崇禎十六年（1643）年初，李自成在襄陽建立政權。民謠：殺牛羊，備酒漿，開了城門迎闖王，闖往來時不納糧。二月，京師瘟疫流行。五月，張獻忠部克武昌，殺楚王，正式建立政權。八月，清太宗皇太極病故，幼子福臨繼位，改明年為順治元年。十月，李自成攻克潼關，孫傳庭戰死。農民軍相繼攻克西安及陝西全省。
崇禎十七年（1644）正月初一日，李自成在西安稱帝，建國號“大順”。隨即分兵兩路向北京進軍。三月，李自成部兵臨北京城下。
三月十七日半夜，守城太監曹化淳率先打開外城西側的廣甯門。三月十九日清晨，兵部尚書張縉彥主動打開正陽門，迎劉宗敏率軍，崇禎皇帝在景山自縊。二十七日，大順軍開始拷掠明官，四處抄家。劉宗敏製作了五千具夾棍，木皆生棱，用釘相連，夾人之後無不骨碎。凡拷夾百官，大抵家資萬金者。數稍不滿，再行嚴比，夾打炮烙，備極慘毒，不死不休，死者有1600餘人。
懷玉公主隨祁英出宮，南下避難。五月，到留都金陵，隱身於玉荷園。
同行的楊宛與田妃之妹田淑英死於途中。
順治元年（1644）五月，明朝留都官僚擁立福王朱由崧為帝，建立南明弘光政權。不久，腐敗的弘光政權就黨爭不斷，內訌不已，到處搜刮掠奪，禍國殃民。
順治元年（1644）十月，清廷以豫親王多鐸為定國大將軍，率兩萬騎兵征討南明。不久，因陝西李自成大順軍日熾，多鐸奉命轉兵西征，從而給弘光政權以喘息之機。十一月，史可法籌劃淮河防禦，先後數十次上疏，但南明朝廷上下醉生夢死，不予重視，失去了寶貴的時機。
順治二年（1645）正月，清軍攻破潼關擊敗大順軍。三月，駐武昌之寧南侯左良玉以“清君側”之名，率部東下。弘光政權急調黃得功部赴長江抵禦。清軍乘機趨徐州，南明總兵李成棟登舟南遁，清軍遂連陷潁州、亳州和碭山。四月初九，占領徐州。
順治二年（1645）四月十八日，南明降將李成棟引清軍包圍揚州城，史可法急檄各鎮赴援，無一前來。二十五日，清軍急攻破城，史可法被俘，不屈就義。其殘部和百姓繼續巷戰，直至矢盡人亡。清軍屠城十日，其暴行慘狀駭人聽聞：“諸婦女長索係頸，累累如貫珠，一步一跌，遍身泥土。滿地嬰兒，或襯馬蹄，或藉人足，肝腦塗地，泣聲盈野……”或“遇一卒至，南人無論多寡，皆垂首匍匐，引頸受刃，無一敢逃者。”
順治二年（1645）五月初八日，清軍乘大霧夜渡長江，次日克鎮江。南明沿江守軍皆潰。十四日，清軍自鎮江南下丹陽，西趨句容，直抵南京城下，南明遣臣迎降。二十二日，清軍俘獲逃奔蕪湖的弘光帝朱由崧。
順治二年（1645）六月初五日，清廷令江南各處軍民盡皆剃發，並繼續撫剿江南未下城邑。清軍自常州、無錫直取蘇州，十三日進入杭州。清廷的剃發令促使民族矛盾激化，江南各地軍民紛紛起兵抗清，其中最著名者為嘉定、江陰二城。十七日，嘉定城民在黃淳耀、侯峒曾等領導下，堅守孤城，抗擊清兵。至七月初四日李成棟引清軍破城。江陰人民在閻應元等指揮下，自閏六月初一日至八月二十一日，守城81天，先後挫敗24萬清軍的進攻。九月二十一日，清廷於江寧設駐防將軍，派兵部尚書洪承疇經略江南，以漢治漢，招撫江南各省。
中秋之後，英姐結識了江寧總兵手下的遒豐將軍。抗清英雄，兵部尚書陳子龍兵敗泖湖，藏身於玉荷園。
順治三年（1646）春，陳子龍離開英姐之後，率白腰黨聚眾千餘，結營太湖。他們出入無常，連攻嘉善，並在吳江汾湖大敗清軍。