司馬睿是遠支宗藩出身,本來皇位跟他完全無緣,但是因為晉室內亂,殺到最後他反而成了血脈最近的了,他一生畏首畏尾,除了依靠琅琊王氏在江東為晉王朝續命外也沒有什麼大政績,在中國曆史上,司馬睿隻得算一個庸碌的帝王。
司馬睿死後,時年二十四歲的皇太子司馬紹繼位,改元太寧,是為晉明帝。王敦對這個年輕的皇帝自然不放在眼裏,所以有了篡位之心,他先暗示司馬紹趕緊下詔征召自己回建康(王敦攻入建康不久又返回老巢武昌去了),司馬紹示之以若,親自手寫詔書,於是王敦移師到姑孰(安徽當塗)。對於王敦想要篡位之事在王家內部沒有得到統一的意見,王導對此事一直不聞不問,依舊隻作自己的事情,他們的堂弟王彬就曾力勸王敦不要做這毀滅家族的事,而王含等人積極的支持王敦。
眼看著王敦就要做出背主弑君的行為了,但是他的身體卻出了大問題,於是屬下的人問王敦如果一旦他死了是否繼續擁戴他的兒子?王敦則認為自己的兒子太年輕做不了謀反的事情,所以給了屬下三個選擇,上策是放歸部隊於朝廷,中策是退守武昌擁兵自重,下策是起兵造反。屬下們個個都想有擁立之功,於是準備選擇王敦的弟弟王含行駛下策。。
但是此時司馬紹開始發起反擊,首先他派人探視王敦以探查他的軍情,然後調集軍隊駐守建康。同時他還拉攏了王導,他也沒叫王導做什麼,隻是讓王導帶著子侄為王敦發喪。眾人見到王導發喪以為王敦已死,士氣立刻大振。王敦知道後差點真的就氣死了,於是讓王含領兵進攻建康,司馬紹禦駕親征,大破王含軍隊。王敦得知王含兵敗後還想親自上陣,但是實在爬不起來了,隻得派錢鳳領兵上陣,被司馬紹打的節節敗退。就在這不斷的失敗中,太寧二年(4年)王敦終於死了,他死後還被砍下頭顱懸掛在建康城上,而王家因為王導等人沒有幫助王敦叛亂,司馬紹也沒有深究王家的責任,而且還繼續任用王導為丞相。
王敦死後,追隨他造反的部下和同夥們相繼被朝廷撲滅,逼死晉元帝的王敦之亂終於結束。但是這期間東晉政府集中應對內亂,而使得北方很多土地被後趙石勒所搶奪,而且蘇峻等人也因平叛有功逐漸勢大,以至於引發了後來的蘇峻之亂。總之,東晉朝廷雖然平息了此次叛亂,但是沒有解決任何根本問題,外患依舊,內部依舊是世家大族把持朝政,王敦之後的空白立刻就有其他的士族填補上,東晉還是那個風雨飄搖的嚴峻形勢。