西班牙炮艦向英國軍艦射擊，卻不能命中，而英國戰艦遠近都可以開炮，而且炮火又猛又狠，西班牙的“無敵艦隊”根本沒有地方躲藏，紛紛中彈起火。戰鬥持續了僅僅一天，“無敵艦隊”就已經被打得七零八落，兩支分艦隊的旗艦也先後中彈、撞傷，一個分艦隊司令被俘，剩下的軍艦也乘著風勢向北逃竄，準備繞過蘇格蘭、愛爾蘭回國，但是，不幸的西班牙艦隊又接連遇上了兩次大風暴，不少士兵被風浪衝到愛爾蘭西海岸，被英軍殺死。10月，慘敗的“無敵艦隊”僅剩的43艘殘破的船隻回到了西班牙。
這次戰役中，英國隻損失了幾百名海員和水手，但西班牙的“無敵艦隊”幾乎全軍覆沒，為什麼會發生這樣的情況呢？
有人說，“無敵艦隊”遇上了天災是導致他們滅亡的主要原因。“無敵艦隊”起航不久就遇上了大西洋的狂風巨浪，這場風暴致使艦隊的許多船隻被毀壞，船上裝的食物變質，淡水桶也遭到破壞，水手們因為食物缺乏變得疲憊不堪，大部分步兵也因為無休止的暴風而暈船，甚至失去了戰鬥力。這樣一支艦隊怎能敵得過已經準備完善、以逸待勞的英國戰艦呢？而且西班牙艦隊回國時在蘇格蘭北部海域再次遇到大風暴，一些殘破的艦船不是被海浪吞噬，就是因方向無法掌控而觸礁沉沒。因此，“無敵艦隊”最終近乎全軍覆沒。
還有人認為，“無敵艦隊”的慘敗是由於西班牙國王用人不當造成的。1588年4月25日，腓力二世在裏斯本大教堂任命具有很高聲望的大貴族西頓尼亞公爵為艦隊總司令，率領艦隊出征。但是，腓力二世卻沒有注意，西頓尼亞雖然出自名門望族，但是他是一位陸軍將領，他既暈船又不懂海戰，特別是他根本沒有指揮龐大艦隊的經驗。
以西頓尼亞來說，他根本沒有想到腓力二世會把重任交給他。在沒有任何思想準備的情況下，他曾向腓力二世請求換人，但卻沒有得到批準。由此看來，“無敵艦隊”的主將在沒有出征之前就已經打了退堂鼓，再加上既暈船又沒有指揮經驗，這樣的軍隊怎麼可能獲得勝利呢？
還有人推斷，當時西班牙的國力衰退，這次出征英國根本是不得人心的。西班牙雖然表麵上國力強盛，但是實際上已經外強中幹，國王腓力二世為了鞏固統治，大量搜刮民脂民膏，專橫無道，揮霍無度，國民為此已經疲憊不堪，憤恨無比。這樣不得民心的出兵怎麼能取得勝利呢？