日本僧兵的起源雖然不詳，但可以這是由武士之流皈依佛門以後產生的，在白河皇（一零七二年～一零八五年）以後，僧兵的危害已極為嚴重。隻要稍有點事端，山門之徒就奉戴山王三社、七社，或隻園、京極、北野的神輿逼迫朝廷；南寺僧眾也常常奉持春日神木進入勸學院，向朝廷申訴。從堀河皇嘉保二年（一零九五）到高倉皇安元三年（一一七七）的八十年間，山王神輿進京共達九次之多；而春日神木的進京，從堀河皇寬治七年（一零九三）到高倉皇承安三年（一一七三）的八十年間也有八次。此外因一些細的事情，僧眾闖入京師，向朝廷或大臣強訴，或是僧侶互相爭鬥、寺院互相攻擊，或是神人相爭，其數更多。從堀河皇（一零八六～一一零六年）末年起，數十年間，幾乎年年都有，嚴重的甚至一年數次。因其奉戴神輿、神木進京，朝廷不得不滿足其要求，以致萬乘之尊的子也發出‘三不如意’的歎息，宣稱‘山家道理’是‘以非為理’的話流傳於世。因為這個緣故，當時的公卿武人，隻要稍稍得罪僧侶神人，大多逃不脫流刑的法網。當僧眾闖入京師時，他們雖奉敕防望，但事過以後，凡是殺傷神人僧侶者，也不能免受重刑。
長曆三年（一零三九），三井寺的明尊僧正受命為台宗座主。山門僧眾三千人到攝政藤原賴通的府第大肆喧擾訴告，不可製止。賴通讓平直方守望之。山門的教圓因同意明尊為座主，結果被眾僧徒捉走。皇下敕把惡僧投獄，讓教圓為座主。自此，山、寺二門的裂痕愈益擴大，寺門的沙彌不登睿山的戒壇，寺門奏請朝廷在園城寺另設戒壇。山門上奏朝廷予以拒絕。此後戒壇的事情，成為互相敵視的重要原因。從餘慶任台座主到二條皇應保二年（一一六二）覺忠被命為座主為止，智證的門徒擔任座主的共有八次，但很多是隻當了二三，最長也不過六就辭職。白河皇永保元年（一零八一），山、寺的僧徒相互發生爭執，六月，山門的僧眾乘虛闖入園城寺，放火燒寺塔僧房，被毀者達七分之一之多。九月，山門僧眾再次放火把殘餘的堂宇燒盡。這是佛教傳入以來前所未有的慘事，此時距智證寂滅後隻有一九一年。到二條皇長寬元年（一一六三）為止，園城寺遭受山門放火的大難前後達四次。
永久元年（一一一三），因興福寺僧淩辱了山門的隻園感應院的神人，山門僧徒便奉戴神輿闖入京師，搗毀清水寺殿堂，並且請求朝廷把實覺僧都處以流刑。朝廷不敢有所主張，群臣也多畏縮不言。實覺雖然無罪，但朝廷卻不得已接受了山門的請求，而拒絕了興福寺的請願，處實覺以流刑，並約定不給山門僧徒判罪。這樣，山門的僧眾才回山。興福寺的僧眾聽此事大怒，打算入京奏請二條皇。山門僧徒也想前來與南部興福寺僧眾交鋒相鬥。朝野上下一時騷然。白河法皇最後派遣檢非違使到宇治和西阪本，才逐漸製止南北僧眾進京。此後在永萬元年（1165）二條皇去世時，興福寺與延曆寺的僧眾又發生惡戰，明月率山門僧人數千下山攻打清水寺，清水寺的僧人隻有千餘人，寡不敵眾，逃散到四方。山門僧徒把清水寺的堂塔房舍全部燒毀。於是，南部興福寺僧眾準備入京把屬於山門延曆寺的下寺末社放火燒掉。朝野上下為之驚駭不已。朝廷遣使者前往宣諭乃止。
安元三年（一一七七），加賀的目代（地方官）藤原師經，因故與白山的僧眾發生衝突。白山僧眾奉戴神輿登睿山訴告。山門徒眾乃奉著山王諸社的神輿入京，奏請誅殺師經，流放其父加賀守師高。朝廷派遣檢非違使予以阻擋，同時把師高、師經處以流罪。因為台座主明雲嗾使山眾騷擾朝廷，皇拒絕了眾人的請求，把明雲判處減死一等，流放到伊豆。山門僧眾聽之後大驚，埋伏大路上把明雲劫走。朝廷對此也不能製止。治承二年（一一七八），睿山上發生了學僧與堂眾的衝突，堂眾很多人離開了阪本，招誘當地歹徒，據守在早尾坡。因學僧進攻不利，朝廷頒布院宣派畿內的軍隊三千餘騎去討伐堂眾，結果官兵大敗，學僧大多下山逃散。除了西塔禪眾以外，睿山全山沉寂，禪磬之聲無聞，山門的堂塔到此時已大部分荒廢。(未完待續。。)u