用人工方法合成了尿素，這一結果使維勒非常吃驚。按傳統觀點，隻有活組織才能形成尿素，可現在他卻用無機物把它製造出來，而且僅僅是加了一下熱。
為了證實自己的發現，維勒將這個實驗重複做了許多次，每次都得到了相同的結果。經過一再驗證，他終於肯定，自己確實製造出了尿素。1828年，他把自己的研究成果寫成了一篇總結性的論文：《論尿素的人工生產》，公布於世。與此同時，他還把這一發現寫信告訴了自己的老師貝采裏烏斯和朋友李比希，請他們對自己的工作進行評價。他覺得，貝采裏烏斯未必會同意他的觀點，但他，需要聽取貝采裏烏斯的意見。
果然，貝采裏烏斯不同意他的見解。
貝采裏烏斯的反對是有原因的。當時，有機化學還處於概念不清的階段，很多人認為有機物就是專指動植物組織。18世紀末生物學界廣泛流行的活力論，對有機物的研究也帶來了某種神秘色彩。貝采裏烏斯深受這種觀點影響，他還對之做了係統表述。他認為，化學物質分為兩類，一類是無機物，與生命無關；另一類是有機物，它來源於有生命的組織，含有生命力。無機化學的定律並不全都適合於有機物。貝采裏烏斯相信在製成有機物時需要“生命力”，而“生命力”在實驗室裏是不可能找到的，因此化學家不可能在沒有生命組織的幫助下，從無機物合成有機物。這就是說，在有機化學和無機化學之間橫亙著一條鴻溝，它們是不可逾越的。
貝采裏烏斯的觀點在當時很有代表性，維勒在海德堡大學的導師格美林教授就是這一觀點的忠實擁護者。
但是這一鴻溝現在被維勒打破了。他居然在實驗室裏人工合成了尿素。貝采裏烏斯一開始不相信這一事實。可許多化學家都重複了維勒的實驗，得到了相同的結果。於是貝采裏烏斯又覺得，氰酸氨本身也許就是有機物，那麼用它來製得尿素不能說明什麼問題；或者尿素並不是真正的有機物，那麼用氰酸氨製得尿素也說明不了什麼。總而言之，用氰酸氨製造出尿素來，不能說明有機物與無機物的鴻溝已被打破。
李比希則對維勒的工作評價很高。他與維勒之間關於氰化物的那段公案已經了結。貝采裏烏斯與法國著名化學家蓋-呂薩克都已證明，李比希和維勒得到的物質分子式是相同的，但其性質確實不同。貝采裏烏斯把這種具有相同分子式的不同化合物稱為同分異構體。這一概念表明，相同原子的不同排列會導致不同的化學性質。結構化學就是在這一概念引導下發展出來的。由此可見，他與維勒的這場科學競賽，導致了結構化學的誕生。因此，這場比賽，兩人都是贏家。但李比希沒有想到的是，在這場競賽中，維勒竟然意外地人工合成了尿素，摘了一個大蘋果。
不過李比希並不嫉妒，他對維勒的成就表示衷心的祝賀。同時，他也及時調整了自己的科研方向，把注意力轉到了有機物的人工合成方麵。在隨後的歲月裏，他與維勒密切合作，從事有機化肥的研究。兩人的合作，使得德國在這個領域裏遙遙領先於世界其他各國。李比希也因為在有機合成方麵的卓越成就，而成為德國有機化學學科的帶頭人。
維勒的工作還大大鼓舞了其他化學家。在他的啟發下，很多化學家開始轉而從事有機合成實驗。1845年，德國化學家科爾貝人工合成了有機物醋酸，接著人們又合成了葡萄酸、檸檬酸、蘋果酸等有機酸；1854年，法國化學家貝特羅人工合成了油脂類物質；1861年，俄國化學家布特列洛夫人工合成了糖類物質……正是在這樣一係列的進展中，貝采裏烏斯等人逐漸放棄了自己的“生命力”學說，承認有機物可以在實驗室裏被人工合成出來。有機物與尤機物之間的鴻溝就這樣慢慢地被填平了。
人工合成尿素的工作，使得維勒在德國化學界的地位大大提高。1836年，哥廷根大學的化學教授斯特羅邁耶去世之後，維勒被任命去接替他遺留下來的空缺。這一任命是從包括李比希在內的許多候選人中選出來的。不過，他跟李比希之間的友誼並未因此而受到影響。
1854年，維勒被選為英國倫敦皇家學會會員，1872年獲得該會的科普利獎。他還是法國科學院的院士，並擔任過哥廷根化學研究所所長、漢諾威藥房的監察主任等重要職務。1882年9月23日，他在哥廷根與世長辭。就在他去世之前，他所開創的有機化學的人工合成方向，已經發展成了浩浩蕩蕩的化學研究的新洪流。對此，人們永遠銘記著他的功績。