1583年12月10日深夜，他又喬裝成天主教神父，與摩根悄悄來到教皇駐巴黎使節的府邸，請求轉達他給科莫與教皇的兩封書信，再次竭誠表示希望為天主教事業效忠的願望，並將采取對耶穌教會和蘇格蘭女王極為有利的行動。與此同時，英國駐法大使愛德華·斯塔福德卻向英國女王呈文，說威廉·帕裏要立即回國陳述極其重要的情報，還為他請功。
1584年1月，帕裏回到英國。女王在白廳單獨召見了他。帕裏當麵奏稱：他是耶穌會教士在教皇指使下派來暗殺女王陛下的。不久，帕裏又收到從巴黎轉來的教皇與科莫的兩封信，要他“實現自己神聖而崇高的意願”，答應“將讓他在天國裏得到優厚的報酬”。他立即把兩封信呈獻給了女王。為此，他得到了女王的優厚賞賜。1584年11月，他當選為英國肯特郡的議員。此後，女王還多次召見過他。
可是，正當他取得女王信寵、飛黃騰達之時，他卻又幹出了兩件匪夷所思的事。一是多次與他的親戚，也是英國間諜的愛德華·內維爾，提到暗殺女王的計劃。二是同年12月，他被昆斯博羅地區推選為上議院議員後，竟在議會中公開尖銳抨擊政府反天主教的新法律，引起議員們的憤怒。上議院要求逮捕他，後因女王的幹涉和他的道歉，他才得到寬恕。
此事平息不久，他又一次向內維爾提出謀殺女王的計劃。內維爾出於恐懼，向首席大臣弗侖西斯·沃辛海告密。帕裏為什麼要這樣做呢？是為了繼續騙取教皇信任，還是確有謀殺女王之心呢？威廉·帕裏的一係列行為使人百思不得其解。
不久，威廉·帕裏被捕，被交付法庭審判。盡管他在“悔過書”中千方百計為自己辯解他毫無謀殺女王之心，但是，法庭仍認定他是受教皇委托派到倫敦來執行暗殺女王計劃的，判他犯有叛國罪。
1585年3月2日，帕裏被送上斷頭台。這樣的處決對帕裏來說是冤案呢，還是罪有應得，很難說清。帕裏到底是誰家的間諜，亦難以說清。
如果說他是英國間諜，並確信他在國外“投靠”教廷的活動，隻不過是用來掩護他的身份、騙取對方信任的一種手段的話，那麼，為什麼在他取得暗殺女王的真實情報、立下大功之後，伊麗莎白女王又把他推上了斷頭台呢？
如果說他已被教廷收買，成為反英分子，被派回英國執行暗殺女王計劃的話，那麼，當女王多次單獨召見他的時候，他為什麼沒有趁機下手，反而拖拖拉拉，還把暗殺女王的計劃公開呢？
如果說他是雙麵間諜，那麼，在他即將取得成功之際，為什麼還要去為國際反英勢力擔風險，落得個因叛國被處死的下場呢？再說他這時的言行還能得到教廷的信任嗎？他成為雙重間諜的動機又是什麼呢？
“帕裏陰謀”本身就是一個縈繞著無數謎團的難以說清的曆史疑案，也許在不久的將來會有更新的線索，讓人們可以借此搞清楚威廉·帕裏為什麼會做出如此之多讓人難以理解的怪異舉動。