謝裏曼死後，學者威廉·德普費爾德繼承了他的事業，威廉·德普費爾德曾經是謝裏曼生前的助手。他沿著原來的城市遺址不斷向西、向南挖掘。相比謝裏曼，德普費爾德無疑比他成功多了。在1893年和1894年，他在遺址中發現了更多的房屋和瞭望塔，以及一段三百餘米長的城牆，甚至還有邁錫尼時代的很多陶器。德普費爾德發現的建築物比謝裏曼發現的任何建築都更符合荷馬史詩的描繪，所以他認為，這才是荷馬描述的特洛伊城。此外，德普費爾德還仔細分析了希沙立克之下的沉積物，他認為謝裏曼發現的特洛伊城不過是希沙立克的第二座建築，建築建於公元前2500年。而他本人發現的特洛伊則是第六座城市，建於更早的1000年前到1500年前。雖然這種推斷並不是十分準確，但十分接近於特洛伊戰爭的發生時間——約公元前1200年。
直到40多年後，德普費爾德的觀點才被一支美國探險隊推翻。探險隊在學者卡爾·布利根的帶領下，來到希沙立克進行發掘。布利根認為，古希臘人的入侵並不是造成第六座特洛伊城毀滅的原因。城牆的一部分地基發生了偏移，其他部分也徹底坍塌了。布利根認為這種破壞不可能是人為的。他將這種情況歸結於一場地震。他認為，希沙立克出現的第七座城市才是荷馬史詩筆下的特洛伊城。
謝裏曼、德普費爾德、布利根，這三位考古學家都堅信自己在希沙立克發現的城市才是荷馬史詩中的特洛伊。為了證實三人的觀點，20世紀90年代中期，德國考古學家曼弗雷德·科夫曼也來到了希沙立克。他運用了遙感等現代化科技，測定出德普費爾德、布利根發現的城牆修建時期，他們先前確認的時間遠遠早於實際時間。科夫曼的分析還表明，在公元前8世紀，特洛伊城還存在，荷馬很有可能在這段時間居住在特洛伊城。
有學者堅持特洛伊城的確存在，自然也有學者反對。今天的大部分學者強調，對於在希沙立克發現的赫梯的楔形文字泥板，可以有各種各樣的解釋。這些泥板顯然不足以證明曆史上有普裏阿摩斯或帕裏斯這樣的人物，更何況是美女海倫以及勇士阿喀琉斯或阿伽門農的存在！特洛伊戰爭到底有沒有發生過呢？很多學者認為這已經很難考證了。有人認為，《伊利亞特》和《奧德賽》隻是詩人對已經過去的黃金時代的想象，並不能作為真實的史實。
特洛伊或許如樓蘭古國和亞特蘭斯帝國一樣，它們一同消失在了曆史的塵沙中。對於消失了上千年的文明，沉澱出來的將會是更大的吸引力。