1848年歐洲革命爆發後，巴枯寧認為實踐其無政府主義思想的時機到來了，他很積極地參加了法國二月起義，領導了德累斯頓起義，他這種積極革命的精神受到了恩格斯的大力讚揚。1849年5月20日，巴枯寧被法國當局逮捕入獄，並實行了特別看押。在布拉格監獄的單身禁閉室中，巴枯寧的手腳被鎖鏈牢牢綁縛在牆上，一動不能動，除了吃飯外，其他任何時間都是以這種姿勢被束縛著。同時，看守監獄的人也增加到了24人，監獄當局輪番對他進行24小時不間斷地審訊。
之後，巴枯寧被普魯士和奧地利軍事法庭判處死刑，他當時表現得很堅強，激昂慷慨地為自己的革命活動辯護。但是，令人意想不到的是，1851年，他被引渡回俄國不久，便背叛了革命，用一個多月的時間寫了一本近8萬字的《懺悔書》。
其中，他十分詳細地描述了他在被捕之前的思想及活動，同時，詳盡地敘述了1848年歐洲革命中的一些重要事件和人物，他一反常態地惡毒謾罵馬克思和共產主義，並在結尾部分擺出一副奴婢樣子，說：“如今，我真誠地懇求陛下(沙皇尼古拉一世)，我向您伏地求饒：陛下，我是個十惡不赦的大罪犯!……如果法律許可的話，如果罪犯的請求能夠感動皇帝陛下的心的話，請不要讓我受終身監禁之苦……請讓我服沉重的苦役來贖罪吧，我將滿懷感激之情接受它，把它看作您對我的恩典。”
當時，沙皇尼古拉一世看完後，對他的行為大為讚賞，並進行了批閱，把《懺悔書》給了皇太子亞曆山大，建議他也讀一讀，因為十分有趣。因此，巴枯寧被減刑，他被流放到西伯利亞服苦役，1861年巴枯寧從流放地逃走，輾轉美國，來到英國。
巴枯寧的一生都在完成著自己民主自由的革命理想，但是卻給他一直反對的專製沙皇寫《懺悔書》，這的確是件令人不可思議的事情。所以，眾多研究者一直在討論《懺悔書》的真實性，如果真的是巴枯寧寫的，那麼他出於什麼原因寫下如此卑劣又違心的東西呢？前蘇聯及我國史學界大多數學者都認為這是巴枯寧革命意誌不堅定的表現，是巴枯寧叛變投降、自首變節的罪證。
但是，另一些學者並不這樣認為，他們覺得《懺悔書》是巴枯寧不惜任何代價獲取自由的手段。前蘇聯史學家皮魯莫娃覺得巴枯寧的內心深處並沒有叛變，他之所以那樣做實際上是一種策略，隻有先低頭獲得自由才有可能繼續鬥爭，所以《懺悔書》隻是他渴求獲釋的一種手段，認為巴枯寧“在內心深處沒有叛變，《懺悔書》隻是策略，對他來說，釋放就等於鬥爭，他是使用了巧計，並沒有叛變”。
現在，我們沒有辦法給巴枯寧寫《懺悔書》的事件下一個定論，也許有那麼一天，我們能找到新的資料讓這件事大白於天下，但現在我們隻能用自己的主觀想法來判斷這件事的性質了。