在回家的路上，妻子發誓不再回娘家，當即摘下頭上金釵投擲於蕭江中，可金釵正好插在江中漂浮的木柴上。懋卿當即拍手曰：“中了，中了。天無絕人之路矣！”蒙受恥辱的夫妻倆，從此對仕途充滿信心，奮發舉業。自此，懋卿朝誦暮習，妻子日紡夜織，陪伴身邊安慰丈夫。
嘉靖十六年，懋卿去邑墉書院讀書，當年齋室生瑞芝二枚，五月懋卿奪省亞魁中舉。庶齋曰：“芝乃鄢懋卿之瑞兆也”。可懋卿卻認為：祥國家之瑞，在人，而不在物。自恃者，在德，而不在瑞。予才謙薄烏足以當。四年後，懋卿撰《瑞芝堂記》，中辛醜科沈坤榜三甲第九名進士，時年三十三歲。
當年，懋卿授行人司行人（正八品），擔任朝廷內外使節之職。與同榜進士上虞賈大亨，同住北京城公署齋室，同官同職。每與交相砥礪，慷慨激昂，雄心壯誌，敢作敢為。不久，充任鳳憲之官，先後任順天（北京）、湖廣二道監察禦史。又以辦事幹煉，擢太仆寺少卿，分理馬政（正四品）。不久，又轉為大理寺少卿。
嘉靖三十一年，致力收集整理江西吉州先賢、民族英雄文天祥詩文，自費刊印《文山先生全集》，十套，使長期散佚的文天祥著作，得以保存流傳。
嘉靖三十五年春，懋卿擢升都察院左僉都禦史，受嘉靖帝指派，遠赴浙江，修建永嘉沙城鹽場。沙城鹽場，從此為永嘉百姓生命之根，富裕之本。懋卿不辭辛勞，親自帶領沙城鹽工，曆時三年修建竣工。
永嘉縣大夫王東崖氏，裒金磨石，碣文於碑，記其功德，使永嘉民眾銘記於心。同時，全城百姓跪於縣衙門前，贈其萬民傘，以表彰其為永嘉百姓所做之不朽功德。
在此期間，鄢懋卿撰寫了《易經正義》六卷，蘊含了深刻的為官之道在於忠君，在於為民，民富則國強之道理。忠君愛民，那個時代看來，是一件非常不可思議之事，但能讀懂者，聊聊無幾。能做到者，更是鳳毛麟角。
嘉靖三十八年秋，擢升左副都禦史（正三品）。嘉靖三十九年三月，皇朝三大殿重修、平倭寇拒韃靼等皇朝事務，資金奇缺。在這“國庫匱乏，聚財大難”之現實情況下，眾內閣大臣一致舉薦，嘉靖帝任命懋卿以都察院左副都禦史，敕總理兩淮、兩浙、山東、長蘆等地鹽政，節製七省，督疏運河。
四月，懋卿奉敕赴任。出京之時，內閣首輔大學士嚴嵩、內閣次輔大學士徐階、吏部右侍郞李璣、工部尚書雷禮、刑部尚書張永明、太子洗馬裴宇、考公郎張守直等朝中重臣，在京城門樓賦詩送行，場麵壯觀。為欽差出行平添風采，更為此行所要達到之目的，增加了一層保險。
嘉靖四十年，懋卿曆時八個月，提前超額完成了世宗皇帝使命，朝旨嘉獎，升為刑部左侍郎（從二品），詔封通議大夫（正二品）。同年，懋卿籌得白銀百萬兩，由江西布政使胡廉督修豐城城牆。
《豐城縣誌》載：“嘉靖四十年，縣治大興土木，構築城牆。城牆周長一千三百六十丈，高一點七五丈，闊六尺，傍堤城牆下砌石塊。城設大東、大西、大南、大北四正門，另設折桂、廣益等七小門，正門和小門之上均建城廣樓”。“城樓精致，當年竣工，甲於諸郡。”
嘉靖四十一年四至六月，大水衝城，壞城牆一百二十丈，決精怪潭二百三十餘丈，敖家堤平堤等共決八百三十丈，大傷稼禾，但城內少損。鄉人感其功德，將城牆臨贛江碼頭西端門命名“高升門”（其父鄢高，字時升）。
同年五月，因嚴世藩貪奸事發，政敵次輔徐階、張居正和禦史鄒應龍、林潤等趁機扳倒嚴嵩閣老。六月，嚴的得意門生鄢懋卿受牽連，停職閑居。
此時，京城六十二個江西老鄉會官員都倒向對立麵，唯有刑部左侍郎鄢懋卿和戶部右侍郎萬采，有著靠一君忠一主之骨氣，不怕株連。同年七月，懋卿致仕歸家，秉承父命，從四十一年八月至四十五年三月，花了近五年時間，與裏東、裏西、白富三村諸子，修成《豐西鄢氏族譜》（即東岸鄢氏四修族譜）。
在嘉靖帝的多道誥命敕諭中，反複讚賞懋卿博學敏才，因此一路彪升，青雲直上。其祖父母、父母、妻室至兒女四代，都受到嘉靖帝賜封。妻王氏，槎市人，追封淑人。一女嫁城內賢能坊國子生甘湛初，賜封淑人。繼室雷氏，臨城人，賜封夫人，妾錢氏麗娘，永嘉人，追封淑人。其子汗青即子雲，原本亦是要封大夫銜，但其閱盡朝堂辛酸，拒絕受封。後改名鄢榮，幾經輾轉，世居廣西來陽（今來賓市）等地。卿歿於萬曆三十三年冬月二十六日午時，葬於甘露山，享年九十八歲。