康熙之後，清朝政府是禁止主教公開傳教的，但他們在北京的教堂還存在，神父也沒有驅趕，因為皇帝都需要這些傳教士的專業知識，圓明園裏的西式建築可不是當地工匠憑空弄出來的。
公開傳教一律禁止，可秘密傳教是少不了的，從閩粵沿海，到川陝腹地，都有傳教士秘密傳教，甘肅的中國神父甚至可以去意大利學習，主教編織的秘密宗教渠道，覆蓋範圍機器廣泛。
乾隆十一年，也因此發生了類似朝鮮的那種教案，在福建，方濟各神父被逮捕然後勒死於獄中；若亞敬神父在閩縣監獄，以石灰塞住五官，使其窒息而死；費（若望）、施（方濟各）二神父則同被絞死於獄中。在江蘇昭文等地，亦查獲了秘密傳布主教的意大利人談方濟和葡萄牙人王安多尼。皇帝密諭令其瘐斃。
中國本地神父被發現後殺害的更多。
這些宗教力量，在滿清王朝得不到支持，現在改朝換代了，他們也是第一批尋求周琅支持的力量。
北京的主教、俄國東正教，都派人來拜見過周琅，請求準許他們自由傳教。
從思想上來，周琅對這個並不在乎，我又不是你爹，我管你信什麼呢！但從政治角度考慮，他必須給與一定的限製。可政治是永遠無法打死宗教的，滿清那麼狠，傳教士依然遍及中國，上海的主教徒從明末一直秘密活動，堅持到了鴉片戰爭之後。
打擊他們，隻能讓他們的活動從地麵轉移到地下，事實還是存在的。
所以周琅對傳教士表示，他原則上不反對宗教信仰，也同意傳教士們提出的，允許他們購地自建教堂的請求，但給他們劃了一條線，隻能局限於已經開放的城市，禁止他們進入內地尤其是鄉村傳教。
至於因此西方宗教會在城市中擴散，周琅並不擔心，這些又不是什麼反叛組織，正規的宗教是不會反對政治的，白蓮教才會。而且相比那些巫婆神漢來，正規宗教更有進步意義。
隻是周琅對本土宗教有些恨鐵不成鋼，西方宗教可以跨越大半個地球，從歐洲跑到中國來傳教，怎麼中國的佛道儒就不能走出去，不能去衝擊西方人的思想，給他們製造混亂？
儒教不用了，這就不是一個熱衷於傳播的宗教，甚至隻是一個帶有宗教性質的學術流派罷了，孔子應該算是教師的祖宗，可教師行業在中國的地位太高了，壟斷了政治權力。
佛教已經墮落到一個個和尚隻知道香火錢，世俗到了寺廟成為藏汙納垢之所，如果每一個和尚都是苦行僧，保持著唐僧時代的那種精神，沒準能夠走出去。
道教推崇的是閑雲野鶴的思想，你愛信不信，老子高高在上。
但西方宗教，卻用更高級的管理和組織能力進行擴張，他辦學校，辦醫院，通過更嚴密的組織形式來進行傳教，效率上自然比中國宗教要高。
當然中國傳統宗教的沒落，跟他們過於追逐政治的支持有關，儒釋道基本行都被政府收編了，儒教不用了，曆代王朝沒有不厚待孔家的，道教也通過冊封師的方法拉攏到政府一邊，隻有一個佛教比較貼近老百姓，但已經世俗化了。依托廣大信徒的資源，和尚們兼任著商人、地主等等角色，就是不肯苦行僧一般的傳教。
中國自古以來就是一個政權大於神權的國家，已經打壓了宗教幾千前，周琅毫不擔心主教的傳播會顛覆他的政權，改變中國政權的強勢地位。
擔心的不過是傳播的過程中，跟傳統勢力發生衝突，然後帶來巨大的混亂，比如神父深入鄉村，有可能被信仰當地宗教的百姓打死，等到主教信徒躲起來之後，就成了了兩撥信徒之間的械鬥，這些情況清末都曾經出現過。
因此周琅拒絕神父們去鄉村傳教。但這對主教來，已經是一個巨大的進展，他們紛紛表達對周琅的感謝。當然對他們試圖遊周琅接受洗禮的舉動，周琅果斷拒絕了。而又不需要二鬼子身份，獲得西方國家的政治保護。他是要站起來跟西方人正麵爭奪的，工業革命之前的中國，還是有這個力量的。
所以周琅對朝鮮的教案沒有進行問罪，但還是提了出來，對朝鮮官府擅自殺害中國人的行為進行了當堂質問，使者大汗淋漓，朝鮮皇帝剛剛繼位，朝政混亂，如果中國當真要對朝鮮問罪的話，對朝鮮恐怕是一個巨大的災難。