石頭城失陷後，元帝驚慌失措，亂了陣腳，命令京城的所有軍隊全部出動，發誓要奪回石頭城。於是，各路大軍對石頭城發起猛攻，但是戰爭畢竟要實力說話，刁協、劉隗、戴淵各自率領軍隊與王敦激戰，均被打得大敗，難以攻下石頭城。
接著，王導、周豈、郭逸、虞潭等悉數出戰，也沒有打過王敦，均遭敗績，使建康城能用之兵損失殆盡。
刁協、劉隗被王敦打敗後，狼狽逃回，與司馬睿在太極殿相見。司馬睿見到二人痛哭流涕，並勸二人：“勢危矣，王敦最恨的是你二位，還是趕緊逃命去吧！”
二人哭著表示：“臣隻有一死，不敢有二心。”
司馬睿命令手下給刁協與劉隗備好馬匹，叫他倆速速逃命。刁協年事已高，騎不了馬，招募來的隨從走到半道，一哄而散，隻剩下刁協一人。走到江乘時，被人殺死，頭顱獻於王敦。
王敦還算有點良心，叫刁協的家人將其收葬。司馬睿對刁協之死十分痛惜，後來秘密派人將殺死刁協之人捕獲殺死。
劉隗則逃到了淮陰防地，遭到北中郎將，充州刺史劉遐的襲擊。劉隗無奈之下隻得帶領家屬、親隨200多人，向北投奔石勒。石勒任命他為從事中郎、太子太傅。
元帝司馬睿與王敦在對決中徹底失敗，王敦既然占領了東晉的中樞，本該入宮麵見聖君才對。但是勝者王侯敗者賊，王敦哪把司馬睿放在眼裏，任士卒隨意劫掠，使宮廷百官、後宮嬪妃每天驚慌不已，逃跑的也不占少數。
元帝身邊隻有安東將軍劉超率領部下宿衛宮中，和兩位侍中陪伴左右。
司馬睿看到京畿之地，王敦和他的屬下為所欲為，既憤怒又無可奈何，對左右說道：“他王敦想得到皇位，何不早說，何苦這樣殘害百姓。”司馬睿脫掉戎裝，身著便服，派人向王敦傳話：“公若不忘本朝，則天下可以安定。如果你還不滿意，朕當歸琅邪，以免堵塞賢路。”
司馬睿已經做好了離開皇帝位子的準備。
元帝司馬睿既然已經表達了可以退位的意思，王敦這時候一手掌握著京城，一手駕馭著軍隊，完全可以廢掉司馬睿。但是王敦也算個奇人，卻沒有這麼做，而是不搭理司馬睿。司馬睿無奈，隻得命公卿百官去石頭城拜見王敦。
王敦與眾臣施禮已畢，居於上座，完全是一副主子的樣子。他戲問手下敗將戴淵：“前日之戰，還有力氣嗎？”
戴淵坦率直言：“哪裏還敢再戰啊，實在是氣力不足了！”
王敦又問：“吾現在的舉動，天下以為如何？”
戴淵不卑不亢，略帶譏諷地回道：“看見的都說大逆不道，老實的都說是忠臣。”
王敦笑了：“卿可謂是能說會道之人。”
問完戴淵，王敦又扭頭向周豈埋怨：“伯仁，你對不起我！”
周豈滿臉的不在乎：“公沿江而下，太順了，實在沒有想到，這麼快就來到建康。下官親率六軍，作戰不能成功，使朝廷軍隊潰敗，真是對不起聖上。”