八一三以後的一周內，在德國顧問的幫助下，蔣中正就製定好了國軍基本戰略戰術，並建立了最高統帥部大本營，自任大元帥指揮全國抗戰。何應欽也終於將功補過，重新編製了全國作戰序列，劃分了五大戰區、四大預備軍區。
大本營雖大，別的都好說，就是二把手參謀總長難辦，全麵具體負責！蔣大元帥考慮了幾天也挑不出個理想人選來——何應欽本來可以，有組織能力，有戰術頭腦，但讓他搞個對日策略結果卻是不能開戰，牛頭不對馬嘴！小諸葛白崇禧也不錯，天生的軍師，可惜是桂係領班有才無德，萬一假傳聖旨咋辦？獨眼龍劉伯承也還行，無師自通自學成材，可恨是個共產黨八路軍……
挑來選去，大元帥頗感國中無人，最後竟圈了個程潛，老朽無能舊湘軍，但知服從而已，從未指揮過一個集團軍。不過沒關係，給他配個出點子的就行了！
八月二十日，大本營首次會議，蔣大元帥正式公布各項任命，下達預期至十月底的《國軍戰爭指導方案訓令》——
最高統帥部大元帥、陸海空三軍總司令：蔣中正。參謀總長：程潛，副參謀總長：白崇禧。
直屬軍委會本部：軍政部、部長何應欽，管理部、部長朱紹良，後方勤務部、部長俞飛鵬，首都防空部、司令穀正倫，訓練總監唐生智，軍事參議院長陳調元等等。
下轄六部及任務——
軍令部，部長黃紹竑，舊桂係新嫡係人物，及時下達陸軍各戰區及海空軍作戰命令。
政略部，部長張群，“內求社會內部之安定，以樹立長期抗戰之基礎，外謀國際輿論之同情，使敵國受孤立無援之壓迫。”
財政部，部長孔祥熙，“安定金融，整理稅務，緊縮支出，籌發公債及募捐外債。”
經濟部，部長吳鼎昌，“擴張產業，廣辟資源，以極力講救自給自足之方法，縱使國際間之交通被敵遮斷，我國軍與民眾戰時生活上必需之資源不因此而受重大之威脅。”
宣傳部，部長陳公博，“永保精神動員之團結鞏固，並將國軍為自衛而應戰之決心與事實昭告國際朝野，免為敵人反宣傳所蒙蔽。”
訓練部，部長陳立夫，“以軍事化之目的組織及訓練民眾，使人人皆有為國犧牲之決心與技能，並防製漢奸、間諜之暗中活動與蔓延。”
另外，後方勤務部“直接軍令部之指導，適應各戰區之要求，完成通訊、交通諸戰備，充實彈藥、器材諸項補充。對集積運輸之要領即務必分散配置，顧慮對空遮蔽以避免敵空軍及炮兵之轟炸，且能不失時機補充前方，並考慮第二期作戰之物資充足法為要。”
五大戰區劃分及任務——
第一戰區，作戰地域在長城以內之河北、山東北部。司令長官大元帥兼，副長官宋哲元，下轄宋哲元第一、劉峙第二、衛立煌第十四集團軍。“近迫當麵之敵，實行柔性攻擊吸引其主力，俾我第一、二戰區之作戰得以從容展布，但如敵軍企圖真正與我決戰時，則應毅然盡力以防禦之。”