王安石這時才明白，這一段時間裏，朝中的風風雨雨竟從兒子這裏刮起。也終於知道了自己和呂惠卿交惡的緣由。他說道：“如此作派豈是君子所為？呂惠卿上章自辯也還罷了，皇上作如何想？你叫為父何以為人，何以為政？”
王安石因惱怒和不滿，說這番話時固然有點嚴厲，臉色也不好看。這是從來沒有過的事。王雱知道父親是真生氣了，自己此事弄巧成拙，暴露於天下，果然要有損父親的聲譽。他說道：“兒子知錯了，追悔莫及，任憑爹爹責罰。”
王安石看看王雱，見兒子愧悔莫及的樣子，又見他身體越形瘦弱，終日拐棍為伴，受著病腿的折磨，又不能履職視事，如何還能責罰？即便開口責備也覺不忍。他輕歎一聲，說道：“病腿見好了點嗎？你去吧，好生歇息。”
王雱回到書房，心裏充斥著忿恨和內疚。對呂惠卿的忿恨，和對自己的忿恨。對父親則深感內疚。父親是他心目中的完人，是繼孔子和孟子以後的完人。這倒好，原本是一棍擊向呂惠卿，卻反擊在了父親的身上。或者說，一盆髒水潑在了父親的身上。他柱著拐棍站在書房裏。他想事，腦子裏一片渾沌。他沒有想到事情會弄成這樣，更沒想到一向自負聰明絕頂竟犯了這樣一個低級錯誤。
“何以如此？”他問自己。
“何以如此？”他大聲叫著問蒼天。他雙手上舉，仰臉向上，仿佛是要蒼天作出解釋。拐棍離開腋下倒落地上，那隻病腿一著力，瘡口迸裂，一陣肌膚撕裂的劇痛，他大叫一聲，倒在地上。
熙寧九年的夏天，與往年沒有什麼不同，一樣有驕陽藍天和驚雷暴雨，但所發生的故事實在令人扼腕。就新法的施行而言，如果把趙頊作為後台支持，王安石和呂惠卿便可視作正、副司令。他們曾經互相攙撫著度過艱難的歲月，走上漫長的改革之路。他們終於交惡了，還搭上王雱的一條命。王雱腿上的壞疽本已無法治癒，但好好保養也不至於有生命之慮。他瘡口迸裂，又過於憂忿，壞血進入動脈，便是遍請京都名醫，也是回天乏術。王雱在床上躺到第五天被一命鳴呼了，時年三十三歲。
趙頊倒是很器重王雱的，王雱病倒，給王安石特假，令在家撫視。王雱死後，又贈以左諫議大夫，手詔命上王雱所撰論語、孟子義。一個鮮活的生命消逝了，趙頊的封贈，與其說是告慰死者，不如說是告慰生者了。趙頊要王安石在王雱“斷七”後回中書視事，王安石卻是上表辭相。王雱的死令他傷心欲絕。王雱的靈柩也由小弟王安上先運回金陵。他不願再待在京師了，他要去金陵陪伴兒子，守護著兒子的亡靈。
一直遷延到熙寧九年的十月，王安石才以鎮南軍節度使、同平章事判江寧府。樞密使、工部侍郎吳充以前官平章事、監修國史(史館相)，禮部侍郎、參知政事王珪以前官平章事、集賢殿大學士(集賢相)，資政殿學士、右諫議大夫、知成都府馮京為給事中、知樞密院事。元絳已為參知政事，王韶依舊是樞密院副使。從此，政局進入了後王安石時代。趙頊以吳充任首相的原因，是吳充身為王安石親家，但從不阿附王安石。馮京回京主樞密院的原因，也是在中書曾多異論，亦即不阿附王安石。趙頊用此兩人一個主政，一個主軍，對於今後政局的走向，給了人們更多的揣測。