有些或傳記認為，莫紮特是被宮廷作曲家薩裏埃利下毒所害。名為《Amadeus》（《莫紮特傳》）的電影曾獲奧斯卡八項大獎，電影中的莫紮特就是因為這個原因終結了年輕的生命。不過，這種說法隻能令一些普通的電影觀眾信服，因為它沒有充分的根據。電影一般都是源於生活卻高於生活的，藝術虛構往往超越真實。
真實的曆史資料表明：莫紮特並非為薩裏埃利所害，更沒有被毒死之說。幾年前，德國麻醉學教授尤根·瓦維爾的研究結果表明，莫紮特不是中毒死亡。更何況，後世研究者證明，薩裏埃利還是為莫紮特送葬的幾個人之一呢！所以他的說法有一定的可信性。
除了以上說法外，還有更加離奇的說法。美國曆史學家布裏埃爾·傑克遜的研究表明，莫紮特是遭受政治迫害而死的。布裏埃爾·傑克遜認為，莫紮特是位反法西斯主義者、國際主義者和反軍國主義者，資料中有他因為支持共濟會這種反政府的左翼組織而遭到政府追害的記載。不過，這種說法似乎沒有得到大多數人的認同，甚至有些人認為，莫紮特就是被共濟會的人害死的。
莫紮特在他創作的歌劇《魔笛》中曾經泄露了這個扶貧濟困的民間秘密組織的秘密，因此共濟會的人很惱火，而且還曾經派人偷偷給莫紮特下毒。像這種因為社會政治鬥爭的原因致死的說法越來越多。還有文章中寫道：“實際上，莫紮特是被到處充斥著弄虛作假和冷漠者的那個時代殺害的。”
有人提出了似乎更為合理的觀點，如果說要探究一個人的死因，最有說服力的觀點還是來自醫學專家的研究。如果從莫紮特最後死亡的記載來看，致使他死亡的原因應該來源於他的自身，也就是說他應該死於某種疾病。那麼他到底死於什麼疾病呢？
權威的《新格羅夫音樂與音樂家辭典》認為，兩個維也納名醫克勞塞特和薩拉巴為莫紮特診斷的結果表明，他患有嚴重的粟粒疹熱，後期發展到嚴重的痛風，這些疾病的症狀與一些傳記作家們對莫紮特病情的描述很相似。比如，美國的傳記作家瑪麗亞·達文波特所著的《莫紮特》中對莫紮特的死前描述寫道：“莫紮特胳膊、大腿都呈粗腫狀。”這個症狀就是典型的嚴重痛風的症狀。
此外，該文還記載莫紮特在1791年11月18日參加共濟會會議時感染上了鏈球菌，這個病菌感染人的支氣管、腎髒等。莫紮特在逝世兩個小時前，他開始全身顫抖不止，之後便昏謎不醒，臉變得越來越腫，這是支氣管炎的症狀。嚴重支氣管炎患者往往是尿毒症患者。
這種說法比較令人信服，因為各種權威資料的記載都有這樣一個共同點：莫紮特嗜好抽煙喝酒，患有支氣管炎，也有尿毒症。《莫紮特死因有新說》一文中認為，莫紮特可能死於為控製嚴重風濕病而施行的放血療法。他們認為莫紮特死於下列病症：由鏈球菌感染造成的腎髒衰竭，醫生切開他的靜脈準備放血緩解壓力，不料大腦開始出血，血止住後仍難以緩解他的晚期支氣管炎，最後造成了死亡。
由此看來，莫紮特死於疾病的說法有很多，至於他究竟死於粟粒疹熱、神經衰弱、肺病，還是死於放血和灌腸及其他錯誤的治療方法，我們至今沒找到一個確切的說法。但是，我們可以斷定，莫紮特看來絕不隻是患了一種疾病，這和他沒有規律的生活的影響是分不開的，因此我們隻能痛心地看到這位偉大的作曲家英年早逝。
莫紮特並不長的一生中作品竟高達近600部，這是非常令人感動的。他的音樂會永遠傳唱下去，而關於他死亡之因的爭論也可能會永遠地進行下去。