天啟二年（1622年）八月，孫承宗以內閣大臣的身份赴遼督師，天啟對他寄予厚望，賜予尚方寶劍，並派閣臣送他到崇文門外。
正如我們前麵所說，經營進攻要比經營防守困難的多，需要真的軍事才能和巨大的勇氣，未經實戰的文官是很難勝任經營進攻的任務的，他們大多隻能經營防守，孫承宗也不例外。
孫承宗到遼東以後，提出“守關外以捍關內、先固守以圖恢複”的工作方針。這個方針聽起來很漂亮，其實不過是虛文，真正有意義的就是“固守”這兩個字。
如何固守，當然是修築城堡。
但是在施工之前還有一件事情要做，就是要把盤據在關外的蒙古部落趕走。廣寧大敗後，蒙古哈喇慎部乘虛而入，占據關外，並賴著不走，號稱協防，實際上就是想敲詐明朝一把。後來孫承宗派袁宗煥前往哈喇慎部散了點錢財，蒙古人才怏怏離去。
蒙古人走了以後，孫老師搖身一變，成了孫總工程師，在關外大興土木，掀起了建設高潮。
建設的重點就是所謂的“關寧防線”，“關”指的是山海關，“寧”的得是寧遠。“關寧防線”指的是從山海關到寧遠之間的一係列城堡。重點是寧遠城。
天啟三年九月，寧遠城正式開工建設。
孫承宗上任後，重新進行工作分工，僉事袁崇煥的分工是“建造營舍”。
袁崇煥主守寧遠，又負責工程，這樣，修建寧遠城的責任就落到了袁崇煥的身上，不過袁崇煥隻是監工，具體幹活的包工頭是遊擊祖大壽。
廣寧戰役中祖大壽率軍避守覺華島嶼，犯了死罪，孫承宗督師後，提出“以遼人守遼土，以遼土養遼人”的用人方略，祖大壽世居寧遠，不僅是遼人，而且是“土著”，非常符合孫承宗的用人方略，因此，孫承宗免其不死，先是讓他輔佐金冠守覺華島，後來又讓他來建設自己的家鄉寧遠。
正是在修建寧遠城的過程中，袁崇煥與祖大壽結下了深厚的革命友誼。
工程初期祖大壽覺悟不高，認識不到位。他認為朝廷不會長期堅守寧遠，在施工時比較了草。袁崇煥打算親自駐守寧遠，寧遠城的質量關係到他的身家性命，因此對工程的認識要比祖大壽高得多。
他批評了祖大壽，幫助他提高認識，樹立質量就是生命的觀念，並親自量化指標，規定寧遠城“牆高三丈二尺，雉高六遲，址廣三丈，上二丈四尺”的標準，要求祖大壽務必按時保質完成任務。
一年以後，一座雄偉的寧遠城拔地而起，成為明朝在關外的一座重鎮。孫承宗讓袁崇煥和驍將滿桂共同駐守。
在修建寧遠的同時，孫承宗在山海關到寧遠之間還修建了中前所、前屯衛、中後所等城堡。
遼東的工地上，灰塵滾滾。衙門裏的烏煙瘴氣一點也不比工地上小。
孫承宗不僅善於搞建設，在人事鬥爭上也是一把好手。
在進行硬件（城堡）建設的同時，孫承宗對於軟件（幹部隊伍）的建設也抓得非常緊。
薊遼總督王象亁與王在晉交好，在對待蒙古人的問題上與孫承宗產生了矛盾，被迫離職。孫承宗以統一事權為名，建議不再推任薊遼總督，被批示同意。
遼東巡撫閻鳴泰本是孫承宗推薦的，但後來二人對許多問題意見不一，漸漸地不和諧起來，在孫承宗要求下，朝廷將閻鳴泰罷免，代之以張鳳翼。
然而張鳳翼還不如閻鳴泰，他整個一個王在晉第二，他主張守山海關，反對出鎮關外。孫承宗剛趕走了閻鳴泰，一時不方便再驅逐張鳳翼，就請求皇上讓張鳳翼出鎮寧遠。
張鳳翼本來就反對出鎮關外，孫承宗偏要讓他上前線駐守寧遠，這擺明了是擠兌他。張風翼氣不打一處來。
張鳳翼對孫承宗無可奈何，就將矛頭指向了他的心腹主將馬世龍，阻擾孫承宗出關的政策。他指使廣寧道僉事萬有孚並通過給事中解學龍等人彈劾馬世龍。
不久萬有孚遭到薊撫嶽和聲彈劾，張鳳翼懷疑是馬世龍、袁崇煥等人指使。
孫承宗也出麵為馬世龍辯護，指責萬有孚構陷馬世龍，萬有孚很快就被罷免。