但是，令人不解的問題出現了，凶手所使用的槍是l940年意大利製造的舊式步槍，最多隻能射出3顆子彈，而案發時子彈射出時的間隔也不足以新裝子彈。由此看來，凶手應該不是一個人，而是兩個人分別從不同的方向向肯尼迪開的槍。之後，人們從一位目擊者的口中得知，當時，許多警察及目擊者為捕捉凶手而衝向教科書倉庫大樓對麵的草坪。所以，子彈並不是從教科書倉庫大樓內射出的，凶手準確的所在地應該是在大樓對麵的草坪。但是，這些說法都因缺乏必要的證據被一一推翻了。
最後，無數的證人先後喪命絕對不是巧合。肯尼迪遇刺後，竟然先後有183名與案件有關的重要證人無故失蹤或者死亡，特別是那些證明奧斯瓦爾德不是真凶的人。隨著眾多證人先後離奇死亡，越來越多的人懷疑殺死肯尼迪的真凶並不是奧斯瓦爾德，這個案件也不是簡單的殺人案，它肯定與政治有著不可分割的瓜葛。
奧斯瓦爾德曾經在蘇聯生活過，還有人說他是中央情報局的雙麵特工。因此，有人猜測這次謀殺活動一定與中央情報局和肯尼迪的矛盾有關。
1988年，一個名為珍妮佛·懷特的女人來到得克薩斯州萊特蘭市的聯邦調查局分部報告說，她的丈夫羅斯克·懷特和射殺奧斯瓦爾德的魯比共同謀殺了肯尼迪。她說，懷特與奧斯瓦爾德是好朋友，當年，懷特與魯比謀劃刺殺肯尼迪的事情時，她偷聽了談話，魯比發現了偷聽的珍妮佛，立刻打電話向某個地方請示。他們立刻對珍妮佛電擊治療，並警告她如果泄漏就殺死他們的兩個兒子。之後，珍妮佛詢問丈夫，懷特說這是中情局安排的，自己隻能執行命令。
除了這種中情局殺人的說法外，還有一些更加離奇的說法。
在美國一本名為《死亡的三角地帶》的書中說，肯尼迪是被越南人刺殺的。當年，美國政府策動了南越的軍事政變，並打死了越南共和國總統吳庭豔，這次事件便是吳庭豔餘黨對肯尼迪的報複。
20世紀90年代，隨著一些內幕的曝光，很多人認為肯尼迪時期的副總統林登·約翰遜才是真正的幕後黑手，肯尼迪死後，約翰遜成了白宮的真正主人。案發當天，車隊出發時，約翰遜安排秘密警察把護送總統座車的摩托數量減少了一半，之前被安排在總統座車前麵的新聞車也被放在車隊的尾部。所以，當案發時，現場沒有一個記者、一架攝影機或照相機。而且，案發後，肯尼迪仍在醫院搶救的時候，約翰遜就下令清洗他乘坐的敞篷汽車。除此之外，種種跡象都表明約翰遜就是殺死肯尼迪的主謀。
不過，肯尼迪遇刺從案發之時就注定會成為一個懸案，因為它所涉及的不隻是一個刺殺問題，它的背後一定隱藏著無數權力與利益的鬥爭，而肯尼迪隻不過是鬥爭下的犧牲品而已。