對於上述這一觀點，也有學者提出了質疑。他們認為徐福東渡並沒有其他可靠有據的史料文獻加以佐證，而且《史記》中也沒有記載徐福東渡以後具體到達了哪裏，所以說日本人的祖先來自中國的論證不充分，不僅如此，他們還認為即使中國的許多語言、文化、民俗在日本盛行一時，但是，由於曆史上中國和日本來往較多，所以也極有可能是逃亡到日本的中國人在日本把具有中國特色的東西推行並發展下來。
第二種說法認為，日本人的祖先來源於朝鮮。
日本東京大學醫學院人類遺傳學教授德永勝士以基因組研究為基礎，把東亞多個民族的人體6號染色體內的HLA遺傳基因進行相互比較，得出的結論就是和日本人最接近的基因是朝鮮半島居民和居住在中國的朝鮮族人民。這個研究結果說明，現在生活在日本的日本人的祖先是經由朝鮮半島移居到這裏的人們。這項研究結果表明：在日本彌生時代日本人口的形成中，從朝鮮半島移居的祖先所占的比例最大。
除此以外，還有一個廣為流傳的說法也可以證明日本人的祖先是朝鮮人：明仁天皇68歲生日的當天曾經承認，桓武天皇的母親是古代朝鮮百濟王國一位王室中人。這個說法的依據是日本編年史，編年史上有過詳細的記載：“公元781年即位的桓武天皇的母親就是古代朝鮮百濟王國的王族中人。”
第三種說法認為，日本人的祖先來源於亞洲的遊牧民族。
提出這種觀點的主要依據是，考古學又為人們解開日本人的祖先之謎提供了重要的證據。從陪葬物品的考古結果來分析，早期日本天皇古墓的陪葬品都是以鏡子、刀為主要的祭祀用品。而到了中期的時候，日本天皇的古墓和早期的古墓對比，陪葬物品中多了許多大陸化的貴族的生活物品，例如金飾、玉飾，等等，甚至還出現了馬具。
也有一部分學者根據這個發現結合其他史料得出，5世紀以後的日本天皇和之前的日本天皇並不屬於同一個家族，目前的日本天皇家族是從北九州一帶東征過來的。這些學者還提出，當時的日本是處於部落間相互紛爭的時期，加上生產力相對發達，所以來自中國和朝鮮的部落首領可能在紛爭中占據了有力的位置，從而最終統一了其他各部落，成為了日本的第一位天皇。由此可見，古代的日本是由諸多的部落國家和從東北亞遷徙而來的遊牧民族融合演變而成的。
就目前來看，日本人到底來源於哪裏，已經有了好幾種觀點，並且每一種觀點都有一定的史料作為依據，因此無法判斷到底哪一種說法是正確的。所以，有關日本人的來源問題也依然是一個尚未被解開的千古之謎。