但是王恭卻不以為然，他認為何澹和劉牢之有矛盾，這正是何澹借機報複而已。不但不防備，反而卻設酒款待劉牢之，還當眾拜其為大哥，並將手下精兵都交給劉牢之指揮，命其為前鋒。
劉牢之掌握重兵，兵到竹裏後，舉行兵變，殺死王恭的心腹，宣布投降朝廷。在軍事上，派兒子劉敬宣和東莞太守高雅之進攻王恭。當時毫無戒備的王恭正在京口（今江蘇鎮江）出城打算閱兵，突然被劉敬宣截擊，部眾立刻潰散。
王恭打算返回城內時，又發現城門已被高雅之關上，隻有騎馬逃向曲阿（今江蘇丹陽市）。然而事不湊巧，大腿內側長了個瘡，一騎上馬，立刻被硌得生疼。好不容易遇到了過去的故吏，他打算乘船送王恭到桓玄那裏去，船到長湖時，因被人告發而被捕。
王恭被押送建康後，同年九月被斬。臨受刑時，他還吟誦佛經，自己理順胡須鬢發，毫無懼色，對監刑者說：“我王恭愚昧無知，過於相信他人，才有今日敗局。但我的內心，豈是不忠於國家社稷！百代之後，人們是知道我王恭這個人的。”
王恭的子弟和黨羽都被處死，死後被抄家，官兵發現家裏沒有錢財和布帛，惟有書籍而已。原來這個王恭屬於清官，家境貧寒，民眾聞知，無不感慨唏噓。
王恭兵敗後，荊州的軍隊還在和朝廷的軍隊對峙。司馬道子故伎重演，又想在殷仲堪、桓玄、楊佺期之間使用離奸計。他派人告訴桓玄，將他提升為江州刺史，楊佺期為雍州刺史，而殷仲堪呢，貶為廣州刺史。
這提二人，貶一人的計策，殷仲堪知道了，可把他氣得不輕，命令桓玄和楊佺期全力進攻建康。桓玄知道朝廷有意把自己提升為江州刺史後，心裏卻是頗為得意，總算有了出頭之日，但又怕司馬道子說話不算話。
殷仲堪從弟弟口中得知，楊佺期也決定受命，感覺到自己的陣營裏並非是上下同心，三個人三個心眼，打是看來不能打了，隻好命令撤退。看來，司馬道子父子的計策算是得逞了。
桓玄退兵撤到尋陽（今江西九江），追上了殷仲堪，不再後退。殷仲堪這時候最為倒黴，荊州刺史丟了，隻能倚仗桓玄為援。楊佺期也不怎麼樣，雍州刺史沒當上，還把朝廷得罪了。三個人彼此都感覺到受了司馬父子的捉弄，同命相憐，惺惺相惜，隻能借著原來的力量再聯合起來。
誰為盟主呢？桓玄憑著父親、叔叔的力量，過去在荊州勢力最大，也隻有推舉桓玄為盟主，才好重振基業。當然，皆不受朝廷命令。
朝廷也挺尷尬的，桓玄他們幾乎從晉國的版圖上分裂出去，要是剿滅的話，眾臣畏懼，國家哪裏還有力量。要是放任自流，豈不是國不成國，方鎮不成方鎮。沒有別的辦法，隻有招安，並讓殷仲堪複任荊州刺史，請求和解。
這樣，一場舉國震動的災難才算平息，殷仲堪他們返回原地。