永平十八年八月壬子，漢孝章帝即位，年十九。時，焉耆、龜茲攻歿西域都護陳睦，班超在疏勒國孤立無援，而龜茲、姑墨數發兵攻疏勒。班超守盤橐城，與疏勒王忠為首尾，士吏單少，拒守年餘。孝章帝初即位，以陳睦新沒，恐班超單危不能自立，下詔征超還。班超令官屬準備行裝還，疏勒舉國憂恐，其都尉黎弇對班超說：“漢使棄我，我必複為龜茲所滅耳。誠不忍見漢使去。”因以刀自刎。班超還至於窴，王侯以下皆號泣說：“依漢使如父母，誠不可去。”互抱超馬腳，班超不得行。班超恐於窴終不聽其東，又欲遂本誌，乃更還疏勒國。疏勒兩城自超去後，複降龜茲，而與龜茲尉頭連兵。班超乃率隨從和疏勒兵馬捕斬反者，龜茲尉頭帶數千眾來擊班超，班超首先陷戰，格殺龜茲尉頭，複殺數十人，敵軍大潰，班超軍殺敵六百餘人，疏勒複安。戊己校尉關寵數告急，孝章帝乃詔公卿會議，司空第五倫說：“現漢國喪，動兵馬不利於國家，不宜救。司徒鮑昱怒說：“國喪不能動兵乃迷信，今使人於危難之地，急而棄之，外則縱蠻夷之暴，內則傷死難之臣。誠令權時後無邊事可也，匈奴如複犯塞為寇，陛下將何以使將？又二部兵人裁各數十，匈奴圍之，曆旬不下，此乃強弩之末不能穿魯縞也。可令敦煌、酒泉太守各將精騎二千，多其幡幟，倍道兼行，以赴其急。匈奴疲極之兵，必不敢當，四十日間，足還入塞。”孝章帝然之。乃遣征西將軍耿秉屯酒泉，行太守事；遣秦彭與謁者王蒙、皇甫援發張掖、酒泉、敦煌三郡及鄯善兵，合七千餘人，建初元年正月，會柳中擊車師，攻交河城，秦彭與王蒙、皇甫援率軍來到柳中城，柳中城已被匈奴兵占領，匈奴兵正在柳中城開慶功宴、大酒大肉，突聞漢大軍殺到，大亂，秦彭領軍狂擊，匈奴兵敗退交河城，秦彭等再攻交河城，匈奴不能抵擋，漢軍斬首三千八百級，獲生口三千餘人，駝、驢、馬、牛、羊三萬七千頭，北虜驚走，車師複降。王蒙等聞關寵已歿，想：“耿恭深入西域，可能早已戰死。”便欲引兵還。先是，北匈奴沒有再次大舉圍攻金蒲城之時，耿恭遣軍吏範羌至敦煌迎兵士過冬寒服，範羌因隨王蒙軍俱出塞。範羌請迎恭，王蒙說：“現是冬天，耿恭深入匈奴腹地，西域有大風雪，吾不敢前。”諸將皆不敢前，範羌下跪固請，哭說：“君等不發兵就耿恭等，其必亡矣。”秦彭無奈，乃分兵二千人與範羌，令其便宜行事。範羌引兵從山北迎耿恭，遇大雪丈餘，軍僅能至。城中夜聞兵馬聲，以為虜來，大驚。耿恭乃對剩餘之二十六人說：“為將者能死於戰場，幸也！”於是拔劍準備做最後一搏。範羌乃遙呼說：“我範羌也。漢遣軍迎校尉耳。”城中皆稱萬歲。耿恭令開城門，眾人共相持涕泣。
明日，耿恭等遂相隨俱歸，北匈奴兵發現之，乃追趕。耿恭等且戰且走，吏士素饑困，耿恭殺戰馬為食，從疏勒出發時尚有二十六人，隨路死沒，三月至玉門關，唯餘十三人；衣屨穿決，形容枯槁。中郎將鄭眾為耿恭已下洗沭易衣冠。上疏對孝章帝說：“耿恭以單兵固守孤城，當匈奴之衝，對數萬之眾，連月逾年，心力困盡。鑿山為井，煮弩為糧，出於萬死無一生之望。前後殺傷醜虜數千百計，卒全忠勇，不為大漢恥。耿恭之節義，古今未有。宜蒙顯爵，以厲將帥。”孝帝令耿恭等十三人回洛陽受賞，及恭至洛陽，鮑昱奏說：“耿恭節過蘇武，宜蒙爵賞。”孝章帝於是拜為耿恭為騎都尉，以恭司馬石修為洛陽市丞，張封為雍營司馬，軍吏範羌為共丞，餘九人皆補羽林。
恭母先卒，及還，耿恭追行喪製，孝章帝下詔使五官中郎將齎牛、酒釋服，以示恩寵。