一般說來，大凡巫術都有相應的禁忌，禁忌在某種意義上是巫術的補充說明。因為巫術都具有很強的功利性目的，靈驗與否在相當多的場合是可以驗證的，所以必須有相應的補充說明，不備不虞，一旦法術不靈，可借口禁忌未被嚴格遵行而自我開脫。義和團擁有五花八門的禁忌，像約束自身的：“毋貪財，毋好色”，“不飲酒，不茹葷”等等。核心要點是“忌陰”、“避婦人”。還有操作性的禁忌，即法術施行時，相關人等要遵行的禁忌，如閉槍炮時要居民在一定時限裏不動煙火，在煙囪上蒙紅布，不準婦女出門，不準潑汙水等等，五花八門，千奇百怪，但核心內容仍是“避婦人”。每當遇到法術失靈時，就用“補充說明”加以解釋，主要是說有人犯禁（由於第二類禁忌雜多紛亂，人們確也無從驗證），再不行就說敵方用了更不堪的妖法，如用裸女陣、萬陰旌（用女陰毛編成）之類打破了義和團之法等等。正如鄉間巫術的補充說明可以使自身部分地自圓其說一樣，義和團的這種借口和托詞還是有市場的，直到建國後，天津一帶尚存的參加過義和團的老人中還有少數人認為：“義和團以前很靈，宜興埠打仗時，子彈落在身上都沒事，以後‘嘎雜子’加入有了搶奪，就不靈了。”
種種跡象表明，相當一部分士大夫，一部分頑固派朝臣與疆吏（包括慈禧太後在內）也部分地或將信將疑地皈依了農民這種低層次、邊緣性的文化信仰。否則，縱有列強助帝抑後之說，慈禧也沒有那個膽量敢於向所有列強“宣戰”。頭腦還清醒的勞乃宣不無怨氣地說義和團的法術，“非特愚民為其所愚，學士大夫亦所不免。”@朝廷重臣載漪、剛毅、徐桐、趙舒翹輩，莫不心係神牽，幻想以“神仙”抗“洋鬼”。在他們的鼓動下，“上至王公卿相，下至倡優隸卒，幾乎無人不團。”北京城大街小巷、王公邸第、百司廨署，一時紅巾遍地，黃帶招搖（乾團尚黃，坎團尚紅）。直隸總督裕祿特派人將紅燈照黃蓮聖母“請到署中，求其保護”。李秉衡率軍出征，也有義和團“各持寶器，有如意鉤、連環套、招魂旛、渾天鏡、陰陽瓶、飛劍、火牌”等《西遊記》、《封神榜》上的玩藝保駕開道。
儒家文化對鬼神持一種敬而遠之的疏離態度。曆代統治者對釋道兩教尚有優禮利用之處，而對於民間巫術及“邪教”，則一向持排斥態度，有清一朝尤甚。統治者居然發展到將民間的神怪巫道依為精神支柱--盡管這種依仗骨子裏還是利用--這種現象本身已經足以說明上層已經對儒家傳統失掉了自信，大傳統已經不能再如以往一樣對小傳統進行指導了。小傳統意識形態以往依賴大傳統指導的部分，堂而皇之地被民間異端邪說填充。這種小傳統內部的補位雖然隻是暫時的，卻表示著中國文化前所未有的變局。從此，正統上層文化在下層的尊嚴喪失了，下層文化的要素不斷地上行，滲透到統治領域。正統的儒家文化仍免不了要挨板子--因為在大家意識中，這種混亂的局麵主要是由於儒家文化傳統在西化麵前的無能所致。