第二階段的研究則涉及到人體的基本物質組成，這是第一個階段的延續和深入。
大破滅人想要知道細胞為什麼會有分裂壽命，為什麼細胞會病變壞死，如果能夠找到原因並加以修改，或許就能讓細胞無限分裂下去，在病變的情況下有能力完成自我修複，自然也能讓人體這台機器永久的運行下去。
他們找到了細胞端粒，並製造出了可以無限分裂、且有能力進行自我修複的超級幹細胞基因，這便是當下這個所謂的“修煉文明”的起源。
因為這些修煉者，就是當時參與過第二階段基因和細胞強化實驗的那批人的後代，他們體內的基因可以讓他們擁有無限分裂以及儲存大量生物能量的超級幹細胞。這種超級幹細胞有些類似於骨髓幹細胞，能夠分裂成體內任何其他組織的細胞，但卻擁有更加強大的能力。
舉個例子，如果一個正常人的肺組織被破壞了，那麼這個人很快會呼吸衰竭而死，因為正常人在身體還沒來得及完成自我修複過程的情況下，就已經缺氧而死了。但體內擁有大量超級幹細胞的修煉者卻不同，這些超級幹細胞能夠以遠超普通細胞的速度分裂出肺組織細胞，並填補肺組織的空缺，以達到修複的目的。這個過程中，這些超級細胞還能夠臨時發揮肺部細胞呼吸的作用，讓人不至於立刻缺氧而死。這就是為什麼大成境大圓滿的修煉者，在心髒被刺破的情況下，仍然有很大幾率活過來的原因。
然而，要想收獲多少，就必須要相對應的付出多少，想幹多大的事情，就需要多大的能量，這是不變的法則。
雖然修煉者這種“進化人”因體內擁有超級幹細胞的基因而天生攜帶超級幹細胞，但在他們剛出生的時候，這些超級幹細胞的數量卻十分的稀少，因為這種細胞每次分裂複製都要消耗比普通幹細胞多出很多倍的能量，一般的母體是不可能提供如此龐大的能量供胎兒製造大量超級幹細胞的。但好在人生下來之後，便能夠通過多種方式從外界獲取更多的能量，來為超級幹細胞的分裂複製提供能量基礎，是為修煉。
從這個角度來說，修煉者所謂的修煉便是煉髓，煉骨髓幹細胞。而隨著修煉的不斷加深，他們體內的超級細胞越來越多，可爆發出的能量越來越大，身體素質越來越強，壽命自然也越來越長。
當然了，冰焰女皇的解釋隻是從本質上介紹了修煉者誕生的基本原理，真正的修煉是不可能這麼簡單的，其中還涉及到對能量的操控和運用，更是涉及到能量在經絡中的運行。
研究到了這裏，似乎已經看到了勝利的曙光，但可惜的是，瓶頸再次出現了。
這種超級幹細胞能夠強化人的軀體，而且達到完美狀態之後，甚至可以使人停止衰老，但卻不能完美的應用到身體的所有部位，其中最大的障礙便是大腦，這個人類身體的控製中樞、儲存著人類記憶、決定著人的思維判斷的神奇所在，其複雜程度已經超出了當時科學的邊界。
具體來說，研究所麵臨的實際問題就是，這些身體進化至“完美狀態”的人，一旦活過了一定的年歲，便會出現思維錯亂、意識混亂、記憶無法存儲等一係列的問題，給人的感覺就像是腦容量不夠了一般。而一旦大腦壞死，身體失去了控製中樞，縱然再怎麼強大，也必然也無法永存下去。
因此，每一個大成境大圓滿修煉者的最終歸宿都是一樣的：帶著充滿活力的年輕軀體死去……
科學研究就是要翻過一座又一座的大山、克服一個又一個的困難，因此，探索人體奧秘的進程並不會就此停滯。
理論上來講，第三階段的研究應該是關於腦細胞的研究，或是破解腦細胞存儲記憶思維的模式，亦或是從基因的角度找到匹配腦細胞的修改模式。
然而，科學攻堅必然會出現的現象就是百家爭鳴。讓科學家始料未及的是，人體科學井噴式的發展使得無數研究者選擇了另辟蹊徑，但卻徹底的打開了人體的“潘多拉魔盒”。
至此之後，關於人體基因修改、人造人、意識編輯、思維轉移等一係列五花八門的研究機構，就如同雨後春筍一般在這片大陸誕生。
到了這個階段，已經有科學家開始意識到：所謂的長生不僅僅是強大的軀體，更是記憶和信息的分享、以及傳承。
就拿影響力最大的“造神計劃”來說，它的提出者思想十分的極端，他認為人類的軀體本就是進化過程中的一個殘次品，無論你在上麵打多少的補丁，附加多少的功能，都改變不了它先天的局限性。因此，他認為應該直接摒棄掉人類的軀體模式，試圖從最根本的物質結構上創造出新的人體模式，包括記憶和思維的運行模式，也應該用更加強大的信息記錄方式進行重新編輯，並揚言要開啟低階人類文明創造高階神級文明的大門。