上了梁山，魯智深覺得就像被自己的吐絲纏繞住一般：開始要受宋江的約束，山寨的約束，一百零八將的相互牽製，更主要的，梁山風氣與日俱下，都是被宋江想朝廷招安弄的。
魯智深是堅決反對招安的一個，眼見得，那麼多朝廷將官被宋江接納上山，魯智深漸漸看穿了他的義氣——接納江湖好漢、實施了替天行道的綱領，隻是高喊反貪官的口號，以利益為紐帶進行招降納叛。宋江擴大他的改良勢力，最終還是要歸順朝廷，來達到他當小官吏爬不上去的地位，所以他受降了一批在社會上有地位、有錢、有勢力的親信隊伍，隻是為了對自己的仕途有用。
魯智深和宋江沒有深交，但是，他在跟隨老種經略相公出生入死的鬥爭中，也看到一個西北元帥迎來送往、巴結權貴的一麵，就連他的女兒種秀英，也處處為的是朝廷的利益，連史進也不接納。
多虧王進有師徒之情，偷偷地侵入華州府虎穴，救出徒弟史進。否則，林衝、宋江等打進華州府也找不到他們。王進還能回去嗎？他們夫妻反目沒有？以後遇到什麼麻煩沒有？可惜他隻是為了講江湖義氣，對朝廷官場看得非常清楚，卻又不願意反叛。
魯智深與王進不同，看得清楚，活得自在，因此對宋江說：“灑家也是軍官出身，從京城到延安府，從延安府到渭州，從渭州到五台山，又從五台山到京城……現在上了梁山。見過宋公明哥哥許多你看不見的事情。你哪裏知道，現在的滿朝文武都是奸邪，蒙蔽了皇帝的雙眼，就像灑家的衣服，布不論以前是什麼顏色，一旦染黑，怎麼能洗得幹淨？要招安哥哥你去招安吧，灑家告辭了，大不了再去漂泊江湖。”
宋江也勸，吳用也勸，連武鬆都勸他跟著哥哥走。為了哥們的兄弟情深，他隻好繼續跟隨宋江，還是被招安了。
就在朝廷招安封賞的朝堂上，他碰見了做夢都想殺的高俅，那廝倒也儀表堂堂，卻是個偽君子，真小人，大奸臣！身邊的林衝兩眼發直，全身發抖，知道他怒火萬丈，手裏的禪杖早已在進殿之前被收繳了，心想赤手空拳也能把那奸臣掐個半死。
史進把他拉住了，輕聲說：“哥哥休得魯莽。”
武鬆說：“牽一發而動千軍，若是輕舉妄動，血染朝廷，還有哪個兄弟能活著出去？”
他隻有忍住了內心的憤恨，當場獎勵的大紅綢緞，很多梁山好漢都喜滋滋地接受了，商量著回去怎樣做一件大紅戰袍，隻有他就地抖開，反手披到身上，一隻角從腋下穿過，一隻角從肩上扯下，攔胸一紮，變成了一件袈裟。
朝廷上許多人想笑又不敢笑，他知道從此以後就失去了自由，被朝廷利用了。
待宋江兵分五起要回山寨的時候，他到了宋江帳前，合掌作禮，說：“哥哥，灑家要回五台山去了。”
宋江嚇了一跳，趕緊給他看座。說：“你已經上山落草，現在我們被朝廷招安，已經成了國家軍官，怎麼還要回去當和尚？”
魯智深說：“灑家想師傅了，如果師傅願意接受，灑家再到五台山修行，從此放下屠刀，立地成佛。”
宋江哪裏舍得這樣一員幹將，說：“你師傅是何人？”
“智真長老。”魯智深說：“小弟自從三拳打死了鎮屠夫，逃到了代州，趙員外送灑家上五台山，就見識了智真長老。如果說天下有我敬畏的人，那就是這個禪師了。”
“那你怎麼要離開他到相國寺？”
“可惜灑家那時愚頑，不知好歹，兩次大醉，鬧了禪門。師傅仍不嫌棄，又送灑家到東京大相國寺投靠智清禪師。他的師弟卻不像灑家師傅那樣厚道，隻讓灑家去看菜園子。為救林衝，灑家被高太尉逼得走投無路，這才上山為寇。以後遇到哥哥，南征北戰，一直沒有去參拜過師傅。”