孔有德叛軍攻克登州的消息傳來，東江震動，一些對現實不滿的東江舊將如旅順守將陳有時，廣鹿副將毛承祿等先後起兵響應。
眾人建議孔有德稱王，聯合各軍作戰。此舉名義上是尊崇，實際上是要徹底斷絕其後路，讓其反態大露，罪不可赦，從而固其反誌。
孔有德對此心知肚明，他不想把自己放在火盆上烤，按照朱元璋高築牆、廣積糧、緩稱王的成功經驗，他拒絕了眾人的美意，隻稱都元帥，李九成為副元帥，耿仲明、陳有時、毛承祿等為總兵官。
孔有德不願在名義上與明朝鬧得“不可調和”，是一個明智之舉，這為他後來實施“詐降”保留了餘地。
叛軍攻克登州後，以此為基地，招降納叛，四出攻掠，擴大戰果，一時山東大亂。
明廷急令謝璉為副都禦使接替孫元化巡撫登萊，擢參政徐從治接替餘大成任山東巡撫，駐守萊州城，同時調兵遣將，對叛軍進行圍堵。
崇禎五年（1632年）二月，叛軍乘勝進攻軍事重鎮萊州，徐從治、謝璉和萊州知府朱萬年帶領萊州軍民頑強抵抗。徐從治親上城樓指揮戰鬥，不幸被叛軍炮火擊中，傷重不治。他的死更激發了萊州軍民守城的決心。
萊州城堅炮利，盡管叛軍將其包圍了四個月，依然無法得手，而城內雖己彈盡糧絕，軍民仍堅持抵抗，拒不投降，雙方僵持不下。
就在這時，明總兵劉同柱從北京南下，鄧圮、王洪率川兵萬人北上，剛剛在大淩河吃了敗仗的遼軍也開向山東，對叛軍形成夾擊之勢。
情急之下，孔有德再次進行詐降，希望智取萊州。
盡管謝璉等人鑒於孫元化的前車之鑒，堅決反對招撫，但是大學士周延儒與兵部主事張國臣等人卻認為不妨再給孔有德一次機會。
幾經交涉，最終雙方決定在萊州城外舉行受降儀式。
然而就在謝璉、朱萬年以及兩名太監出城對孔有德宣讀招撫詔書的時候，孔有德突然發難，將四人抓捕，並急令攻城。朱萬年情急之下，大喊關閉城門，被叛軍殺死。
好在城內守軍有所準備，及時關閉城門，孔有德的陰謀沒有得逞。
沒有什麼比公平和正義遭到踐踏，法律和製度遭到破壞造成的損失更大，因為這樣會失去人心，使社會變成一盤散沙。這是一切不安定因素的源頭。
官軍上兵伐謀，想不戰而屈人之兵，但是官軍的招撫往往以犧牲公理和正義，踐踏法律製度，姑息養奸為代價，這實際上是飲鴆止渴，自欺欺人，問題沒有徹底解決，暫時掩蓋起來，將來會帶來更大的麻煩。
官軍沒有認識到這一點，孔有德卻深知一日為娼，終生是妓的道理，他是無論如何也不會受撫的，詐降不成，他就撤回登州，繼續與明軍周旋。
孩子屢教不改，不打是不行了，崇禎任命朱大典為督師指揮官軍全線出擊。
剛剛在大淩河慘敗的遼軍正需要一場戰功來將功贖罪，找回自信，因此表現異常神勇。大淩河之戰的長腿將軍、祖大壽的妹夫兼大舅哥吳襄一馬當先，連克招遠、黃縣，解了萊州之圍。
九月，官軍將孔有德叛軍圍於登州城中。十月，官軍開始攻城，戰事進行得很激烈，叛軍二號人物，副元帥李九成被官軍火炮擊斃，官軍中也有多名戰將傷亡。