殆盡。鬆山副將夏承德叩請清軍，用兒子夏舒做人質約降。三月，清軍夜攻，鬆山城破，洪承疇被俘，總兵曹變蛟被殺。
鬆山兵敗，舉朝大震，崇禎皇帝極為痛悼，輟朝三日，以王侯規格親自致祭，以一篇《悼洪經略文》明昭天下。七日一壇，祭到第九壇時，有消息稱洪承疇已經降清，禦祭始罷。
崇禎十五年（1642）七月，皇貴妃田氏病故。九月，黃河堤潰，開封被水衝毀。十月，李自成在郟縣大敗明陝西總督孫傳庭部。十一月，清軍第五次入塞，深入山東，俘獲人口36萬多。
同年春，田遇弘獻陳園園於崇禎，伴隨藝伎八人和舞伎六十四人。皇貴妃田氏病故後被崇禎退回田府。留祁英於冷宮照顧懷玉公主起居與學習。